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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mq1 | ||||||
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タイトル | C9A Streptococcus pneumoniae CstR in the reduced state, space group C2 | ||||||
![]() | Copper-sensing transcriptional repressor csoR | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / transcriptional regulator / persulfide sensor / CsoR family / CstR family | ||||||
機能・相同性 | Metal-sensitive transcriptional repressor / Metal-sensitive repressor, helix protomer superfamily / Metal-sensitive transcriptional repressor / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / TRIETHYLENE GLYCOL / Copper-sensing transcriptional repressor csoR![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fakhoury, J.N. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Functional asymmetry and chemical reactivity of CsoR family persulfide sensors. 著者: Fakhoury, J.N. / Zhang, Y. / Edmonds, K.A. / Bringas, M. / Luebke, J.L. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Capdevila, D.A. / Giedroc, D.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | SAXS DATA AND ANALYTICAL GEL FILTRATION SHOW THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY OF THIS PROTEIN IS TETRAMERIC. THE PARTICULAR ASSEMBLY OBSERVED IN THIS PDB ENTRY (A DIMER OF TRIMERS) AUTHORS THINK IS A CRYSTALLOGRAPHIC ARTIFACT. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9738.191 Da / 分子数: 3 / 変異: C9A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: csoR, ERS019420_01408, GM542_04805, SAMEA2335968_01957 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: MES 0.1 M pH 5.5, (NH4)2SO4 0.25 M, PEG 4000 15-18% |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→43.04 Å / Num. obs: 17243 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.055 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1273 / CC1/2: 0.633 / Rpim(I) all: 0.497 / Rrim(I) all: 0.91 / Rsym value: 0.759 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→43.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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