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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mxs | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human exonuclease 1 Exo1 (WT) in complex with 5' recessed-end DNA (cr) | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / Human Exonuclease 1 Complex with DNA / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / flap endonuclease activity / t-circle formation / 5'-flap endonuclease activity / DNA double-strand break processing / 5'-3' exonuclease activity / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) ...double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / flap endonuclease activity / t-circle formation / 5'-flap endonuclease activity / DNA double-strand break processing / 5'-3' exonuclease activity / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / exonuclease activity / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / 5'-3' DNA exonuclease activity / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / mismatch repair / meiotic cell cycle / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Processing of DNA double-strand break ends / DNA recombination / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nuclear body / DNA repair / chromatin binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.798 Å | |||||||||
データ登録者 | Shi, Y. / Beese, L.S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structures of reaction intermediates reveal transient Mg2+-binding events that dynamically coordinate Human Exonuclease I activities 著者: Shi, Y. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mxs.cif.gz | 186.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mxs.ent.gz | 145.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mxs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mxs_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7mxs_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7mxs_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mxs_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/7mxs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/7mxs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7mxqC 7mxrC 7mxtC 7mxuC 7mxvC 7mxwC 7mxxC 5v05S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 Z
#1: タンパク質 | 分子量: 40354.762 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-352 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXO1, EXOI, HEX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UQ84, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#2: DNA鎖 | 分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 2740.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 83分子
#4: 化合物 | ChemComp-MN / #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 100 mM sodium acetate, pH 7.0; 10 mM KCl; 2-4% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.798→50 Å / Num. obs: 12688 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 28.93 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.677 / Num. unique obs: 613 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5V05 解像度: 2.798→38.577 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.89 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 217.68 Å2 / Biso mean: 99.5807 Å2 / Biso min: 43.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.798→38.577 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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