PDB-7mps: Brucella melitensis NrnC with engaged loop

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mps

タイトル

Brucella melitensis NrnC with engaged loop

要素

NanoRNase C

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNase / bacteria / enzyme

機能・相同性

ribonuclease D activity / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / 3'-5' exonuclease activity / Ribonuclease H superfamily / nucleic acid binding / Ribonuclease H-like superfamily / Ribonuclease D

機能・相同性情報

生物種

Brucella melitensis (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Lormand, J.D. / Sondermann, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of NrnC identifies unifying features of dinucleotidases.
著者: Justin D Lormand / Soo-Kyoung Kim / George A Walters-Marrah / Bryce A Brownfield / J Christopher Fromme / Wade C Winkler / Jonathan R Goodson / Vincent T Lee / Holger Sondermann /

要旨: RNA degradation is fundamental for cellular homeostasis. The process is carried out by various classes of endolytic and exolytic enzymes that together degrade an RNA polymer to mono-ribonucleotides. ...

履歴

登録	2021年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mps.cif.gz	363.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mps.ent.gz	296.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mps.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mps_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mps_full_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示
XML形式データ	7mps_validation.xml.gz	45.9 KB	表示
CIF形式データ	7mps_validation.cif.gz	70.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mps	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	23941C 23942C 23943C 23944C 23945C 23946C 23947C 23948C 7mplC 7mpmC 7mpnC 7mpoC 7mppC 7mpqC 7mprC 7mptC 7mpuC 7mqbC 7mqcC 7mqdC 7mqeC 7mqfC 7mqgC 7mqhC 7mqiC 1yt3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7mpr-1 7mps-2 7mpu-1 7mqi-d 7mpt-1 7mpr-2 5zo5-1 5zo4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: NanoRNase C

B: NanoRNase C

C: NanoRNase C

D: NanoRNase C

ヘテロ分子

95.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NanoRNase C

B: NanoRNase C

ヘテロ分子

A: NanoRNase C

B: NanoRNase C

ヘテロ分子

A: NanoRNase C

B: NanoRNase C

ヘテロ分子

A: NanoRNase C

B: NanoRNase C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, four protein molecules per asymmetric unit. Two pairs of protomers make up part of two neighboring octamers.
190 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NanoRNase C

D: NanoRNase C

ヘテロ分子

C: NanoRNase C

D: NanoRNase C

ヘテロ分子

C: NanoRNase C

D: NanoRNase C

ヘテロ分子

C: NanoRNase C

D: NanoRNase C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
190 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.671, 110.671, 110.151
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

#1: タンパク質	NanoRNase C 分子量: 23230.486 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌) 遺伝子: rnd_2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X1C2S7, ribonuclease D
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 2.0 M Ammonium sulfate, 20 % xylitol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→110.671 Å / Num. obs: 233668 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.067 / R_sym value: 0.063 / Net I/av σ(I): 8.5 / Net I/σ(I): 21.06

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
1.45-1.53	9	0.883	0.9	33974	0.702	0.307	0.937	0.883	99.6
1.53-1.62	10.3	0.56	1.4	32206		0.183	0.59	0.56	100
1.62-1.73	10.1	0.348	2.1	30301		0.115	0.367	0.348	100
1.73-1.87	10.6	0.204	3.6	28228		0.066	0.214	0.204	100
1.87-2.05	10	0.119	6.2	25943		0.04	0.126	0.119	100
2.05-2.29	10.7	0.074	9.9	23565		0.024	0.078	0.074	100
2.29-2.65	10	0.057	12.5	20725		0.019	0.061	0.057	99.9
2.65-3.24	10.5	0.046	14.5	17555		0.015	0.048	0.046	100
3.24-4.59	9.8	0.035	18.6	13622		0.012	0.037	0.035	99.9
4.59-110.671	10.2	0.029	20.8	7549		0.009	0.031	0.029	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1yt3

1yt3

解像度: 1.45→110.671 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1664	2016	-
R_work	0.1527	231634	-
obs	0.1528	233650	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.12 Å² / B_iso mean: 23.896 Å² / B_iso min: 11.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.45→110.671 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6446	0	125	1363	7934
B_iso mean	-	-	41.66	36.82	-
残基数	-	-	-	-	815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6805
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.849	9241
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.455	2581
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1036
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1182

