[日本語] English
万見
- PDB-7ms2: Three-dimensional structure of a GH3 Beta-glucosidase from Clostr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ms2
タイトルThree-dimensional structure of a GH3 Beta-glucosidase from Clostridium thermocellum in complex with glycerol
要素Thermostable beta-glucosidase B
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain ...: / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Thermostable beta-glucosidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Hungateiclostridium thermocellum AD2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Almeida, L.R. / Muniz, J.R.C.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/09152-6 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Three-dimensional structure of a GH3 Beta-glucosidase from Clostridium thermocellum in complex with glycerol
著者: Almeida, L.R. / Muniz, J.R.C.
履歴
登録2021年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thermostable beta-glucosidase B
B: Thermostable beta-glucosidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,86411
ポリマ－168,1772
非ポリマー6889
水7,260403
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7130 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area51210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.840, 148.060, 198.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 5 or (resid 6...
21(chain B and ((resid 3 through 4 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALILEILE(chain A and (resid 3 through 5 or (resid 6...AA3 - 53 - 5
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 3 through 5 or (resid 6...AA66
13METMETLYSLYS(chain A and (resid 3 through 5 or (resid 6...AA1 - 7501 - 750
14METMETLYSLYS(chain A and (resid 3 through 5 or (resid 6...AA1 - 7501 - 750
15METMETLYSLYS(chain A and (resid 3 through 5 or (resid 6...AA1 - 7501 - 750
16METMETLYSLYS(chain A and (resid 3 through 5 or (resid 6...AA1 - 7501 - 750
17METMETLYSLYS(chain A and (resid 3 through 5 or (resid 6...AA1 - 7501 - 750
21VALVALASPASP(chain B and ((resid 3 through 4 and (name N...BB3 - 43 - 4
22VALVALLYSLYS(chain B and ((resid 3 through 4 and (name N...BB3 - 7503 - 750
23VALVALLYSLYS(chain B and ((resid 3 through 4 and (name N...BB3 - 7503 - 750
24VALVALLYSLYS(chain B and ((resid 3 through 4 and (name N...BB3 - 7503 - 750
25VALVALLYSLYS(chain B and ((resid 3 through 4 and (name N...BB3 - 7503 - 750

-
要素

#1: タンパク質 Thermostable beta-glucosidase B / Beta-D-glucoside glucohydrolase / Cellobiase / Gentiobiase / Beta-glucosidase 3B


分子量: 84088.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Ser 738 is phosphorylated probably due to the chemical environment or buffer as post-translational modification
由来: (組換発現) Hungateiclostridium thermocellum AD2 (バクテリア)
株: AD2 / 遺伝子: bglB, Cthe_1256 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14002, beta-glucosidase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.97 % / 解説: plate
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl:Bicine; pH 8.5; 0.12 M Alcohols [1,6-Hexanediol (HEZ), 1-buthanol (1BO), 1,2-Propanediol (PGO), 2-Propanol (IPA), 1,4-Butanediol (BU1), 1,3-Propandiol (PDO)]; 37.5% v/v ...詳細: 0.1 M Tris-HCl:Bicine; pH 8.5; 0.12 M Alcohols [1,6-Hexanediol (HEZ), 1-buthanol (1BO), 1,2-Propanediol (PGO), 2-Propanol (IPA), 1,4-Butanediol (BU1), 1,3-Propandiol (PDO)]; 37.5% v/v Precipitant Mix [25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350]
