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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mtt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of colibactin self-resistance protein ClbS in complex with two molecules of CHES | ||||||
![]() | Colibactin self-protection protein ClbS | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / hydrolase / DNA repair | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF1706 / Protein of unknown function (DUF1706) / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / Colibactin self-protection protein ClbS![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tripathi, P. / Bruner, S.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for the Interactions of the Colibactin Resistance Gene Product ClbS with DNA. 著者: Tripathi, P. / Bruner, S.D. #1: ![]() タイトル: ClbS Is a Cyclopropane Hydrolase That Confers Colibactin Resistance 著者: Tripathi, P. / Bruner, S.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 940.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 941.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20747.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: clbS, APU18_08100, AWF59_018730, AZZ83_004503, CT146_21495, CUB99_02165, D3C88_24730, DNR41_00045, DNX30_29170, DS966_21615, DU333_02935, DW236_02620, ELT23_23590, ELT33_24270, EPS70_ ...遺伝子: clbS, APU18_08100, AWF59_018730, AZZ83_004503, CT146_21495, CUB99_02165, D3C88_24730, DNR41_00045, DNX30_29170, DS966_21615, DU333_02935, DW236_02620, ELT23_23590, ELT33_24270, EPS70_02685, EPS94_00180, EWK56_23755, FPI65_12320, FQU83_11985, GFU47_04510, GP945_05010, GP946_20500, HHG54_004716, HHJ44_00090, HJL93_000008, HJM41_001166, HJO44_004707, HJS53_002303, HmCmsJML146_00176, HNX34_25610, HV055_09710, HV098_09980, HV348_09415, NCTC9075_02752, NCTC9434_01964 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES, pH 9.5, and 20% (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→44.62 Å / Num. obs: 17844 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.915 Å / Num. unique obs: 1713 / CC1/2: 0.961 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6ANR 解像度: 1.85→44.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.265 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.59 Å2 / Biso mean: 36.132 Å2 / Biso min: 19.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→44.62 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.897 Å / Rfactor Rfree error: 0
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