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.4504-1.4867	0.2344	132	0.2373	16362	99
1.4867-1.5269	0.2243	142	0.1995	16512	100
1.5269-1.5718	0.2157	147	0.1884	16496	100
1.5718-1.6226	0.2047	141	0.1739	16556	100
1.6226-1.6806	0.1867	137	0.1679	16511	100
1.6806-1.7479	0.1765	148	0.1578	16510	100
1.7479-1.8274	0.1868	144	0.1528	16489	100
1.8274-1.9238	0.1617	148	0.1527	16550	100
1.9238-2.0443	0.1774	145	0.1534	16550	100
2.0443-2.2022	0.1651	139	0.1478	16596	100
2.2022-2.4238	0.1529	145	0.1496	16514	100
2.4238-2.7746	0.1859	149	0.1553	16589	100
2.7746-3.4957	0.1502	147	0.1501	16604	100
3.4957-110.671	0.1485	152	0.1371	16795	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5706	0.6619	-0.2492	2.4617	0.0931	1.2464	-0.013	0.0784	-0.0301	-0.1857	-0.014	-0.3908	0.1034	0.1755	0.0325	0.1309	0.019	0.053	0.1615	0.0267	0.179	35.9183	-7.3095	42.9168
2	0.2114	-0.57	-0.1367	1.9255	-0.0012	0.5537	0.0103	0.0805	-0.0471	-0.0874	-0.0467	0.0728	0.0411	-0.039	0.0395	0.1433	-0.0115	0.0197	0.1769	0.0243	0.1509	24.7476	2.3004	45.5816
3	0.4911	0.0482	0.0269	1.0626	0.0573	1.27	-0.0113	0.0538	0.0171	-0.0223	-0.0162	-0.0481	0.0532	-0.0252	0.0333	0.1221	-0.012	0.0173	0.1563	0.0255	0.1348	27.2505	5.0108	49.6629
4	1.0715	-0.333	-0.0887	2.0896	0.8923	1.3664	0.0164	-0.0376	0.0709	0.0583	0.0514	-0.2548	-0.0649	0.0503	-0.0468	0.1131	-0.0203	-0.0358	0.1232	0.001	0.1502	26.4341	23.5479	80.0375
5	4.0546	3.9309	-0.3446	7.5459	-0.0971	1.0989	0.0027	-0.0573	0.1213	-0.0547	-0.0022	0.2298	0.0682	-0.0254	-0.0475	0.1393	0.0065	-0.0295	0.1414	0.0075	0.1291	24.7934	2.9385	75.6839
6	0.5474	-0.276	-0.2293	1.1523	0.3	0.8236	-0.0235	-0.0393	-0.0139	0.1475	-0.0229	-0.0204	0.0515	-0.0343	0.0499	0.1444	-0.0203	-0.036	0.1409	0.0062	0.1383	22.9989	10.1956	78.0903
7	1.2889	0.7076	0.2132	2.5505	0.2682	1.1769	0.0008	0.0778	0.0875	-0.0754	-0.0196	0.3094	-0.1111	-0.1392	0.0179	0.1459	0.0064	-0.0292	0.143	0.0046	0.1781	18.9768	50.0971	97.4426
8	1.225	-0.8039	-0.1698	1.5287	0.0394	0.748	0.0171	0.0966	0.1609	-0.1254	-0.0037	-0.0841	-0.099	0.0732	-0.0074	0.1506	-0.0302	-0.0158	0.1361	0.003	0.1379	31.8962	45.8232	96.9814
9	1.6145	-0.7213	-0.46	2.2707	1.3544	2.5248	0.0443	-0.0226	-0.1071	0.0747	-0.0099	-0.0508	-0.0498	0.0256	-0.0218	0.1404	-0.0087	-0.0114	0.1358	0.0339	0.1346	32.6364	38.3485	111.1836
10	2.7554	0.2637	-0.6228	1.0591	-0.5184	1.5148	-0.0243	-0.0138	-0.0977	0.0686	0.028	0.0191	0.1201	0.055	-0.0099	0.1427	-0.0023	0.0081	0.1328	0.0226	0.1104	40.4598	23.2133	136.0684
11	0.7625	-0.8613	-0.0783	1.2922	-0.0925	0.7274	0.0406	-0.0134	-0.0254	-0.0082	-0.028	0.023	0.0316	-0.0127	-0.0157	0.1537	-0.0139	0.0089	0.1548	0.0173	0.1277	34.2368	31.5312	128.4809
12	0.7121	-0.2453	0.1039	0.8441	-0.2787	1.1029	-0.0006	-0.0723	0.0471	0.1324	-0.0012	-0.0213	-0.1037	0.0948	0.0048	0.1701	-0.0207	0.0144	0.1539	0.0153	0.1457	37.4961	37.9459	132.2747

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:71)	A	2 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 72:140)	A	72 - 140
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 141:204)	A	141 - 204
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 0:95)	B	0 - 95
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 96:114)	B	96 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 115:204)	B	115 - 204
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 2:73)	C	2 - 73
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 74:164)	C	74 - 164
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 165:204)	C	165 - 204
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resid 2:60)	D	2 - 60
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain D and resid 61:113)	D	61 - 113
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 114:204)	D	114 - 204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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