PH範囲: 7.0-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→69.37 Å / Num. obs: 120455 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 26.5 % / Biso Wilson estimate: 25.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.321 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.327 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 3197927 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.04-2.1526.99.99173590.5962.87315.00399.6
6.45-69.3723.50.05741530.9990.0120.05899.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.06 Å69.37 Å
Translation4.06 Å69.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2X40

2x40


解像度: 2.04→60.44 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 1999 2.89 %
Rwork0.2017 67153 -
obs0.2025 69152 57.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.86 Å2 / Biso mean: 42.6041 Å2 / Biso min: 14.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→60.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11327 0 40 405 11772
Biso mean--42.34 32.42 -
残基数----1494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50915672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1664189
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421767
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042053
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6798X-RAY DIFFRACTION5.699TORSIONAL
12B6798X-RAY DIFFRACTION5.699TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.04-2.090.3231500.28941687173720
2.09-2.150.2811560.27861878193423
2.15-2.210.3426630.26772117218026
2.21-2.280.2819760.27172534261031
2.28-2.360.297920.27443123321538
2.36-2.460.3091080.26363619372744
2.46-2.570.33541190.25423976409548
2.57-2.710.28371340.26534499463354
2.71-2.880.29571550.26095209536462
2.88-3.10.27411790.24495985616472
3.1-3.410.27732090.22297001721084
3.41-3.90.20382440.18498215845998
3.9-4.920.1752530.146885268779100
4.92-60.440.18252610.1787849045100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.91886.50081.32917.4392.48086.19560.2753-0.1006-0.7149-0.07280.1564-1.0665-0.02060.4263-0.23240.6453-0.3227-0.12340.48450.16430.467935.086734.32782.5124
20.8533-0.50440.05984.7691-0.46530.4455-0.06610.14350.1766-0.1584-0.0898-0.1077-0.4634-0.00940.12110.5476-0.143-0.12010.28130.05640.201120.349224.7114.1102
36.4045-2.6561-2.04688.83126.34734.5918-0.12-0.45951.1525-0.4892-0.14880.3872-1.2543-1.01540.31350.8059-0.0516-0.05070.5369-0.14250.5586.950811.41793.9389
42.9957-0.05542.70491.5355-1.18345.4093-0.14980.1621-0.0469-0.4385-0.0608-0.20170.27220.33450.13670.2639-0.09220.04880.171-0.00220.138125.3308-1.123311.2224
50.90420.02870.0641.3697-0.5311.4908-0.10170.02270.0939-0.0678-0.0208-0.175-0.31990.37190.11260.2851-0.1072-0.04390.23610.03540.151526.970912.306320.1052
61.3072-0.0088-0.06253.74480.71881.9031-0.0822-0.01610.3946-0.2872-0.16850.2105-0.5180.07070.21520.404-0.1575-0.09950.2270.03790.231720.361427.759815.5657
71.4244-1.5522-1.14627.31593.12722.38330.19320.09520.3512-0.4534-0.0705-0.3983-0.53750.188-0.15220.4537-0.1764-0.05970.29450.09350.276928.332431.658.9356
83.98320.18750.80861.67331.43941.34370.05610.60870.1668-0.9731-0.19980.06680.2335-0.00040.11890.7148-0.06070.14430.2898-0.01140.168425.54860.358-3.7928
91.19270.2358-0.00960.88590.18370.7955-0.1250.0755-0.2781-0.22680.05890.09620.8598-0.08790.05270.6614-0.0819-0.00610.2744-0.00050.217819.1845-14.183412.9764
104.2351-0.8026-0.69254.44771.00860.2931-0.23380.1303-0.68470.0441-0.06790.16360.6075-0.18780.20061.2123-0.1375-0.07090.2851-0.01560.338916.7601-24.48735.1471
113.48353.2688-0.13718.2459-2.52611.1150.2267-0.3310.08170.8771-0.2080.82020.2767-0.20810.10170.9831-0.5011-0.06910.54830.03510.55083.003-21.799719.5516
120.66330.05310.27385.266-0.64860.207-0.0345-0.1285-0.0402-0.7825-0.0040.67360.347-0.45530.05280.2813-0.1214-0.03720.3290.03450.300311.7012-7.844922.2283
