ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XDS | | データ削減 | Aimless | 0.5.32データスケーリング | PHENIX | 1.19.1_4122精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | PHASER | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7l4j 解像度: 2.19→63.93 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 25.95 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.231 | 4703 | 4.55 % |
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Rwork | 0.1945 | 98751 | - |
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obs | 0.1962 | 103454 | 97.82 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 119.87 Å2 / Biso mean: 57.0325 Å2 / Biso min: 31.69 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.19→63.93 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 6216 | 0 | 8 | 211 | 6435 |
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Biso mean | - | - | 48.74 | 52.5 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 785 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.19-2.22 | 0.3739 | 106 | 0.2995 | 1991 | 2097 | 60 | 2.22-2.24 | 0.2779 | 159 | 0.2807 | 3345 | 3504 | 100 | 2.24-2.27 | 0.355 | 157 | 0.2811 | 3356 | 3513 | 100 | 2.27-2.3 | 0.3125 | 159 | 0.2848 | 3358 | 3517 | 100 | 2.3-2.33 | 0.3054 | 160 | 0.2686 | 3385 | 3545 | 99 | 2.33-2.36 | 0.3303 | 161 | 0.2807 | 3376 | 3537 | 100 | 2.36-2.4 | 0.3113 | 156 | 0.27 | 3277 | 3433 | 99 | 2.4-2.43 | 0.3079 | 162 | 0.274 | 3353 | 3515 | 100 | 2.43-2.47 | 0.3478 | 156 | 0.2797 | 3353 | 3509 | 99 | 2.47-2.51 | 0.3194 | 158 | 0.264 | 3312 | 3470 | 98 | 2.51-2.55 | 0.3336 | 154 | 0.2586 | 3290 | 3444 | 98 | 2.55-2.6 | 0.2815 | 163 | 0.244 | 3356 | 3519 | 99 | 2.6-2.65 | 0.2939 | 158 | 0.2267 | 3360 | 3518 | 100 | 2.65-2.71 | 0.2782 | 154 | 0.2244 | 3333 | 3487 | 99 | 2.71-2.76 | 0.3097 | 160 | 0.2215 | 3362 | 3522 | 99 | 2.76-2.83 | 0.2783 | 160 | 0.23 | 3351 | 3511 | 99 | 2.83-2.9 | 0.2609 | 163 | 0.2192 | 3352 | 3515 | 100 | 2.9-2.98 | 0.2559 | 156 | 0.2212 | 3347 | 3503 | 99 | 2.98-3.06 | 0.3073 | 161 | 0.2437 | 3355 | 3516 | 99 | 3.06-3.16 | 0.2417 | 166 | 0.2261 | 3353 | 3519 | 99 | 3.16-3.28 | 0.2954 | 155 | 0.2144 | 3279 | 3434 | 99 | 3.28-3.41 | 0.2149 | 162 | 0.1984 | 3337 | 3499 | 99 | 3.41-3.56 | 0.2312 | 160 | 0.186 | 3301 | 3461 | 98 | 3.56-3.75 | 0.2117 | 155 | 0.1793 | 3325 | 3480 | 98 | 3.75-3.99 | 0.2132 | 160 | 0.1753 | 3315 | 3475 | 99 | 3.99-4.29 | 0.1826 | 157 | 0.1472 | 3317 | 3474 | 99 | 4.29-4.73 | 0.1676 | 163 | 0.1411 | 3378 | 3541 | 99 | 4.73-5.41 | 0.1839 | 153 | 0.1532 | 3296 | 3449 | 99 | 5.41-6.81 | 0.2309 | 161 | 0.1836 | 3309 | 3470 | 98 | 6.81-63.93 | 0.1666 | 148 | 0.1636 | 3329 | 3477 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -17.225 Å / Origin y: 10.8006 Å / Origin z: -21.3186 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.3438 Å2 | -0.0185 Å2 | -0.0071 Å2 | - | 0.347 Å2 | -0.0103 Å2 | - | - | 0.4265 Å2 |
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L | 0.386 °2 | 0.0254 °2 | -0.155 °2 | - | 0.4922 °2 | 0.239 °2 | - | - | 1.545 °2 |
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S | 0.0195 Å ° | -0.0332 Å ° | 0.0061 Å ° | -0.048 Å ° | -0.0608 Å ° | -0.028 Å ° | -0.035 Å ° | -0.0623 Å ° | 0.0402 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA31 - 512 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB34 - 513 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allC1 - 6 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS2 - 223 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allD1 - 2 | | | | | | | | | | |
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