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- PDB-7n0a: Structure of Human Leukaemia Inhibitory Factor with Fab MSC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n0a
タイトルStructure of Human Leukaemia Inhibitory Factor with Fab MSC1
要素
  • Leukemia inhibitory factor
  • MSC-1 Fab Heavy chain
  • MSC-1 Fab Light chain
キーワードCYTOKINE/IMMUNE SYSTEM / LIF / Cytokine / Antibody / Cancer therapeutics / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leukemia inhibitory factor receptor binding / spongiotrophoblast differentiation / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / meiotic nuclear division / muscle organ morphogenesis / negative regulation of meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor signaling pathway / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / lung lobe morphogenesis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein ...leukemia inhibitory factor receptor binding / spongiotrophoblast differentiation / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / meiotic nuclear division / muscle organ morphogenesis / negative regulation of meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor signaling pathway / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / lung lobe morphogenesis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / trophoblast giant cell differentiation / negative regulation of hormone secretion / cell surface receptor signaling pathway via STAT / lung vasculature development / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / lung alveolus development / regulation of cell differentiation / Interleukin-10 signaling / somatic stem cell population maintenance / macrophage differentiation / decidualization / blood vessel remodeling / neuron development / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / embryo implantation / cytokine activity / stem cell differentiation / growth factor activity / cell morphogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / gene expression / fibroblast proliferation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of MAPK cascade / response to hypoxia / immune response / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leukemia inhibitory factor / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family / LIF / OSM family signature. / leukemia inhibitory factor / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukemia inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Raman, S. / Bosch, A. / Fransson, J. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canada Research Chairs950231604 カナダ
引用ジャーナル: Clin.Cancer Res. / 年: 2023
タイトル: Therapeutic Targeting of LIF Overcomes Macrophage-mediated Immunosuppression of the Local Tumor Microenvironment.
著者: Hallett, R.M. / Bonfill-Teixidor, E. / Iurlaro, R. / Arias, A. / Raman, S. / Bayliss, P. / Egorova, O. / Neva-Alejo, A. / McGray, A.R. / Lau, E. / Bosch, A. / Beilschmidt, M. / Maetzel, D. / ...著者: Hallett, R.M. / Bonfill-Teixidor, E. / Iurlaro, R. / Arias, A. / Raman, S. / Bayliss, P. / Egorova, O. / Neva-Alejo, A. / McGray, A.R. / Lau, E. / Bosch, A. / Beilschmidt, M. / Maetzel, D. / Fransson, J. / Huber-Ruano, I. / Anido, J. / Julien, J.P. / Giblin, P. / Seoane, J.
履歴
登録2021年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Leukemia inhibitory factor
A: MSC-1 Fab Light chain
B: MSC-1 Fab Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3188
ポリマ－67,9763
非ポリマー1,3425
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area27990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.572, 109.380, 115.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#1: タンパク質 Leukemia inhibitory factor / LIF / Differentiation-stimulating factor / D factor / Melanoma-derived LPL inhibitor / MLPLI


分子量: 19796.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIF, HILDA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15018

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#2: 抗体 MSC-1 Fab Light chain


分子量: 24033.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 MSC-1 Fab Heavy chain


分子量: 24145.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 2種, 4分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 8分子

#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.37 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) glycerol, 0.095 M sodium citrate, pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.0332013463416 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332013463416 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→39.74 Å / Num. obs: 14528 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 58.49 Å2 / CC1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Num. unique obs: 1427 / CC1/2: 0.597

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XPREPデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PVH

1pvh


解像度: 3.1→39.74 Å / SU ML: 0.4437 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.629
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 730 5.03 %
Rwork0.2318 13783 -
obs0.2345 14513 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4728 0 20 7 4755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53386599
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383762
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042841
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.26882907
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.340.33571390.29872706X-RAY DIFFRACTION99.93
3.34-3.680.33191490.26912687X-RAY DIFFRACTION99.82
3.68-4.210.32091410.24522730X-RAY DIFFRACTION99.83
4.21-5.30.25681460.20422762X-RAY DIFFRACTION99.86
5.3-39.740.23961550.20322898X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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