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- PDB-7mq1: C9A Streptococcus pneumoniae CstR in the reduced state, space group C2 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mq1 | ||||||
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Title | C9A Streptococcus pneumoniae CstR in the reduced state, space group C2 | ||||||
![]() | Copper-sensing transcriptional repressor csoR | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | Metal-sensitive transcriptional repressor / Metal-sensitive repressor, helix protomer superfamily / Metal-sensitive transcriptional repressor / negative regulation of DNA-templated transcription / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fakhoury, J.N. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Functional asymmetry and chemical reactivity of CsoR family persulfide sensors. Authors: Fakhoury, J.N. / Zhang, Y. / Edmonds, K.A. / Bringas, M. / Luebke, J.L. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Capdevila, D.A. / Giedroc, D.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 136.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 90.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | SAXS DATA AND ANALYTICAL GEL FILTRATION SHOW THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY OF THIS PROTEIN IS TETRAMERIC. THE PARTICULAR ASSEMBLY OBSERVED IN THIS PDB ENTRY (A DIMER OF TRIMERS) AUTHORS THINK IS A CRYSTALLOGRAPHIC ARTIFACT. |
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Components
#1: Protein | Mass: 9738.191 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: C9A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: csoR, ERS019420_01408, GM542_04805, SAMEA2335968_01957 Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CL / ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ChemComp-GOL / | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.81 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: MES 0.1 M pH 5.5, (NH4)2SO4 0.25 M, PEG 4000 15-18% |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Apr 28, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.02→43.04 Å / Num. obs: 17243 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.055 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 10.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.02→2.07 Å / Redundancy: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1273 / CC1/2: 0.633 / Rpim(I) all: 0.497 / Rrim(I) all: 0.91 / Rsym value: 0.759 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.02→43.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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