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- PDB-7n0x: Rhesusized RV144 DH827 Fab bound to HIV-1 Env V2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n0x
タイトルRhesusized RV144 DH827 Fab bound to HIV-1 Env V2 peptide
要素
  • Glycoprotein 120
  • Rhesusized RV144 DH827 heavy chain Fab fragment
  • Rhesusized RV144 DH827 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / DH827 / HIV-1 Env V2 peptide / RV144 / Rhesusized antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Envelope glycoprotein V1V2 region
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI116274 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI120756 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI129769 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2021
タイトル: Structure and Fc-Effector Function of Rhesusized Variants of Human Anti-HIV-1 IgG1s.
著者: Tolbert, W.D. / Nguyen, D.N. / Tuyishime, M. / Crowley, A.R. / Chen, Y. / Jha, S. / Goodman, D. / Bekker, V. / Mudrak, S.V. / DeVico, A.L. / Lewis, G.K. / Theis, J.F. / Pinter, A. / Moody, M. ...著者: Tolbert, W.D. / Nguyen, D.N. / Tuyishime, M. / Crowley, A.R. / Chen, Y. / Jha, S. / Goodman, D. / Bekker, V. / Mudrak, S.V. / DeVico, A.L. / Lewis, G.K. / Theis, J.F. / Pinter, A. / Moody, M.A. / Easterhoff, D. / Wiehe, K. / Pollara, J. / Saunders, K.O. / Tomaras, G.D. / Ackerman, M. / Ferrari, G. / Pazgier, M.
履歴
登録2021年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Rhesusized RV144 DH827 heavy chain Fab fragment
L: Rhesusized RV144 DH827 light chain
G: Glycoprotein 120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2124
ポリマ－49,1063
非ポリマー1061
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)81.512, 71.865, 87.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-498-

HOH

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要素

#1: 抗体 Rhesusized RV144 DH827 heavy chain Fab fragment


分子量: 24208.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / Cell (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Rhesusized RV144 DH827 light chain


分子量: 22737.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / Cell (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Glycoprotein 120


分子量: 2160.619 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP Residues 56-73 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q70992
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 16.75% PEG 3350 10.05% isopropanol 0.2 M ammonium citrate/citric acid pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月16日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→81.66 Å / Num. obs: 61001 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.053 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4384 / CC1/2: 0.807 / Rpim(I) all: 0.265 / Rsym value: 0.474 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FCU

5fcu


解像度: 2→52.18 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 25.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2094 2995 4.91 %
Rwork0.1809 --
obs0.1823 61001 96.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→52.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3361 0 7 273 3641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8864700
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.448479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.030.37631370.28532625X-RAY DIFFRACTION93
2.03-2.060.2911140.26962781X-RAY DIFFRACTION96
2.06-2.10.30181540.24992761X-RAY DIFFRACTION96
2.1-2.140.3141310.24682767X-RAY DIFFRACTION98
2.14-2.180.32431480.23432824X-RAY DIFFRACTION97
2.18-2.230.25451230.23392710X-RAY DIFFRACTION97
2.23-2.280.26681560.22172749X-RAY DIFFRACTION96
2.28-2.340.2711600.21332790X-RAY DIFFRACTION97
2.34-2.40.26131410.23062744X-RAY DIFFRACTION96
2.4-2.470.28861500.22842759X-RAY DIFFRACTION97
2.47-2.550.25021280.21482742X-RAY DIFFRACTION96
2.55-2.650.25161500.21012733X-RAY DIFFRACTION96
2.65-2.750.25521670.20462767X-RAY DIFFRACTION97
2.75-2.880.28251540.19442789X-RAY DIFFRACTION97
2.88-3.030.20841270.19772790X-RAY DIFFRACTION97
3.03-3.220.23071400.18042787X-RAY DIFFRACTION98
3.22-3.470.1951240.16982725X-RAY DIFFRACTION95
3.47-3.820.17911230.15532769X-RAY DIFFRACTION97
3.82-4.370.14281460.12792826X-RAY DIFFRACTION98
4.37-5.50.14271550.12692832X-RAY DIFFRACTION99
5.51-52.180.15361670.1632736X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1280.07022.66991.21720.81734.9019-0.1188-0.08120.24370.0207-0.15420.2109-0.1043-0.18290.2660.2113-0.00390.05410.127-0.00420.2674-10.16637.562817.0285
21.21910.46822.52370.58060.93886.420.0563-0.0651-0.07720.10650.0010.01310.134-0.192-0.06330.17520.02280.05270.15430.00810.2177-5.440120.076113.6551
38.75-3.39260.51878.92380.85833.813-0.2172-0.86760.20051.03390.2507-0.4268-0.06770.1726-0.03910.5262-0.0174-0.06820.3614-0.03110.23969.00635.861145.619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'H' and resid 1 through 213)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'L' and resid 1 through 210)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'G' and resid 167 through 184)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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