[日本語] English
万見
- PDB-7mrl: Structure of HIV-1 matrix domain bound to human tRNALys3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mrl
タイトルStructure of HIV-1 matrix domain bound to human tRNALys3
要素
  • HIV-1 matrix domain
  • tRNA Lys3
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / HIV-1 / Gag / Matrix domain / RNA-protein interaction / tRNA / transfer RNA / ribonucleoprotein complex / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral process / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, N-terminal / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Gag protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Bou-Nader, C. / Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2021
タイトル: HIV-1 matrix-tRNA complex structure reveals basis for host control of Gag localization.
著者: Bou-Nader, C. / Muecksch, F. / Brown, J.B. / Gordon, J.M. / York, A. / Peng, C. / Ghirlando, R. / Summers, M.F. / Bieniasz, P.D. / Zhang, J.
履歴
登録2021年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42023年6月7日Group: Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: HIV-1 matrix domain
A: tRNA Lys3
B: HIV-1 matrix domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8174
ポリマ－48,7923
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, 1:1 binding in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area22770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)96.717, 108.846, 146.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B
21(chain C and resid 7 through 107)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 7 - 107 / Label seq-ID: 6 - 106

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain BBC
2(chain C and resid 7 through 107)CA

-
要素

#1: タンパク質 HIV-1 matrix domain / Matrix protein p17 / Nucleocapsid protein p7


分子量: 12281.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1JB69
#2: RNA鎖 tRNA Lys3


分子量: 24228.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.77 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES, 20% PEG500 MME, 10% PEG20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→45.1143 Å / Num. obs: 13692 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 18.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.15→3.263 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 13657 / CC1/2: 0.576 / % possible all: 99.55

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.14_3260精密化
MOSFLMデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1HIW & 1FIR

1hiw

1fir


解像度: 3.15→45.11 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 2578 10.03 %
Rwork0.1853 23128 -
obs0.1889 13657 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 216.93 Å2 / Biso min: 77.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→45.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1637 1606 1 0 3244
Biso mean--80.37 --
残基数----278
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B614X-RAY DIFFRACTION5.202TORSIONAL
12C614X-RAY DIFFRACTION5.202TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.15-3.21060.37561450.3649126698
3.2106-3.27610.36181430.33011249100
3.2761-3.34730.32071440.31611311100
3.3473-3.42510.34691490.30151302100
3.4251-3.51080.31851390.28091267100
3.5108-3.60570.27951340.26521276100
3.6057-3.71170.32271450.2311309100
3.7117-3.83140.22491480.21321301100
3.8314-3.96830.25141430.19371290100
3.9683-4.12710.25321400.20391277100
4.1271-4.31480.25661430.1931274100
4.3148-4.54210.23381410.16241290100
4.5421-4.82630.14441420.15131269100
4.8263-5.19850.22221450.15221306100
5.1985-5.72070.19651450.15751299100
5.7207-6.54630.1811420.16291272100
6.5463-8.23950.1811420.1561283100
8.2395-45.110.19771480.1623128799
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.8852 Å / Origin y: 2.4711 Å / Origin z: 180.3268 Å
111213212223313233
T0.9205 Å20.0799 Å2-0.0143 Å2-1.0393 Å2-0.0873 Å2--1.0138 Å2
L0.5838 °20.6696 °20.1315 °2-1.9321 °2-0.4773 °2--0.3316 °2
S-0.1408 Å °-0.009 Å °-0.0194 Å °0.0342 Å °0.1568 Å °-0.1393 Å °-0.045 Å °0.1909 Å °-0.0119 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allC7 - 108
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 75
3X-RAY DIFFRACTION1allB7 - 107
4X-RAY DIFFRACTION1allD1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る