PDB-7n1m: Crystal Structure of the Class D Beta-lactamase OXA-935 from Pseu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n1m

タイトル

Crystal Structure of the Class D Beta-lactamase OXA-935 from Pseudomonas aeruginosa, Orthorhombic Crystal Form

要素

Beta-lactamase OXA-935

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Class D beta-Lactamase / OXA-935

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Rosas-Lemus, M. / Brunzelle, J.B. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2022
タイトル: Functional and Structural Characterization of OXA-935, a Novel OXA-10-Family beta-Lactamase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Pincus, N.B. / Rosas-Lemus, M. / Gatesy, S.W.M. / Bertucci, H.K. / Brunzelle, J.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L.A. / Lebrun-Corbin, M. / Satchell, K.J.F. / Ozer, E.A. / Hauser, A.R. / Bachta, K.E.R.

履歴

登録	2021年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n1m.cif.gz	210 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n1m.ent.gz	167.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n1m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7n1m_validation.pdf.gz	453 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7n1m_full_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示
XML形式データ	7n1m_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	7n1m_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/7n1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/7n1m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l5rC 7l5vC 1e3uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97990.405

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase OXA-935

B: Beta-lactamase OXA-935

ヘテロ分子

57.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.675, 91.377, 125.788
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase OXA-935 分子量: 27723.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaOXA-935 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Magic
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: Protein: 6.0 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Screen - AmSO4 (A9): 0.2M Ammonium iodide, 2.2M Ammonium sulfate; Cryo: 2M Lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12713 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日 / 詳細: Be
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 40444 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / B_iso Wilson estimate: 33.4 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.154 / R_sym value: 0.147 / Χ²: 1.013 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 1.754 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 2011 / CC_1/2: 0.538 / R_pim(I) all: 0.544 / R_sym value: 1.754 / Χ²: 1.003 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1e3u

1e3u

解像度: 1.96→29.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 9.166 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2311	1983	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1867	-	-	-
obs	0.1889	38401	99.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.71 Å² / B_iso mean: 44.352 Å² / B_iso min: 20.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.98 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.38 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.96→29.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3774	0	115	170	4059
B_iso mean	-	-	79.39	45.28	-
残基数	-	-	-	-	477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	3971
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3703
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.63	5384
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.25	1.58	8551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.93	5	479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.695	23.979	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.401	15	702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.458	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	883

LS精密化シェル

解像度: 1.96→2.006 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	135	-
R_work	0.296	2681	-
obs	-	-	95.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9528	-1.2056	-1.2716	1.6137	0.097	1.1908	0.0081	0.287	-0.5035	-0.1767	-0.1412	0.1418	-0.0786	-0.0617	0.1332	0.1828	-0.028	-0.0249	0.1193	-0.0268	0.0756	4.8931	-6.5124	-14.0722
2	0.8771	-0.0584	0.3843	2.4606	0.6512	3.595	-0.0635	0.1638	0.1393	-0.5272	-0.0138	0.1297	-0.0655	-0.0215	0.0773	0.1766	-0.0423	0.0017	0.0781	0.01	0.0652	8.2674	5.5539	-4.7516
3	1.9395	-0.87	-0.6257	1.9465	1.1832	4.7471	0.0253	-0.1167	0.1487	-0.0801	-0.0651	-0.0091	-0.6331	-0.2682	0.0398	0.1025	0.0416	-0.0118	0.0311	-0.0123	0.0825	6.3905	17.7687	11.3908
4	1.3932	0.0998	-0.09	1.9414	-0.9397	3.3888	-0.0762	0.0246	0.0976	-0.3117	-0.0209	-0.1555	-0.0104	0.1289	0.0971	0.0724	-0.0162	0.0326	0.0279	0.0021	0.0546	13.0997	7.4848	1.4397
5	4.1105	-2.1197	1.3447	3.9683	-1.355	3.1	0.1044	0.1067	-0.1245	-0.5624	0.041	0.3981	0.4178	-0.2913	-0.1454	0.1801	-0.0875	-0.0521	0.0711	0.0022	0.0458	0.6445	-0.4288	-2.5359
6	1.5774	2.6578	1.0731	11.9145	1.4586	1.7633	-0.0588	-0.2578	-0.0539	0.5226	-0.028	0.6906	-0.0544	-0.2773	0.0868	0.1674	-0.0291	0.0886	0.1577	0.0197	0.1132	3.2666	-9.0594	39.7318
7	0.7989	-0.5703	0.295	2.4944	-1.3882	3.4239	0.0662	0.0549	-0.0714	-0.1238	-0.3048	-0.4436	0.4481	0.5722	0.2385	0.0671	0.0647	0.0241	0.1135	0.0259	0.1845	22.2331	-11.6196	21.6499
8	6.1856	-0.0703	-1.7469	2.3838	-0.5415	4.4254	-0.0326	-0.1285	-0.1523	0.3032	-0.1975	-0.5121	0.1667	0.6908	0.2301	0.0723	0.0079	-0.1095	0.1554	0.0585	0.2384	27.12	-7.8183	32.2609
9	1.889	0.0207	0.1481	3.0737	-0.8106	2.9761	-0.1106	0.1009	0.0624	0.0484	-0.074	-0.4053	-0.044	0.1789	0.1845	0.0082	-0.005	-0.0067	0.0459	0.018	0.1198	16.5488	-3.4858	22.7873
10	1.5814	-1.1155	0.7373	4.3109	-1.7871	3.4	0.0298	-0.0515	-0.1813	0.1368	0.1189	0.16	0.2668	-0.259	-0.1487	0.0516	-0.0385	0.0059	0.0817	0.0032	0.0791	7.2546	-10.8311	29.1107

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	84 - 137
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	138 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	208 - 265
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	19 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	40 - 131
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	132 - 167
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	168 - 214
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	215 - 265

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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