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- PDB-7mpz: HNH Nuclease Domain from G. stearothermophilus Cas9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mpz
タイトルHNH Nuclease Domain from G. stearothermophilus Cas9
要素CRISPR-associated endonuclease Cas9
キーワードDNA BINDING PROTEIN / nuclease domain / CRISPR Cas9
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cas9, alpha-helical lobe domain / Cas9 alpha-helical lobe domain / RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease Cas9
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者D'Ordine, A.M. / Belato, H.B. / Lisi, G.P. / Jogl, G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136815 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM109035 米国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural and dynamic insights into the HNH nuclease of divergent Cas9 species.
著者: Belato, H.B. / D'Ordine, A.M. / Nierzwicki, L. / Arantes, P.R. / Jogl, G. / Palermo, G. / Lisi, G.P.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5081
ポリマ－18,5081
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.956, 57.956, 119.393
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9


分子量: 18507.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: cas9, GS458_0313 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A250DVH8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12 M [0.3 M diethylene glycol, 0.3 M triethylene glycol, 0.3 M tetraethylene glycol, 0.3 M pentaethylene glycol], 0.1 M [MES and imidazole] pH 6.5, 30% (v/v) [40% (v/v) glycerol, 20% (w/v) ...詳細: 0.12 M [0.3 M diethylene glycol, 0.3 M triethylene glycol, 0.3 M tetraethylene glycol, 0.3 M pentaethylene glycol], 0.1 M [MES and imidazole] pH 6.5, 30% (v/v) [40% (v/v) glycerol, 20% (w/v) polyethylene glycol 4000]

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→38.76 Å / Num. obs: 24738 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 39.68 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 20.31
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 5.6 % / Num. unique obs: 2458 / CC1/2: 0.539 / CC star: 0.837 / % possible all: 99.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17rc4_3626精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6J9N

6j9n


解像度: 2.04→38.76 Å / SU ML: 0.2174 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.2523
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 1201 4.86 %
Rwork0.1937 23515 -
obs0.1958 24716 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→38.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1162 0 0 67 1229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00651184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81651592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.596468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04-2.120.28051180.2612621X-RAY DIFFRACTION99.46
2.12-2.220.3221470.24192593X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.330.27471300.23812629X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.480.32411130.23012644X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.670.24771630.21152570X-RAY DIFFRACTION99.93
2.67-2.940.24251480.20972613X-RAY DIFFRACTION99.82
2.94-3.370.22771120.20722618X-RAY DIFFRACTION99.85
3.37-4.240.23251340.17412607X-RAY DIFFRACTION99.93
4.24-38.760.20451360.16582620X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.5146904761 Å / Origin y: -0.401937909455 Å / Origin z: -3.73874303122 Å
111213212223313233
T0.366613125273 Å2-0.0108025064893 Å2-0.0204363618839 Å2-0.323349615826 Å2-0.0655766527862 Å2--0.359753063515 Å2
L1.07076401639 °2-0.317069891484 °2-0.427617817391 °2-1.56411664833 °20.789904441375 °2--2.96858620941 °2
S0.0762601972626 Å °0.235658121297 Å °-0.0776866916242 Å °-0.115074641814 Å °-0.161707442719 Å °0.330738332927 Å °-0.405310235732 Å °-0.227824640769 Å °0.0493831869492 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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