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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7msv | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Solution Structure of Berberine Bound to a dGMP Fill-in G-Quadruplex in the PDGFR-b Promoter | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / G-quadruplex / promoter / Guanine metabolite | 機能・相同性 | BERBERINE / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | 手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | データ登録者 | Wang, K.B. / Dickerhoff, J. / Yang, D. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021 | タイトル: Solution Structure of Ternary Complex of Berberine Bound to a dGMP-Fill-In Vacancy G-Quadruplex Formed in the PDGFR-beta Promoter. 著者: Wang, K.B. / Dickerhoff, J. / Yang, D. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7msv.cif.gz | 147.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7msv.ent.gz | 121.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7msv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/7msv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/7msv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6009.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-DGP / | ||
#3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 4 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |