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万見
- PDB-7mwn: An engineered PYL2-based WIN 55,212-2 synthetic cannabinoid senso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mwn
タイトルAn engineered PYL2-based WIN 55,212-2 synthetic cannabinoid sensor with a stabilized HAB1 variant
要素
  • Abscisic acid receptor PYL2
  • HAB1-T+
キーワードPLANT PROTEIN / PYR/PYL/RCAR / PYL2 / HORMONE RECEPTOR / Biosensor / cannabinoid
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / : / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-WI5 / Abscisic acid receptor PYL2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.902 Å
データ登録者Peterson, F.C. / Beltran, J. / Bedewitz, M. / Steiner, P.J. / Cutler, S.R. / Whitehead, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)HR001118C0137 米国
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2022
タイトル: Rapid biosensor development using plant hormone receptors as reprogrammable scaffolds.
著者: Beltran, J. / Steiner, P.J. / Bedewitz, M. / Wei, S. / Peterson, F.C. / Li, Z. / Hughes, B.E. / Hartley, Z. / Robertson, N.R. / Medina-Cucurella, A.V. / Baumer, Z.T. / Leonard, A.C. / Park, S. ...著者: Beltran, J. / Steiner, P.J. / Bedewitz, M. / Wei, S. / Peterson, F.C. / Li, Z. / Hughes, B.E. / Hartley, Z. / Robertson, N.R. / Medina-Cucurella, A.V. / Baumer, Z.T. / Leonard, A.C. / Park, S.Y. / Volkman, B.F. / Nusinow, D.A. / Zhong, W. / Wheeldon, I. / Cutler, S.R. / Whitehead, T.A.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYL2
B: HAB1-T+
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,89410
ポリマ－57,9662
非ポリマー9288
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.326, 69.226, 142.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYL2 / PYR1-like protein 2 / Regulatory components of ABA receptor 14


分子量: 21246.816 Da / 分子数: 1 / 変異: K64Q,F165A, V166I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PYL2, RCAR14, At2g26040, T19L18.15 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O80992
#2: タンパク質 HAB1-T+


分子量: 36719.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 227分子

#3: 化合物 ChemComp-WI5 / {(3R)-5-methyl-3-[(morpholin-4-yl)methyl]-2,3-dihydro[1,4]oxazino[2,3,4-hi]indol-6-yl}(naphthalen-1-yl)methanone / Win-55212-2


分子量: 426.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H26N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM bis-tris propane, 200 mM sodium bromide and 19% (w/v) PEG 3,350
PH範囲: 6.4-6.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.52 Å / Num. obs: 48429 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.826 % / Biso Wilson estimate: 37.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.899 / Net I/σ(I): 11.76 / Num. measured all: 352075 / Scaling rejects: 31
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.953.7721.2781.1625379682367280.5671.48798.6
1.95-23.850.8541.7525727668766830.7460.99299.9
2-2.063.8490.6132.3824817644964470.8570.711100
2.06-2.133.860.5012.9124272629362880.8920.58199.9
2.13-2.23.8690.3893.6923771614761440.9310.451100
2.2-2.273.8720.2814.8722669586258550.9650.32699.9
2.27-2.363.8810.2315.8822244574157320.9730.26899.8
2.36-2.463.8790.1847.2321034543354220.980.21499.8
2.46-2.563.8740.1458.9420414527652690.9860.16999.9
2.56-2.693.8680.11511.0319183496949590.9910.13399.8
2.69-2.843.8680.08813.7418363478047480.9940.10299.3
2.84-3.013.8350.0716.817241451444960.9950.08199.6
3.01-3.223.7970.05421.3615996424142130.9960.06399.3
3.22-3.473.7780.04424.714797394139170.9970.05299.4
3.47-3.83.7340.03828.213490363236130.9970.04599.5
3.8-4.253.7380.03431.112298330132900.9980.0499.7
4.25-4.913.7360.03132.9810699287928640.9980.03799.5
4.91-6.013.7130.03132.669030244524320.9980.03699.5
6.01-8.513.6860.0333.236971190218910.9980.03599.4
8.51-46.523.5730.02734.023680104610300.9990.03198.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.43 Å46.52 Å
Translation6.43 Å46.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.19.1-4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LA7