133.96630.091-1.15987.1776-0.5010.3702-0.1337-0.3659-0.540.5216-0.23980.17870.55510.00680.33260.8449-0.288-0.03290.36910.07180.379810.6314-21.933525.8379
140.7989-0.06290.20332.1661-0.02772.2785-0.0397-0.0808-0.13280.0175-0.0337-0.1150.47030.13330.05050.2898-0.00620.00940.21110.05640.13325.7914-7.344427.993
152.3778-0.5974-0.28272.6365-0.46173.0053-0.0789-0.0561-0.14750.1406-0.084-0.69010.52610.93240.10250.35070.11250.05740.51390.13410.351644.2407-5.727526.0241
160.55060.4363-0.31681.66170.580.7134-0.1245-0.1541-0.06310.322-0.0105-0.5430.00520.9046-0.17350.3182-0.0979-0.15970.74640.13390.390744.50483.856934.765
171.61371.4223.78955.25111.75699.58390.22960.0193-0.11910.6662-0.123-0.6986-0.50331.3886-0.11780.6482-0.2201-0.05940.67490.10180.482447.16319.910453.5188
184.50661.9589-0.34055.9416-0.68571.8607-0.3197-0.55090.26580.2524-0.0297-1.4805-0.75861.3330.30130.6251-0.2466-0.16640.9386-0.00180.761446.340414.783668.2463
193.05564.75612.60677.96074.17315.26570.2332-1.57110.81240.28850.2653-0.62050.64450.0201-0.46210.8964-0.11890.02561.0648-0.0720.835745.824228.293870.2719
200.25750.06170.3020.06230.19820.6862-0.04950.1627-0.4482-0.33630.3444-0.30750.614-0.2304-0.22381.229-0.4136-0.18490.75240.35471.546450.038329.432556.2437
210.38730.2445-0.17173.9011.0920.45750.0879-0.09260.32460.2274-0.07770.1411-1.15840.0251-0.18851.3779-0.09680.09280.1777-0.03330.338624.25524.872984.9676
223.29862.7257-4.63633.6877-4.69257.3908-0.1686-1.54861.30911.204-0.3429-2.5851-1.2952.08640.46250.909-0.1355-0.32110.90390.01710.978837.99238.47885.5394
230.7039-0.3814-0.02172.98450.69722.76360.1991-0.1134-0.01950.6227-0.12710.1163-0.1115-0.3872-0.04910.28390.00650.09990.160.02350.156819.3051.570580.7648
240.1530.1508-0.10571.2315-0.31011.15650.20390.15810.2295-0.0489-0.09160.0874-1.1226-0.2212-0.08720.54210.09030.02840.23950.05980.191719.705312.48365.4451
259.88513.76683.51268.70426.11164.38270.368-0.50771.0222-0.4364-0.56450.7302-1.0474-1.12610.38011.02160.25810.25580.42210.02190.45619.888420.176470.5345
260.5774-0.0038-0.18680.8339-0.76441.25990.09520.12040.19230.13760.00460.1005-0.9913-0.1629-0.09631.0984-0.03870.13120.00330.11980.221822.274414.817477.6688
272.0157-0.4049-0.2393.5310.9012.36190.1027-0.2123-0.25520.2366-0.1112-0.1940.40340.44010.02950.33820.07-0.05510.28150.080.200532.186-17.89777.913
285.2571.45482.40732.7765-0.25998.30340.04440.7788-0.0571-0.531-0.2165-0.98840.07011.09890.20250.6810.30770.05670.5740.06220.506144.8744-24.048166.5004
292.32990.05910.44338.6233-2.59761.7982-0.06830.1846-0.07440.5309-0.2887-1.250.13710.60320.34090.42430.0358-0.00230.33720.07630.264334.6839-11.12866.5689
301.26171.3014-0.87867.2458-3.0281.4422-0.07090.062-0.2099-1.4281-0.41-0.35470.980.35640.49230.58520.14390.04070.44140.01960.252235.6451-21.246460.9325
310.8690.01410.44131.52320.27972.3619-0.02220.0149-0.1076-0.0259-0.0903-0.08140.4690.1960.11610.27450.05740.01670.15690.02440.144425.111-11.924163.7329
320.9081.4092-0.61917.1236-1.45265.6207-0.17891.01820.6547-0.53130.0042-0.5311-1.00771.11560.14150.4768-0.05790.08270.50160.13440.288230.765413.300150.689
331.91530.1593-0.03131.9782-0.75182.4150.03980.03790.0766-0.05980.04370.53260.1741-0.951-0.06250.312-0.0713-0.05060.4583-0.01850.24286.5008-6.340757.3906
342.31550.6093-0.29622.2840.2061.91960.2689-0.0304-0.09610.04740.15010.65290.1462-0.8943-0.37280.1981-0.0351-0.00660.52540.00870.25754.723-7.511561.5101
351.82350.95680.37034.5122-1.23250.82450.03930.23750.2424-0.37470.15220.7127-0.421-0.9542-0.22530.54550.2798-0.05380.76690.05870.35071.64769.760253.7295
