PDB-7mpo: Bartonella henselae NrnC bound to pAp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mpo

タイトル

Bartonella henselae NrnC bound to pAp

要素

NanoRNase C

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNase / bacteria / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5' exonuclease activity / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella henselae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Lormand, J.D. / Sondermann, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of NrnC identifies unifying features of dinucleotidases.
著者: Justin D Lormand / Soo-Kyoung Kim / George A Walters-Marrah / Bryce A Brownfield / J Christopher Fromme / Wade C Winkler / Jonathan R Goodson / Vincent T Lee / Holger Sondermann /

要旨: RNA degradation is fundamental for cellular homeostasis. The process is carried out by various classes of endolytic and exolytic enzymes that together degrade an RNA polymer to mono-ribonucleotides. ...

履歴

登録	2021年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mpo.cif.gz	842.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mpo.ent.gz	575.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mpo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7mpo_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mpo_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	7mpo_validation.xml.gz	79.9 KB	表示
CIF形式データ	7mpo_validation.cif.gz	113.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	23941C 23942C 23943C 23944C 23945C 23946C 23947C 23948C 7mplC 7mpmC 7mpnC 7mppC 7mpqC 7mprC 7mpsC 7mptC 7mpuC 7mqbC 7mqcC 7mqdC 7mqeC 7mqfC 7mqgC 7mqhC 7mqiC 1yt3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7mpq-d 5zo4-1 7mpu-1 7mpp-d 7mqi-d 7mqf-d 5zo5-1 7mqd-d 7mpn-d 7mqb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: NanoRNase C

B: NanoRNase C

C: NanoRNase C

D: NanoRNase C

E: NanoRNase C

F: NanoRNase C

G: NanoRNase C

H: NanoRNase C

ヘテロ分子

191 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.676, 141.688, 147.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	NanoRNase C 分子量: 23446.725 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア) 遺伝子: BM1374165_00260 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: X5MEI1
#2: 化合物	ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Succinic acid; 10% PEG 3,350; 20% xylitol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 1.0001 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→47.23 Å / Num. obs: 153174 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 25.11 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.04
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique obs: 15073 / CC_1/2: 0.877 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3471	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
pointless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1yt3

1yt3

解像度: 1.95→47.23 Å / SU ML: 0.1631 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.2415
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1881	2000	1.31 %
R_work	0.1643	151174	-
obs	0.1646	153174	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13089	0	216	1791	15096

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	13796
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7921	18762
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0548	2131
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	2420
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.9171	5140

