PDB-7mpq: Bartonella henselae NrnC cleaving pGG in the presence of Mn2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mpq

タイトル

Bartonella henselae NrnC cleaving pGG in the presence of Mn2+

要素

5'-phosphorylated GG
NanoRNase C

キーワード

RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) /

RNase (リボヌクレアーゼ) /

bacteria (細菌) /

enzyme (酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5' exonuclease activity /

nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella henselae (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Lormand, J.D. / Sondermann, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of NrnC identifies unifying features of dinucleotidases.
著者: Justin D Lormand / Soo-Kyoung Kim / George A Walters-Marrah / Bryce A Brownfield / J Christopher Fromme / Wade C Winkler / Jonathan R Goodson / Vincent T Lee / Holger Sondermann /

要旨: RNA degradation is fundamental for cellular homeostasis. The process is carried out by various classes of endolytic and exolytic enzymes that together degrade an RNA polymer to mono-ribonucleotides. ...

履歴

登録	2021年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mpq.cif.gz	815.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mpq.ent.gz	561.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mpq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	23941C 23942C 23943C 23944C 23945C 23946C 23947C 23948C 7mplC 7mpmC 7mpnC 7mpoC 7mppC 7mprC 7mpsC 7mptC 7mpuC 7mqbC 7mqcC 7mqdC 7mqeC 7mqfC 7mqgC 7mqhC 7mqiC 1yt3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7mpo-d 7mpp-d 7mpl-d 7mqf-d 7mqc-d 7mqb-d 7mpn-d 5zo4-1 7mqi-d 7mpm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (3) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NanoRNase C

C: NanoRNase C

E: NanoRNase C

G: NanoRNase C

I: NanoRNase C

K: NanoRNase C

M: NanoRNase C

O: NanoRNase C

R: 5'-phosphorylated GG

ヘテロ分子

194 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.681, 127.799, 128.809
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.872, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	NanoRNase C 分子量: 23446.725 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア) 遺伝子: BM1374165_00260 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: X5MEI1
#2: RNA鎖	5'-phosphorylated GG 分子量: 645.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP / グアニル酸分子量: 363.221 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.76 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Succinic acid; 10% PEG 3,350; 20% xylitol, 5 mM MnCl2 (soak)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.8917 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.8917 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→128.34 Å / Num. obs: 174471 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 46.67 Å² 詳細: The 174471 reflections were counted with Friedel pairs separated. The number of reflections listed for refinement was calculated after merging Friedel pairs. CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.35→2.38 Å / Num. unique obs: 12956 / CC_1/2: 0.709

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.17_3644	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1yt3

1yt3

解像度: 2.35→128.34 Å / SU ML: 0.3232 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1262
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2063	4387	4.66 %
R_work	0.1619	89791	-
obs	0.1639	94178	97.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→128.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13055	47	352	622	14076

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	13882
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8576	18892
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0504	2147
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	2404
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.3035	5222

