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- PDB-7n10: Co-crystal structure of Prx with ComR DNA binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n10
タイトルCo-crystal structure of Prx with ComR DNA binding domain
要素
  • ComR
  • Prx
キーワードVIRAL PROTEIN/TRANSCRIPTION / paratox / ComR / Streptococcus / bacteriophage / quorum sensing / natural competence / VIRAL PROTEIN-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Paratox / ComR, tetratricopeptide / ComR tetratricopeptide / : / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Tetratricopeptide repeat domain ...: / Paratox / ComR, tetratricopeptide / ComR tetratricopeptide / : / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Tetratricopeptide repeat domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Paratox / Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M3 (化膿レンサ球菌)
Streptococcus mutans serotype c (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Rutbeek, N.R. / Prehna, G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-04968 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanism of quorum sensing inhibition in Streptococcus by the phage protein paratox.
著者: Rutbeek, N.R. / Rezasoltani, H. / Patel, T.R. / Khajehpour, M. / Prehna, G.
履歴
登録2021年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prx
B: ComR
C: Prx


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7693
ポリマ－23,7693
非ポリマー00
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area7830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.556, 41.918, 90.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Prx


分子量: 8095.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cloning artifact
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M3 (strain ATCC BAA-595 / MGAS315) (化膿レンサ球菌)
株: ATCC BAA-595 / MGAS315 / 遺伝子: SpyM3_1300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UWN8
#2: タンパク質 ComR / Putative transcriptional regulator


分子量: 7578.767 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA binding domain (UNP residues 1-66) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans serotype c (strain ATCC 700610 / UA159) (バクテリア)
株: ATCC 700610 / UA159 / 遺伝子: SMU_61 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DWI6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 19.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15 mg/mL protein, 20% PEG3500, 0.2 M potassium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.28329 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28329 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→45 Å / Num. obs: 18234 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 24.69 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.727 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 918 / CC1/2: 0.867 / Rpim(I) all: 0.316 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6CKA

6cka


解像度: 1.65→45 Å / SU ML: 0.2101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.9961
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1971 1819 5.38 %
Rwork0.175 31977 -
obs0.1763 18234 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1051 0 0 188 1239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00421077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65521448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9092144
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.690.38161120.35262517X-RAY DIFFRACTION99.81
1.69-1.740.31381630.2922476X-RAY DIFFRACTION99.77
1.74-1.80.25291320.22622419X-RAY DIFFRACTION99.65
1.8-1.870.22241490.21772441X-RAY DIFFRACTION99.62
1.87-1.940.2411210.21242481X-RAY DIFFRACTION98.9
1.94-2.030.23651390.21392473X-RAY DIFFRACTION99.92
2.03-2.130.2191980.17532488X-RAY DIFFRACTION99.65
2.14-2.270.23571260.16912476X-RAY DIFFRACTION99.46
2.27-2.440.19851410.16542439X-RAY DIFFRACTION99.54
2.44-2.690.19371880.16962413X-RAY DIFFRACTION99.85
2.69-3.080.1941470.16352444X-RAY DIFFRACTION99.69
3.08-3.880.17841500.15732464X-RAY DIFFRACTION99.51
3.88-450.15891530.15492446X-RAY DIFFRACTION99.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4830779865040.0705588714426-0.2226922565460.432965438456-0.2622152081510.232358202025-0.1298189383780.23415949559-0.186675043665-0.03388089259750.0957477441964-0.04507607012320.1481120297120.3454674095465.04458142586E-50.2845893759920.03851283673370.01104942122720.208065737585-0.0014136660940.24143099470114.4135474732-2.0213814769541.8703309899
20.991050617018-0.0712502272113-0.1747276055370.854657124971-0.3814345361650.622475991615-0.155541441134-0.0158034787944-0.07722377100080.04594239950760.2030983172790.114024895886-0.0870839914561-0.158386737980.005276294569140.1778777560120.004961781207970.005409862304460.1795628340430.02358894211960.1883965083878.695376804326.6638384514638.5858447212
30.749955653676-0.789052632753-0.2544495556761.016571957180.6230894166850.740726596803-0.1214982452840.0882208277212-0.09903440902440.2024584728580.1404121476630.164056154377-0.068994536987-0.1798438678811.17784586346E-50.191633990676-0.001380054009050.03064985491170.1925555840390.04178815773240.2455175050944.340493058124.2551832916139.1850190666
40.554753211506-0.206323366543-0.85057920021.207506088050.7534055781151.573650599570.0593009647549-0.04400610343760.00514867057241-0.01146482950570.0449609747749-0.2161975651970.07223810818810.0230265058979-0.000185676957480.2038959632860.0212511658513-0.005270632363910.251100493851-0.02053614140580.23894472814524.92793463164.0327624366126.9460751733
50.558828795323-0.323083354392-0.8103975252180.3331579536730.5780252041951.40728836695-0.0911202942927-0.0304824082368-0.0269021829939-0.01088556591640.0342971155654-0.07542170594230.1018766286790.0496986580881-6.3534225545E-60.2143656825240.01402301394680.009989084308720.215064161692-0.02129826023160.19542904349822.5800710685-0.30795564108329.1633909476
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 1:16)AA1 - 161 - 16
22(chain A and resid 17:39)AA17 - 3917 - 39
33(chain A and resid 40:60)AA40 - 6040 - 60
44(chain B and resid 1:30)BB1 - 301 - 30
55(chain B and resid 31:66)BB31 - 6631 - 66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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