360.93590.256-0.87660.1351-0.17670.86230.08960.31470.0442-0.30680.19340.6228-0.1715-0.9783-0.21040.30570.0503-0.09640.90990.06350.48260.26661.168250.9571
375.58341.54013.94175.17150.33462.9057-0.2060.00920.10250.09330.05651.5688-0.5336-0.88690.21570.29560.0904-0.03340.72330.05460.7255-2.137121.287626.8632
386.1677-1.75111.19062.71441.73426.4302-0.28280.1593-0.1961-0.32570.05881.0332-0.2378-1.22940.19380.3368-0.0261-0.12230.53670.11190.52622.593114.159619.6826
397.2612-1.6963-0.90462.7797-0.16913.9311-0.81531.03731.39651.03690.2901-0.0192-0.1537-0.15380.48161.2033-0.20760.02680.5580.18211.03431.659129.309519.1577
400.2277-0.29590.41930.5255-0.55080.7725-0.3968-0.8487-0.02910.36680.53780.3057-0.3025-0.2955-0.11310.52030.21860.0210.8088-0.3711.513-3.043730.210232.1014
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:10)A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 11:51)A11 - 51
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 52:62)A52 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 63:83)A63 - 83
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 84:222)A84 - 222
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 223:262)A223 - 262
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 263:293)A263 - 293
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 294:308)A294 - 308
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 309:361)A309 - 361
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 362:376)A362 - 376
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 377:403)A377 - 403
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 404:428)A404 - 428
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 429:448)A429 - 448
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 449:563)A449 - 563
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 564:626)A564 - 626
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 627:669)A627 - 669
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 670:693)A670 - 693
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 694:731)A694 - 731
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 732:742)A732 - 742
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 743:750)A743 - 750
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 3:50)B3 - 50
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 51:63)B51 - 63
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 64:105)B64 - 105
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 106:221)B106 - 221
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 222:225)B222 - 225
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 226:327)B226 - 327
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 328:384)B328 - 384
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 385:400)B385 - 400
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 401:426)B401 - 426
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 427:447)B427 - 447
31X-RAY DIFFRACTION31(chain B and resid 448:513)B448 - 513
32X-RAY DIFFRACTION32(chain B and resid 514:523)B514 - 523
33X-RAY DIFFRACTION33(chain B and resid 524:579)B524 - 579
34X-RAY DIFFRACTION34(chain B and resid 580:623)B580 - 623
35X-RAY DIFFRACTION35(chain B and resid 624:650)B624 - 650
36X-RAY DIFFRACTION36(chain B and resid 651:678)B651 - 678
37X-RAY DIFFRACTION37(chain B and resid 679:705)B679 - 705
38X-RAY DIFFRACTION38(chain B and resid 706:732)B706 - 732
39X-RAY DIFFRACTION39(chain B and resid 733:743)B733 - 743
40X-RAY DIFFRACTION40(chain B and resid 744:750)B744 - 750

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る