PDB-7n07: Crystal structure of the apo 3D6 antibody fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n07

タイトル

Crystal structure of the apo 3D6 antibody fragment

要素

Fab 3D6 heavy chain
Fab 3D6 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / anti-HIV / gp41

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Cook, J.D. / Lee, J.E.

資金援助

カナダ, 5件

組織	認可番号	国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)	MOP-115066	カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)	PJT-173301	カナダ
Ontario Early Researcher Awards	ER-13-09-116	カナダ
Canada Research Chairs	950-231672	カナダ
Canada Foundation for Innovation		カナダ

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Conformational plasticity of the HIV-1 gp41 immunodominant region is recognized by multiple non-neutralizing antibodies.
著者: Cook, J.D. / Khondker, A. / Lee, J.E.

履歴

登録	2021年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n07.cif.gz	175.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n07.ent.gz	138.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7n07_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7n07_full_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示
XML形式データ	7n07_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	7n07_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/7n07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/7n07	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7n04C 7n05C 7n08C 1dfbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab 3D6 heavy chain

L: Fab 3D6 light chain

ヘテロ分子

50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.429, 84.429, 161.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: 抗体	Fab 3D6 heavy chain 分子量: 26649.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab 3D6 light chain 分子量: 23270.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) PEG 4000, and 15% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9801 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月27日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9801 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→48 Å / Num. obs: 23589 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 20.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.49	1.57	2430	0.877	0.341	1.608	100
8.98-47.95	0.039	548	0.999	0.009	0.04	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.5.28	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DFB

1dfb

解像度: 2.4→48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 13.664 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.313 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2391	2000	8.5 %	RANDOM
R_work	0.1948	-	-	-
obs	0.1986	21524	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.35 Å² / B_iso mean: 61.482 Å² / B_iso min: 27.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3293	0	10	79	3382
B_iso mean	-	-	92.98	45.79	-
残基数	-	-	-	-	433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.017	3381
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.019	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.342	1.855	4598
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.972	2.702	7127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.919	5	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.269	22.808	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.514	15	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.201	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3832
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	143	-
R_work	0.294	1541	-
all	-	1684	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7511	3.3826	1.1889	8.615	2.2726	3.2424	-0.3671	0.8208	0.2007	-0.8823	0.3652	0.2161	-0.2565	-0.0081	0.0019	0.1086	-0.075	-0.0528	0.3193	0.0671	0.1036	3.327	75.369	4.785
2	6.2367	1.3354	-0.1957	5.1849	-0.7482	2.1929	0.0312	-0.0783	0.3566	0.2538	0.0443	0.0041	0.0189	-0.0313	-0.0754	0.0187	0.0091	-0.0137	0.1435	0.0419	0.0747	2.121	73.258	14.675
3	12.2918	-2.774	-3.7555	3.3735	1.6122	1.4804	-0.1201	0.1507	0.9773	-0.7697	0.3967	-0.3588	-0.1322	0.232	-0.2765	0.3633	-0.1537	0.0098	0.3663	0.1001	0.2463	31.337	91.999	-0.77
4	7.9118	-2.3235	-1.2748	4.6561	0.6446	0.2857	-0.1034	0.2324	0.2988	-0.9981	0.2244	-0.0769	-0.0982	0.0948	-0.121	0.3948	-0.184	0.0067	0.4216	0.0603	0.2561	28.428	86.708	-3.589
5	9.3892	-1.8099	-0.713	3.3318	0.1785	4.8366	0.0791	-0.2252	-0.0213	0.214	-0.0333	0.3157	-0.1025	-0.1298	-0.0458	0.0315	0.0138	-0	0.1974	0.0295	0.1268	25.159	63.651	23.835
6	5.3567	1.5367	-3.6476	4.7589	-5.843	13.5979	-0.024	-0.2995	-0.0443	-0.381	0.3007	0.7407	0.6639	-0.4379	-0.2767	0.0438	-0.0386	-0.0292	0.2248	0.0007	0.3157	14.172	59.663	21.536
7	6.1716	-1.5553	3.3476	4.7089	-1.3702	6.0145	0.1481	0.6048	-0.2477	-0.6399	-0.0327	0.2872	0.624	0.3557	-0.1154	0.176	0.0036	-0.0442	0.2565	-0.0243	0.2787	19.886	58.82	12.671
8	8.0262	1.9446	-2.075	4.814	-6.4341	11.1258	0.1342	0.53	-0.0753	-0.0785	-0.0461	0.1089	0.0994	0.2625	-0.0881	0.0156	0.0122	-0.0017	0.1977	-0.0168	0.1729	28.539	60.05	16.102
9	11.1461	-4.4973	-0.0509	2.2023	-0.7521	7.2835	-0.1578	0.0285	-0.4066	0.0483	0.2772	0.3702	0.3351	-0.8205	-0.1195	0.0514	-0.0602	-0.035	0.3148	0.1365	0.2636	14.607	65.681	19.736
10	7.9046	6.5632	-5.3652	5.5581	-4.4443	3.6442	0.1492	-0.009	0.627	0.0926	0.2552	0.3494	-0.0962	0.0546	-0.4044	0.0533	-0.1058	-0.0154	0.9271	-0.0789	0.5782	38.879	70.769	14.381
11	5.2341	-2.7653	0.3618	12.4779	-1.4643	1.9747	-0.1562	-0.6073	1.1014	-0.3443	0.4952	-0.9402	-0.4209	0.3079	-0.339	0.1702	-0.1557	0.1243	0.5065	-0.1595	0.4684	39.65	91.713	6.281
12	5.9254	-3.3282	-1.2034	9.756	-2.8692	1.8598	-0.2877	-0.8367	0.5194	-0.1245	0.6227	0.0521	0.1383	0.0904	-0.3349	0.1766	-0.055	-0.0087	0.7602	-0.0013	0.2529	37.474	85.428	10.779
13	2.9737	-2.2775	-0.1544	13.0312	-1.529	3.0443	-0.3686	-0.3729	1.1873	0.2042	0.399	-1.77	-0.5035	0.4031	-0.0305	0.258	-0.1674	0.0034	0.6271	-0.2783	0.8327	43.948	95.632	8.398

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	34 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	112 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	146 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	L	1 - 25
6	X-RAY DIFFRACTION	6	L	26 - 38
7	X-RAY DIFFRACTION	7	L	39 - 69
8	X-RAY DIFFRACTION	8	L	70 - 83
9	X-RAY DIFFRACTION	9	L	84 - 99
10	X-RAY DIFFRACTION	10	L	100 - 111
11	X-RAY DIFFRACTION	11	L	112 - 148
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	149 - 172
13	X-RAY DIFFRACTION	13	L	173 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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