PDB-7mq1: C9A Streptococcus pneumoniae CstR in the reduced state, space group C2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mq1

タイトル

C9A Streptococcus pneumoniae CstR in the reduced state, space group C2

要素

Copper-sensing transcriptional repressor csoR

キーワード

TRANSCRIPTION / transcriptional regulator / persulfide sensor / CsoR family / CstR family

機能・相同性

Metal-sensitive transcriptional repressor / Metal-sensitive repressor, helix protomer superfamily / Metal-sensitive transcriptional repressor / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / TRIETHYLENE GLYCOL / Copper-sensing transcriptional repressor csoR

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pneumoniae D39 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Fakhoury, J.N. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Functional asymmetry and chemical reactivity of CsoR family persulfide sensors.
著者: Fakhoury, J.N. / Zhang, Y. / Edmonds, K.A. / Bringas, M. / Luebke, J.L. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Capdevila, D.A. / Giedroc, D.P.

履歴

登録	2021年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mq1.cif.gz	136.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mq1.ent.gz	90.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7mq1_validation.pdf.gz	459.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mq1_full_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示
XML形式データ	7mq1_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	7mq1_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mq1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mq2C 7mq3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3iuk-1 6hq3-d 3h06-9 3iuk-2 3t9v-d 1bmt-d 1lb9-d 5zg2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Copper-sensing transcriptional repressor csoR

B: Copper-sensing transcriptional repressor csoR

C: Copper-sensing transcriptional repressor csoR

ヘテロ分子

29.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-sensing transcriptional repressor csoR

B: Copper-sensing transcriptional repressor csoR

C: Copper-sensing transcriptional repressor csoR

ヘテロ分子

A: Copper-sensing transcriptional repressor csoR

B: Copper-sensing transcriptional repressor csoR

C: Copper-sensing transcriptional repressor csoR

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
59.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.302, 54.869, 57.514
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.733, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-226- HOH

詳細

SAXS DATA AND ANALYTICAL GEL FILTRATION SHOW THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY OF THIS PROTEIN IS TETRAMERIC. THE PARTICULAR ASSEMBLY OBSERVED IN THIS PDB ENTRY (A DIMER OF TRIMERS) AUTHORS THINK IS A CRYSTALLOGRAPHIC ARTIFACT.

#1: タンパク質	Copper-sensing transcriptional repressor csoR / Metal-sensing transcriptional repressor 分子量: 9738.191 Da / 分子数: 3 / 変異: C9A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae D39 (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: csoR, ERS019420_01408, GM542_04805, SAMEA2335968_01957 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B7LQC0
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: MES 0.1 M pH 5.5, (NH4)2SO4 0.25 M, PEG 4000 15-18%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→43.04 Å / Num. obs: 17243 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 36.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.055 / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1273 / CC_1/2: 0.633 / R_pim(I) all: 0.497 / R_rim(I) all: 0.91 / R_sym value: 0.759 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
Aimless		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.02→43.04 Å / SU ML: 0.259 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.9857
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2576	897	5.2 %
R_work	0.2048	16339	-
obs	0.2075	17236	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→43.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1925	0	41	116	2082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	1970
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9781	2635
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0525	316
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	339
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	0	0

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.02-2.15	0.3099	123	0.2541	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.15-2.31	0.2734	154	0.2284	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.31-2.54	0.3012	160	0.2192	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.55-2.91	0.2751	166	0.2149	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.91-3.67	0.2654	137	0.2062	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.03
3.67-43.04	0.228	157	0.1868	2760	X-RAY DIFFRACTION	98.75

