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- PDB-7my4: Crystal Structure of the SPA17 Docking and Dimerization Domain fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7my4
タイトルCrystal Structure of the SPA17 Docking and Dimerization Domain from Danio rerio
要素Sperm autoantigenic protein 17
キーワードPROTEIN BINDING / Oligomerization / A-Kinase Anchoring Protein (AKAP) Binding Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cilium movement / motile cilium / calmodulin binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / IQ calmodulin-binding motif / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / IQ motif profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sperm autoantigenic protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Dahlin, H.R. / Zheng, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01 DK119192 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Beyond PKA: Evolutionary and structural insights that define a docking and dimerization domain superfamily.
著者: Dahlin, H.R. / Zheng, N. / Scott, J.D.
履歴
登録2021年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sperm autoantigenic protein 17
B: Sperm autoantigenic protein 17
C: Sperm autoantigenic protein 17
D: Sperm autoantigenic protein 17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6544
ポリマ－33,6544
非ポリマー00
水6,035335
1
A: Sperm autoantigenic protein 17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4131
ポリマ－8,4131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sperm autoantigenic protein 17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4131
ポリマ－8,4131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sperm autoantigenic protein 17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4131
ポリマ－8,4131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sperm autoantigenic protein 17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4131
ポリマ－8,4131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.957, 60.957, 89.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 7 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 7 and (name N or name...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 7 and (name N or name...
d_4ens_1(chain "D" and ((resid 7 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNARGA1 - 19
d_12ens_1VALARGA22 - 24
d_13ens_1GLNTHRA27 - 40
d_14ens_1LEUARGA43 - 47
d_15ens_1GLUGLUA50
d_16ens_1GLYLEUA53 - 63
d_17ens_1ASPHISA66 - 72
d_21ens_1ASNARGB1 - 19
d_22ens_1VALARGB21 - 23
d_23ens_1GLNTHRB26 - 39
d_24ens_1LEUARGB42 - 46
d_25ens_1GLUGLUB49
d_26ens_1GLYLEUB52 - 62
d_27ens_1ASPHISB64 - 70
d_31ens_1ASNARGC1 - 19
d_32ens_1VALARGC22 - 24
d_33ens_1GLNTHRC27 - 40
d_34ens_1LEUARGC43 - 47
d_35ens_1GLUGLUC49
d_36ens_1GLYLEUC52 - 62
d_37ens_1ASPHISC64 - 70
d_41ens_1ASNARGD1 - 19
d_42ens_1VALARGD21 - 23
d_43ens_1GLNTHRD26 - 39
d_44ens_1LEUARGD42 - 46
d_45ens_1GLUGLUD48
d_46ens_1GLYLEUD51 - 61
d_47ens_1ASPHISD63 - 69

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999998882618, 0.000704253608404, 0.00131863171406), (-0.000703990370128, -0.999999732182, 0.000200083379915), (0.00131877227035, 0.000199154852317, 0.999999110588)-0.0578942959754, -0.0118158667267, 0.0403923561814
2given(0.500770104026, 0.86558032711, 1.52871988589E-5), (0.865580253336, -0.50077005389, -0.000422092065013), (-0.000357699216309, 0.000224603384766, -0.999999910802)-0.000955164013476, 0.00753663953879, 75.8187853159
3given(-0.50046378046, -0.865757382272, -0.000399361235345), (-0.865757353907, 0.500463900924, -0.000296693241964), (0.000456730246219, 0.000197265704855, -0.999999876242)0.0158138084175, 0.0075635677641, 75.8382951329

-
要素

#1: タンパク質
Sperm autoantigenic protein 17


分子量: 8413.407 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: spa17 / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1QK17
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.5 M magnesium formate dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→34.03 Å / Num. obs: 38456 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 11.79 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 1.02
反射 シェル解像度: 1.72→1.77 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Num. unique obs: 2519 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2izx

2izx


解像度: 1.72→34.03 Å / SU ML: 0.1278 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.23 / 位相誤差: 17.0526
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1645 1971 5.13 %
Rwork0.1545 36485 -
obs0.1551 38456 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→34.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2156 0 0 335 2491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00842362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92283219
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0477329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064447
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5527897
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.325031633034
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.359911891657
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.333251414717
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.770.17181370.17292519X-RAY DIFFRACTION94.59
1.77-1.810.20961420.16312502X-RAY DIFFRACTION95.97
1.81-1.870.16041400.15722590X-RAY DIFFRACTION97.15
1.87-1.930.19621440.15492587X-RAY DIFFRACTION98.24
1.93-20.22791410.15462630X-RAY DIFFRACTION98.68
2-2.080.1571310.14672633X-RAY DIFFRACTION99.07
2.08-2.170.15431390.13922621X-RAY DIFFRACTION99.21
2.17-2.290.16071500.14912630X-RAY DIFFRACTION98.97
2.29-2.430.11451440.14242584X-RAY DIFFRACTION99.16
2.43-2.620.19741440.14722646X-RAY DIFFRACTION99.39
2.62-2.880.19141350.15292649X-RAY DIFFRACTION99.29
2.88-3.30.14831380.15952638X-RAY DIFFRACTION99.71
3.3-4.150.15361380.14512636X-RAY DIFFRACTION99.78
4.15-34.030.15641480.17832620X-RAY DIFFRACTION99.18
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.210331558916 Å / Origin y: -0.200844421796 Å / Origin z: 37.8921510452 Å
111213212223313233
T0.0779259569779 Å20.0287863948042 Å2-0.00054901519883 Å2-0.0450953477277 Å20.000362971403594 Å2--0.0354127861403 Å2
L0.541648496246 °20.297926969854 °2-0.000872194938204 °2-0.200679303135 °20.00409434686855 °2--0.0572123171208 °2
S-0.00939055500169 Å °-0.00872362069306 Å °-2.46752128488E-5 Å °-0.0120779178371 Å °0.00469030002087 Å °0.00156538360692 Å °0.000140546448106 Å °-0.000648191639035 Å °0.00140446904927 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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