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- PDB-7mx9: Crystal structure of the SARS-CoV-2 ORF8 accessory protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mx9
タイトルCrystal structure of the SARS-CoV-2 ORF8 accessory protein
要素ORF8 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / COVID19 / ORF8 / immunoglobulin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation of Accessory Proteins / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / Interleukin-17 signaling / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of interferon-beta production / cytokine activity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lysosome / virus-mediated perturbation of host defense response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses ...Translation of Accessory Proteins / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / Interleukin-17 signaling / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of interferon-beta production / cytokine activity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lysosome / virus-mediated perturbation of host defense response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
SARS-like ORF8 accessory protein, Ig-like domain / SARS ORF8 accessory protein immunoglobulin (Ig)-like domain profile. / Non-structural protein ORF8, betacoronavirus / ORF8, SARS-CoV-2 / Betacoronavirus NS8 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bailey-Elkin, B.A. / Stetefeld, J.
資金援助2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-004954-2017
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)201610PJT-152935
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The unique ORF8 protein of SARS-CoV-2 binds to human dendritic cells and induces a cytokine storm
著者: Hamdorf, M. / Imhof, T. / Theobald, S.J. / Simonis, A. / Di Cristanziano, V. / Gieselmann, L. / Dewald, F. / Lehmann, C. / Augustin, M. / Klein, F. / Alejandre Alcazar, M.A. / Rongisch, R. / ...著者: Hamdorf, M. / Imhof, T. / Theobald, S.J. / Simonis, A. / Di Cristanziano, V. / Gieselmann, L. / Dewald, F. / Lehmann, C. / Augustin, M. / Klein, F. / Alejandre Alcazar, M.A. / Rongisch, R. / Fabri, M. / Cursiefen, C. / Rybniker, J. / Bailey-Elkin, B.A. / Stetefeld, J. / Koch, M. / Bock, F.
履歴
登録2021年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF8 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9071
ポリマ－12,9071
非ポリマー00
水19811
1
A: ORF8 protein

A: ORF8 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8132
ポリマ－25,8132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area1340 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.349, 51.349, 74.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

#1: タンパク質 ORF8 protein / ORF8 / Non-structural protein 8 / ns8


分子量: 12906.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.99 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.2 M Lithium chloride, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→42.2 Å / Num. obs: 3379 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 48.13 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.796 / Num. unique obs: 400 / CC1/2: 0.932

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2-3874_3874: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JTL

7jtl


解像度: 2.6→30.04 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2966 336 10.02 %
Rwork0.2432 --
obs0.2487 3353 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数715 0 0 11 726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7481037
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.864101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05114
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005133
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-3.280.37251610.29821456X-RAY DIFFRACTION100
3.28-30.040.2711750.2241561X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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