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.95121181321	-0.365988920439	0.812949061805	5.92949496802	-2.55330338871	8.39695097809	0.026041895736	0.229266931748	-0.00586654627945	-0.490423957451	-0.165283262443	-0.597466774269	0.0556898538943	1.6109344379	0.0873977892489	0.360749215534	-0.0147785606413	0.109922502687	0.626307430929	-0.174005950682	0.544534303563	34.2988196123	4.41848638589	-34.7699833868
2	0.612401527192	-0.860561205217	0.139561742587	0.836121046715	-2.0799922411	3.91064368218	0.158022359806	0.0081231248549	-0.134142147771	-0.0628243357864	0.0141916371721	-0.0552300428681	0.871661002568	0.565900883388	-0.279048071354	0.323490202438	-0.0342204431822	0.0304771299489	0.343309757667	-0.0455904753675	0.45280332003	26.4842471686	-0.146276003754	-23.2003988425
3	6.22415639289	0.340296898477	2.4433883707	6.2199597333	3.35180465684	6.36711923619	-0.0988481337713	0.152034758334	0.010896474676	-0.347926633418	0.352031326593	0.0348908734511	-0.735474697295	0.385550169294	-0.093328471615	0.311055810681	-0.0570077886235	0.0509477215113	0.310311061853	0.00834875375318	0.320826334902	18.4397000459	6.20722974996	-4.49594350225
4	7.0839863171	0.997362811524	3.25295801614	4.40156299132	0.228819938671	4.04484438618	-0.431813493918	-0.543840261512	0.778871928556	0.00665821166768	0.122795994937	-0.125509770287	-2.35442879827	0.0994369039776	0.0278374488896	0.677319186674	-0.176150730045	0.11832312269	0.486802592513	-0.0340101306682	0.626514743247	30.2437147626	12.5714727974	-30.46095286
5	5.34785503238	1.79810348687	5.81581667715	4.55383579413	2.60717025715	6.6273003397	-0.395799105276	-0.129654290765	0.303411376496	-0.177693451397	0.0953778005666	0.253592854571	-1.12989217135	-0.377667449183	0.15731404815	0.259294576986	0.024378979886	0.11850025173	0.269080893595	0.0152938871234	0.334409965111	19.0788935402	5.08390236051	-35.6192120122
6	6.81776597989	0.71098367473	1.32907595858	9.16928596306	2.92651472453	3.82269652128	0.255053699667	0.61072008381	-1.16327723916	-0.277594296304	-0.0815104000162	-0.365367515304	1.90523042028	1.09392485996	-0.311216448836	0.443846865545	0.080569740719	-0.00835374446208	0.363967158736	-0.0615463398882	0.536376865344	13.9624323529	-9.13601428435	-49.9563741411
7	2.94392708335	1.6081843371	-0.689618434051	2.93006842621	1.16077516184	1.49645176628	0.975605863685	-0.127667437934	-1.22920341268	0.0152682052466	-0.371930558797	-0.355241509228	2.51739717857	0.980997631698	-0.620461496713	1.21322533863	0.233661380534	-0.200313684947	0.528622431287	-0.0631701873129	0.836212836818	17.9966360373	-28.1101802092	-25.1724842439
8	5.22704328215	-3.69654582755	3.06792586834	4.88714716189	-4.02894275048	8.40593008788	-0.179043175887	0.466223137552	0.341414772094	-0.0494238963978	-0.220570451688	-0.100367444595	0.0430924202063	1.40907042575	0.282964091852	0.204068061773	0.00590022843517	-0.0226408130739	0.181747486889	-0.00597561220588	0.357312340657	13.6501181392	-16.4627282954	-33.3677640917
9	9.22892294155	0.481667835101	1.07006004323	6.25675265063	3.08389024718	4.43938669157	0.132050094852	-0.706115834809	0.1374439199	0.021606244863	-0.194382009679	0.434966469735	0.589542424871	-0.619866313215	0.015078487537	0.415674033764	-0.0124540267103	-0.0140272395026	0.27499987838	0.0144531261915	0.464036705932	-1.56737704809	-8.33051364656	-43.9601118289

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 29 )	A	A	3 - 29	1 - 27
2	2	chain 'A' and (resid 30 through 61 )	A	A	30 - 61	28 - 59
3	3	chain 'A' and (resid 62 through 83 )	A	A	62 - 83	60 - 81
4	4	chain 'B' and (resid 1 through 29 )	B	B	1 - 29	1 - 29
5	5	chain 'B' and (resid 30 through 61 )	B	B	30 - 61	30 - 62
6	6	chain 'B' and (resid 62 through 83 )	B	B	62 - 83	63 - 84
7	7	chain 'C' and (resid 3 through 29 )	C	C	3 - 29	1 - 27
8	8	chain 'C' and (resid 30 through 61 )	C	C	30 - 61	28 - 59
9	9	chain 'C' and (resid 62 through 84 )	C	C	62 - 84	60 - 82

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)