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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mpz | |||||||||
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タイトル | HNH Nuclease Domain from G. stearothermophilus Cas9 | |||||||||
要素 | CRISPR-associated endonuclease Cas9 | |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / nuclease domain / CRISPR Cas9 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å | |||||||||
データ登録者 | D'Ordine, A.M. / Belato, H.B. / Lisi, G.P. / Jogl, G. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021 タイトル: Structural and dynamic insights into the HNH nuclease of divergent Cas9 species. 著者: Belato, H.B. / D'Ordine, A.M. / Nierzwicki, L. / Arantes, P.R. / Jogl, G. / Palermo, G. / Lisi, G.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mpz.cif.gz | 87.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mpz.ent.gz | 53.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mpz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mpz_validation.pdf.gz | 416.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7mpz_full_validation.pdf.gz | 416.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7mpz_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mpz_validation.cif.gz | 9.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6j9nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18507.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: cas9, GS458_0313 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A250DVH8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.12 M [0.3 M diethylene glycol, 0.3 M triethylene glycol, 0.3 M tetraethylene glycol, 0.3 M pentaethylene glycol], 0.1 M [MES and imidazole] pH 6.5, 30% (v/v) [40% (v/v) glycerol, 20% (w/v) ...詳細: 0.12 M [0.3 M diethylene glycol, 0.3 M triethylene glycol, 0.3 M tetraethylene glycol, 0.3 M pentaethylene glycol], 0.1 M [MES and imidazole] pH 6.5, 30% (v/v) [40% (v/v) glycerol, 20% (w/v) polyethylene glycol 4000] |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→38.76 Å / Num. obs: 24738 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 39.68 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 20.31 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 5.6 % / Num. unique obs: 2458 / CC1/2: 0.539 / CC star: 0.837 / % possible all: 99.39 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6J9N 解像度: 2.04→38.76 Å / SU ML: 0.2174 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.2523 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.04→38.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -16.5146904761 Å / Origin y: -0.401937909455 Å / Origin z: -3.73874303122 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |