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万見
- PDB-7msv: Solution Structure of Berberine Bound to a dGMP Fill-in G-Quadrup... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7msv
タイトルSolution Structure of Berberine Bound to a dGMP Fill-in G-Quadruplex in the PDGFR-b Promoter
要素DNA (5'-D(*AP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')
キーワードDNA / G-quadruplex / promoter / Guanine metabolite
機能・相同性BERBERINE / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Wang, K.B. / Dickerhoff, J. / Yang, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA177585 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Solution Structure of Ternary Complex of Berberine Bound to a dGMP-Fill-In Vacancy G-Quadruplex Formed in the PDGFR-beta Promoter.
著者: Wang, K.B. / Dickerhoff, J. / Yang, D.
履歴
登録2021年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0304
ポリマ－6,0101
非ポリマー1,0203
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1690 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area3990 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 6009.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-DGP / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dGMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#3: 化合物 ChemComp-BER / BERBERINE / ベルベリン


分子量: 336.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18NO4 / コメント: alkaloid*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic22D 1H-1H NOESY
221anisotropic22D 1H-1H NOESY
331anisotropic22D 1H-1H NOESY
141anisotropic22D 1H-13C HSQC
151anisotropic22D 1H-1H TOCSY
162anisotropic21D GEJRSE HMQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.5 mM BER-dGMP-Pu19m2, 90% H2O/10% D2OThe ternary complex of berberine bound to dGMP fill-in G4 sample was used for 2D NMR data collection.NO90% H2O/10% D2O
solution29 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] dGMP, 90% H2O/10% D2OThe dGMP was involved in the G4 formation in the ternary complex and was confirmed by using 13C-15N-labeled dGMP with 15N-edited experiments13C_15N_dGMP90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMBER-dGMP-Pu19m2natural abundance1
9 mMdGMP[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150 mMconditions_17760 mmHg298 K
250 mMconditions_27760 mmHg288 K
350 mMconditions_37760 mmHg308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AV 500BrukerAV 5005001
Bruker AV 800BrukerAV 8008002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JL.chemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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