+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mpq | ||||||
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Title | Bartonella henselae NrnC cleaving pGG in the presence of Mn2+ | ||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN / RNase / bacteria / enzyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5' exonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bartonella henselae (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Lormand, J.D. / Sondermann, H. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2021 Title: Structural characterization of NrnC identifies unifying features of dinucleotidases. Authors: Justin D Lormand / Soo-Kyoung Kim / George A Walters-Marrah / Bryce A Brownfield / J Christopher Fromme / Wade C Winkler / Jonathan R Goodson / Vincent T Lee / Holger Sondermann / Abstract: RNA degradation is fundamental for cellular homeostasis. The process is carried out by various classes of endolytic and exolytic enzymes that together degrade an RNA polymer to mono-ribonucleotides. ...RNA degradation is fundamental for cellular homeostasis. The process is carried out by various classes of endolytic and exolytic enzymes that together degrade an RNA polymer to mono-ribonucleotides. Within the exoribonucleases, nano-RNases play a unique role as they act on the smallest breakdown products and hence catalyze the final steps in the process. We recently showed that oligoribonuclease (Orn) acts as a dedicated diribonucleotidase, defining the ultimate step in RNA degradation that is crucial for cellular fitness (Kim et al., 2019). Whether such a specific activity exists in organisms that lack Orn-type exoribonucleases remained unclear. Through quantitative structure-function analyses, we show here that NrnC-type RNases share this narrow substrate length preference with Orn. Although NrnC and Orn employ similar structural features that distinguish these two classes of dinucleotidases from other exonucleases, the key determinants for dinucleotidase activity are realized through distinct structural scaffolds. The structures, together with comparative genomic analyses of the phylogeny of DEDD-type exoribonucleases, indicate convergent evolution as the mechanism of how dinucleotidase activity emerged repeatedly in various organisms. The evolutionary pressure to maintain dinucleotidase activity further underlines the important role these analogous proteins play for cell growth. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7mpq.cif.gz | 815.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7mpq.ent.gz | 561.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7mpq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7mpq_validation.pdf.gz | 4.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7mpq_full_validation.pdf.gz | 4.8 MB | Display | |
Data in XML | 7mpq_validation.xml.gz | 65.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7mpq_validation.cif.gz | 90.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7mplC 7mpmC 7mpnC 7mpoC 7mppC 7mprC 7mpsC 7mptC 7mpuC 7mqbC 7mqcC 7mqdC 7mqeC 7mqfC 7mqgC 7mqhC 7mqiC 1yt3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23446.725 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bartonella henselae (bacteria) / Gene: BM1374165_00260 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: X5MEI1 #2: RNA chain | | Mass: 645.454 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-5GP / #4: Chemical | ChemComp-MN / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Succinic acid; 10% PEG 3,350; 20% xylitol, 5 mM MnCl2 (soak) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 1.8917 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 28, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.8917 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→128.34 Å / Num. obs: 174471 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 46.67 Å2 Details: The 174471 reflections were counted with Friedel pairs separated. The number of reflections listed for refinement was calculated after merging Friedel pairs. CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 11 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.38 Å / Num. unique obs: 12956 / CC1/2: 0.709 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1yt3 Resolution: 2.35→128.34 Å / SU ML: 0.3232 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.1262 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→128.34 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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