4la7


解像度: 1.902→38.61 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2114 1995 4.12 %
Rwork0.1851 46414 -
obs0.1862 48409 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.72 Å2 / Biso mean: 52.9762 Å2 / Biso min: 28.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.902→38.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3685 0 63 219 3967
Biso mean--46.12 50.2 -
残基数----474
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.902-1.950.34411390.3385322498
1.95-20.32051410.28563276100
2-2.060.2721420.25223277100
2.06-2.130.25681390.23353274100
2.13-2.20.24781430.20953303100
2.2-2.290.20151410.19383284100
2.29-2.40.23991410.19343295100
2.4-2.520.21831420.19043288100
2.52-2.680.26031430.20043327100
2.68-2.890.27881420.2083333399
2.89-3.180.20321420.1943330299
3.18-3.640.21261440.1814334099
3.64-4.580.17581460.1501337499
4.58-38.610.18341500.1682351799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.89970.80551.51367.0845-1.4485.27830.0965-0.6881.56160.39770.03720.0495-1.1511-0.0332-0.15030.5685-0.07790.03450.5821-0.2390.73312.83685.02762.3927
24.91322.6231-5.81081.3999-3.10376.86840.4561-2.73521.04890.2291-0.39970.3283-1.01691.76220.01270.4979-0.11440.00080.7714-0.11360.550128.95931.1104-3.8381
37.54971.457-2.26651.7025-0.47862.3379-0.034-0.18940.09680.0089-0.04730.0137-0.14020.05240.08980.2881-0.0044-0.01330.3538-0.04370.296610.5727-7.1203-2.6212
44.3936-0.64074.37542.2108-1.72738.57850.0309-0.2609-0.4147-0.12330.07820.22920.0501-0.4495-0.08280.265-0.0222-0.00950.32060.01030.372417.4811-21.0138-9.2368
57.1905-6.0892-3.89366.96275.28568.8267-0.1008-0.61160.27560.16890.268-0.26250.04610.1005-0.17720.2285-0.0754-0.02140.4570.03120.294821.3619-13.92890.2571
65.6799-1.4007-5.16913.63112.36417.31320.2132-0.43460.4182-0.260.07450.1425-0.43240.2501-0.34290.288-0.0307-0.04650.2582-0.00840.317813.9298-6.0909-3.3467
77.05040.3112-0.89362.3958-1.47590.9728-0.34290.4573-0.1304-0.1211-0.0436-0.18950.12020.09610.40990.3186-0.0943-0.02240.3977-0.06760.327820.2706-3.6242-8.8138
82.06878.2306-9.09047.8367-6.54628.8452-0.08620.33270.3443-0.1170.11270.0464-0.251-0.2175-0.09250.2960.0397-0.02370.40280.05180.364612.2031-6.9986-12.0464
92.51350.0097-0.13252.14310.72183.1415-0.01850.33330.0667-0.2338-0.27060.4895-0.5422-0.87070.22470.4110.1713-0.07760.5935-0.10360.40983.989-18.0144-41.1406
106.2857-0.263.28682.94150.22265.0612-0.18540.21820.594-0.609-0.1254-0.0161-1.3652-0.02480.25130.77620.0244-0.02830.3587-0.00790.359416.8863-4.364-29.6048
112.4783-1.4617-0.9913.64182.17595.3580.02750.4285-0.1863-0.355-0.18970.062-0.1909-0.190.15940.30810.0409-0.03120.444-0.02550.298715.9094-24.9545-47.8689
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 25 )A7 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 33 )A26 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 34 through 55 )A34 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 56 through 94 )A56 - 94
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 95 through 116 )A95 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 117 through 140 )A117 - 140
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 141 through 158 )A141 - 158
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 159 through 186 )A159 - 186
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 186 through 368 )B186 - 368
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 369 through 402 )B369 - 402
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 403 through 505 )B403 - 505

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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