PDB-7n05: Crystal structure of the F240 antibody fragment bound to the HIV-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n05

タイトル

Crystal structure of the F240 antibody fragment bound to the HIV-1 gp41 immunodominant region

要素

Fab F240 heavy chain
Fab F240 light chain
HIV-1 gp41 immunodominant region

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / anti-HIV / gp41 / immunodominant domain

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Cook, J.D. / Lee, J.E.

資金援助

カナダ, 5件

組織	認可番号	国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)	MOP-115066	カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)	PJT-173301	カナダ
Ontario Early Researcher Awards	ER-13-09-116	カナダ
Canada Research Chairs	950-231672	カナダ
Canada Foundation for Innovation		カナダ

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Conformational plasticity of the HIV-1 gp41 immunodominant region is recognized by multiple non-neutralizing antibodies.
著者: Cook, J.D. / Khondker, A. / Lee, J.E.

履歴

登録	2021年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n05.cif.gz	274.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n05.ent.gz	223.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/7n05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/7n05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7n04SC 7n07C 7n08C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab F240 heavy chain

L: Fab F240 light chain

E: HIV-1 gp41 immunodominant region

ヘテロ分子

52.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.072, 168.748, 78.367
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 E

#3: タンパク質・ペプチド	HIV-1 gp41 immunodominant region 分子量: 1616.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体	Fab F240 heavy chain 分子量: 26653.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab F240 light chain 分子量: 24363.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 432分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.17 M ammonium acetate, 0.085 M sodium citrate-HCl, pH 5.6, 25.5% (w/v) PEG 4000, and 15% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月5日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→46.07 Å / Num. obs: 66334 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.64 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 916192

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.7-1.73	9.9	2.943	26639	2701	0.219	0.973	3.106	0.8	77.7
9-46.07	12	0.031	6675	558	1	0.009	0.032	55.5	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.27	データスケーリング
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7N04

7n04

解像度: 1.7→45.697 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 20.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2038	2000	3.02 %
R_work	0.1722	64223	-
obs	0.1732	66223	97.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 145.24 Å² / B_iso mean: 34.1563 Å² / B_iso min: 14.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→45.697 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3482	0	34	429	3945
B_iso mean	-	-	37.82	41.99	-
残基数	-	-	-	-	455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3596
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.066	4896
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	547
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	626
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.413	2121

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7-1.7425	0.3734	111	0.3679	3556	77
1.7425-1.7897	0.392	124	0.3374	3989	86
1.7897-1.8423	0.3347	140	0.2896	4499	96
1.8423-1.9018	0.2451	144	0.237	4636	100
1.9018-1.9698	0.2457	146	0.2066	4668	100
1.9698-2.0486	0.2292	146	0.1886	4672	100
2.0486-2.1419	0.1983	145	0.1755	4683	100
2.1419-2.2548	0.2174	147	0.172	4703	100
2.2548-2.3961	0.2163	146	0.1674	4717	100
2.3961-2.581	0.2113	147	0.1727	4726	100
2.581-2.8407	0.2082	148	0.1664	4738	100
2.8407-3.2517	0.1612	149	0.1587	4773	100
3.2517-4.0964	0.1815	150	0.1413	4822	100
4.0964-45.697	0.1806	157	0.1531	5041	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2535	-2.0137	-2.3105	3.684	3.455	6.2781	0.0132	0.0952	-0.2367	-0.0844	-0.2102	0.3783	-0.0674	-0.3043	0.169	0.1271	-0.0274	0.0362	0.1645	-0.0361	0.243	-21.429	19.751	-25.818
2	2.7558	-0.5714	-0.8205	2.7928	1.2262	3.2514	-0.213	-0.4321	-0.3731	0.4898	0.0903	0.1651	0.3729	0.2412	0.0726	0.2913	0.0597	0.0988	0.2401	0.0557	0.2611	-16.496	16.777	-17.596
3	0.8768	-0.3253	0.1212	1.3405	0.1156	0.592	-0.0994	-0.0936	0.0588	0.0628	-0.0104	0.0428	-0.063	-0.0451	0.1161	0.1571	0.0087	-0.0198	0.1944	-0.0228	0.1316	-17.381	39.421	-20.721
4	5.2262	3.2881	-1.4614	6.3821	-3.5361	5.0787	-0.0768	-0.0212	0.6525	0.0738	0.2827	0.6168	-0.367	-0.5599	-0.1514	0.2085	0.043	-0.0847	0.2813	-0.0394	0.2859	-27.424	54.792	-23.453
5	1.8789	-2.0968	1.9744	7.5435	-1.7412	5.0154	-0.0461	-0.0527	0.0751	0.4289	0.0494	-0.3946	-0.22	0.0695	0.018	0.0902	-0.0117	-0.0278	0.2267	-0.0263	0.2379	6.486	33.033	-23.185
6	3.9778	-1.2884	0.2026	3.1734	-0.3263	2.6804	-0.0465	-0.2479	-0.3339	0.4581	-0.0617	-0.6983	0.1614	0.0952	0.0459	0.1869	0.0306	0.0243	0.2326	0.0364	0.2881	8.464	16.431	-23.834
7	7.4163	-3.9005	-3.7442	4.9041	4.5519	7.4903	-0.0387	0.1632	0.0959	-0.1612	-0.1519	0.1709	-0.1994	-0.2591	0.2125	0.1406	-0.0134	0.0184	0.1215	-0.0089	0.1653	-4.049	27.746	-29.034
8	0.8536	-0.308	-0.05	2.4641	0.4398	0.9245	-0.0159	-0.0026	0.0357	-0.0449	-0.0847	-0.2174	-0.0034	-0.0194	0.0647	0.1254	-0.0105	-0.0139	0.1789	-0.0008	0.1456	-1.438	34.577	-24.712
9	4.198	-2.4538	-3.4664	1.7474	2.1506	4.3491	-0.2183	-0.1344	0.1254	0.2275	-0.0079	-0.0659	-0.0857	0.0182	0.1833	0.2871	-0.0079	-0.0832	0.2158	-0.0708	0.2551	-6.411	54.292	-12.723
10	1.3504	-0.417	-0.7587	2.1354	1.2998	3.6192	-0.1068	-0.1667	0.2301	0.2071	-0.1036	-0.1404	-0.3378	-0.1173	-0.018	0.2607	0.0287	-0.1279	0.2316	-0.0766	0.2258	-8.818	56.761	-9.324
11	5.7541	2.3922	-1.9157	3.7896	3.101	6.0749	0.1889	0.4641	0.2855	-0.1569	-0.1499	0.1678	-0.2305	0.1151	-0.0433	0.2404	0.0648	0.0273	0.1826	-0.0654	0.2735	-5.445	7.975	-34.026
12	1.174	1.9793	1.8901	4.665	3.6565	3.2099	0.0414	0.938	-1.402	-0.4335	-0.146	-1.0005	1.1847	1.0056	-0.3829	0.4527	0.1571	0.1439	0.3913	-0.0762	0.4314	2.598	6.307	-36.781

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 1:33 )	H	1 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 34:87 )	H	34 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN H AND RESID 88:188 )	H	88 - 188
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 189:213 )	H	189 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN L AND RESID 2:18 )	L	2 - 18
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN L AND RESID 19:32 )	L	19 - 32
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN L AND RESID 33:48 )	L	33 - 48
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN L AND RESID 49:128 )	L	49 - 128
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN L AND RESID 129:150 )	L	129 - 150
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN L AND RESID 151:212 )	L	151 - 212
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN E AND RESID 596:603 )	E	596 - 603
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN E AND RESID 604:610 )	E	604 - 610

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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