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2	0.2664	145	0.2204	10651	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2-2.05	0.2596	140	0.2068	10688	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.05-2.11	0.2233	138	0.1937	10709	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.11-2.18	0.2159	143	0.1787	10730	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.18-2.26	0.1864	150	0.1768	10694	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.26-2.35	0.2267	134	0.177	10733	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.35-2.45	0.2295	145	0.1779	10718	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.45-2.58	0.1874	140	0.1726	10768	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.58-2.74	0.2068	146	0.1714	10793	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.74-2.96	0.2083	139	0.1718	10788	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.96-3.25	0.1541	147	0.1589	10826	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.25-3.72	0.1509	142	0.1416	10874	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.72-4.69	0.148	139	0.1296	10964	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.69-47.23	0.2019	152	0.1747	11238	X-RAY DIFFRACTION	99.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6456820735	0.460689560789	-0.912294223176	0.724897060627	-0.269423298922	0.777755214729	-0.127789801247	-0.188976803336	-0.21330347461	0.00551512306944	0.038657796582	-0.018249371377	0.117343493104	0.0771798197876	0.0707135820178	0.205393378242	0.0111334922412	0.00315925112135	0.177787320024	0.0229718784202	0.202387210462	-2.1324472056	-17.0967699446	17.6141106424
2	4.12977685117	-0.666927197812	-0.593892256778	1.80499136051	0.114540152956	1.73059732331	-0.108946024995	0.195490469993	-0.328913380673	-0.282907850019	0.0260615344536	-0.0759525223643	0.307196210282	-0.0305742051052	0.100353159368	0.276451987236	-0.0282829807274	0.0594210207512	0.20230652354	-0.0120831682033	0.313697195791	-11.1121611419	-24.8995189555	8.18203239827
3	1.17487631381	0.494718465213	-0.319921481855	1.00023152916	0.0167834614979	0.762473289354	-0.0330863072907	-0.143700620884	-0.0890637644289	0.0686866632327	0.00537951273711	0.0167144381018	0.0440601285301	0.134267256812	0.0193537946809	0.180549033744	-0.0011668677829	0.0149796607942	0.19112750873	0.0101296699507	0.167088140293	7.38676460351	-8.73917383061	14.0612136049
4	2.30153204529	-0.476572448847	-0.774056742637	0.97863302308	0.145898991635	0.381220051807	-0.0970740099129	0.0980221401049	-0.0873804059558	-0.0459262956661	0.051828406895	-0.0034544037157	0.0681128514424	-0.0509391958249	0.0385916006874	0.18443409333	-0.0151453087867	-0.0052812891457	0.174014776415	-0.0239611658586	0.159614515545	2.12317870819	-16.7439760984	-43.632706447
5	4.00007871529	1.18211450785	-0.621901666391	2.58150306168	-0.254658168752	2.49723135491	0.0706527940084	-0.213857377572	-0.0817722279578	0.276594124674	-0.114721970167	0.0526431997117	0.111484995546	0.0223223400006	0.0819695070092	0.239507684768	0.0194634759624	0.00881043715638	0.170312401518	-0.00251073835149	0.256528994594	11.6348368173	-25.068307352	-34.3563185768
6	0.848069361754	-0.3072867794	-0.409331953586	0.951257335781	-0.0513322883116	0.470848878485	-0.0421201526369	0.0683355054359	-0.0156742295323	0.0168847885178	0.0161887023873	0.0109413732888	0.0112271785286	-0.100489747857	0.0230883807993	0.178554291268	0.00605699507749	-0.00507709484833	0.190774454426	-0.0180062387896	0.167296386942	-7.37894701016	-8.43123186002	-39.9811157596
7	0.855151886999	-0.0702708996722	0.849584986923	1.02995106783	-0.520425298503	2.61451869955	-0.0192986720879	0.0704617933458	0.124787525614	-0.0259000600909	-0.0173964621836	-0.0627433652261	-0.322081896556	0.226711143834	0.0245484259004	0.232544443989	-0.0548251586738	0.0168313248505	0.216443812839	-0.0159125918038	0.225638303655	25.6912864688	19.1489253115	-30.1052339954
8	3.28076319148	0.532405140874	1.53422860645	3.27107027413	0.969202307392	3.23095792359	-0.193613912788	-0.138321968264	0.508003675664	-0.0620509986578	-0.182886336397	0.313818467749	-0.539982655097	-0.215913391053	0.340901839587	0.34470000766	0.000649097327064	-0.0078034514956	0.214624715044	-0.00186328392379	0.362664373657	13.6742305708	26.8010520084	-33.7167819143
9	0.675841175275	0.0631241503427	-0.00773520962494	1.46074688924	-0.37379934821	1.02984886866	-0.0222542530188	-0.0731609254588	0.0455976663587	-0.100754976847	-0.0406834707625	-0.010066535944	-0.118005184947	0.208001980814	0.058070946173	0.190457588287	-0.0189226922839	7.32005813273E-5	0.235375982443	-0.0257772904248	0.192227013879	27.4782683868	10.0655301047	-19.6140948023
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:129)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 130:151)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 152:206)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 1:130)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 131:151)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 152:206)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 1:131)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 132:154)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 155:206)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resid 1:103)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain D and resid 104:148)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 149:206)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain E and resid 1:105)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain E and resid 106:148)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain E and resid 149:206)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain F and resid 1:128)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain F and resid 129:154)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain F and resid 155:206)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain G and resid 1:78)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain G and resid 79:167)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain G and resid 168:206)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain H and resid 1:104)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain H and resid 105:151)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain H and resid 152:206)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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