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.38	0.3354	127	0.2924	2373	X-RAY DIFFRACTION	77.42
2.38-2.4	0.3776	173	0.2783	2975	X-RAY DIFFRACTION	98.19
2.4-2.43	0.3522	148	0.2719	2970	X-RAY DIFFRACTION	98.11
2.43-2.46	0.3288	150	0.2461	2991	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.46-2.5	0.2738	160	0.2226	3015	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5-2.53	0.2726	156	0.2037	3016	X-RAY DIFFRACTION	98.97
2.53-2.57	0.2641	142	0.1995	3013	X-RAY DIFFRACTION	98.75
2.57-2.61	0.2731	146	0.1942	2969	X-RAY DIFFRACTION	98.58
2.61-2.65	0.2793	151	0.1956	3032	X-RAY DIFFRACTION	98.48
2.65-2.69	0.3164	122	0.2078	2994	X-RAY DIFFRACTION	98.61
2.69-2.74	0.289	142	0.2117	3043	X-RAY DIFFRACTION	98.33
2.74-2.79	0.2563	147	0.2029	3004	X-RAY DIFFRACTION	98.53
2.79-2.84	0.2514	152	0.2113	2966	X-RAY DIFFRACTION	97.38
2.84-2.9	0.2967	149	0.2057	3005	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.9-2.96	0.2581	142	0.2001	3031	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.96-3.03	0.2937	143	0.1945	3040	X-RAY DIFFRACTION	99.28
3.03-3.1	0.2368	137	0.1851	3040	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1-3.19	0.2266	128	0.1891	3024	X-RAY DIFFRACTION	98.75
3.19-3.28	0.226	147	0.1767	3017	X-RAY DIFFRACTION	98.17
3.28-3.39	0.2227	144	0.186	3006	X-RAY DIFFRACTION	98.25
3.39-3.51	0.232	163	0.1719	2907	X-RAY DIFFRACTION	96.69
3.51-3.65	0.2241	161	0.1523	3050	X-RAY DIFFRACTION	99.07
3.65-3.82	0.221	158	0.1427	3021	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.82-4.02	0.1444	150	0.1315	3057	X-RAY DIFFRACTION	99.23
4.02-4.27	0.1471	145	0.1191	3016	X-RAY DIFFRACTION	98.84
4.27-4.6	0.145	169	0.1139	2981	X-RAY DIFFRACTION	97.92
4.6-5.06	0.1615	125	0.1157	3007	X-RAY DIFFRACTION	96.73
5.06-5.79	0.1698	110	0.1436	3104	X-RAY DIFFRACTION	99.69
5.79-7.3	0.1684	147	0.1532	3083	X-RAY DIFFRACTION	99.42
7.3-128.34	0.1365	153	0.1366	3041	X-RAY DIFFRACTION	96.76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.119252722521	0.289141249951	0.297963895357	0.432692089227	0.66652488366	1.75544917285	0.00211379319872	-0.0156771993765	0.000285577679844	-0.0406188665954	-0.0219847614168	0.0338868357785	-0.132240579229	-0.110049913808	-3.65828646637E-5	0.219296014094	0.0254249856565	0.00690378751332	0.242077321394	0.00420363531728	0.207742115497	27.5658427455	28.4157454177	15.8648831875
2	0.190286734619	0.0895605954108	-0.186786523091	0.304598179607	-0.0738704066738	0.129915872469	-0.0530709706279	0.146833899876	-0.509690122647	0.149093675303	-0.24233134704	0.131461124017	0.743386417049	-0.555079187588	2.82518023972E-5	0.320974945313	-0.0546220479429	0.0068658450854	0.331048819705	-0.037634524629	0.416983657667	20.278831217	15.373104125	10.644050266
3	0.308762729338	-0.25951104073	-0.142040662705	0.0167715038596	0.279429884922	0.503177968726	-0.00890022690797	-0.0265726339148	-0.0113793433807	0.0240786415686	0.0162616232425	0.015982178644	-0.0303940580763	0.00161672223363	-1.26081438104E-5	0.322461993245	-0.000677589427244	0.0202112854224	0.29282999004	-0.00519481670048	0.27152676653	34.4859273023	29.1436191127	25.9078653979
4	0.839087890247	-0.466991158692	0.699975951373	0.904830046985	-0.362849275905	0.734560878579	-0.0155710213904	-0.0292814436666	-0.0269367014546	0.196791199633	0.0257081914639	0.0445335717311	-0.0783762462733	0.00911555059695	-1.30904863321E-5	0.281253190767	0.000446398411963	0.0419207541839	0.278498974335	-0.0180672307184	0.246620687076	24.2560048264	23.2961199893	59.5691913931
5	0.720020175189	-0.389541586459	0.242713159083	0.614827748394	-0.107669362169	0.328353421401	0.069723432832	0.0730900556312	-0.115321731771	0.018577988329	0.0030081627912	0.292189244269	0.0445436722241	-0.0217131455982	-5.12875948667E-6	0.298898052885	-0.0109564601412	0.0157210316518	0.302146614645	0.000302404404541	0.304426503788	20.9697739085	11.0363287388	51.3550452887
6	0.420630909345	0.0778673407288	0.0972373765419	0.51239268679	0.371622655513	-0.0417404414567	0.113724044402	-0.108500663328	-0.00350970480861	0.101802205126	-0.021349391895	0.0117278383697	0.0844357552146	0.11529287977	1.0359291641E-7	0.32960382568	-0.000136766845771	-0.01188629592	0.302645434795	0.0271960489861	0.25730068223	35.9990884641	7.21688240013	60.3820402199
7	0.263430592917	0.312255942933	-0.232347136735	1.54426092905	-0.115065177523	0.368830850538	0.0255281475345	0.0487850418809	0.018388329687	-0.0948025427335	0.0462708235698	0.145792424264	0.00782215171851	-0.00957901586447	-1.30919221708E-5	0.294917230319	-0.0125808011843	-0.0132387812986	0.275280556692	-0.0234384929337	0.296110802503	29.1304195059	-13.9385644313	5.32552446512
8	0.397179658878	-0.317521767989	-0.0419293685497	0.28484197298	0.118249094194	0.141097441226	0.0359147787369	-0.0102191558273	-0.0467406162772	0.19966558828	0.034717274118	0.484612989583	-0.20600701562	-0.0574197549449	9.48138639163E-5	0.319154190721	-0.0313741236131	0.0176466094087	0.404764297789	-0.00594725567694	0.378533185248	20.6084960306	-15.8815473136	12.778666749
9	0.37951520238	-0.0529029089538	-0.159614625806	0.649982037476	-0.0933785681398	0.0535377916219	0.0871391877051	0.0337511968879	0.0266150971037	-0.133490116776	-0.0731174819851	0.0311201374191	0.021819311761	0.0501430728716	-4.77510205436E-5	0.299861405635	-0.0210268221777	0.0476616462983	0.269106682832	-0.0478961021984	0.286802093121	40.6141787572	-2.71849180883	4.62870684382
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24	0.718422298323	0.0279858674757	-0.429272812785	0.415307643042	0.175322695102	0.379375332707	-0.0503202333973	0.00177529762941	0.0152980018787	0.0839871006555	0.0554153390791	-0.140343244795	0.161230468044	0.0311427976509	-9.3137848551E-5	0.415038381666	0.0183870598788	-0.0558281912846	0.29652607779	0.064146349704	0.401634078135	50.7342517528	-24.9928689971	40.7893651521

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:129)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 130:149)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 150:206)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain C and resid 2:96)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 97:161)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 162:206)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain E and resid 2:131)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain E and resid 132:161)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain E and resid 162:206)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain G and resid 2:129)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain G and resid 130:160)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain G and resid 161:206)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain I and resid 2:129)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain I and resid 130:160)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain I and resid 161:206)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain K and resid 2:62)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain K and resid 63:106)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain K and resid 107:206)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain M and resid 3:129)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain M and resid 130:160)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain M and resid 161:206)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain O and resid 3:129)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain O and resid 130:161)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain O and resid 162:206)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)