PDB-7mpk: Crystal structure of TagA with UDP-GlcNAc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mpk

タイトル

Crystal structure of TagA with UDP-GlcNAc

要素

N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / WALL TEICHOIC ACID ENZYME / BETA-N-2 ACETYLMANNOSAMINYLTRANSFERASE / UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase / N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoanaerobacter italicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.993 Å

データ登録者

Martinez, O.E. / Cascio, D. / Clubb, R.T.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Insight into the molecular basis of substrate recognition by the wall teichoic acid glycosyltransferase TagA.
著者: Martinez, O.E. / Mahoney, B.J. / Goring, A.K. / Yi, S.W. / Tran, D.P. / Cascio, D. / Phillips, M.L. / Muthana, M.M. / Chen, X. / Jung, M.E. / Loo, J.A. / Clubb, R.T.

履歴

登録	2021年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mpk.cif.gz	253.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mpk.ent.gz	204.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mpk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mpk_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mpk_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7mpk_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	7mpk_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7n41C 5wb4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2cl5-1 7n41-1 5p9o-d 5p9b-d 5epp-d 1npz-1 5lqk-d 5p9y-d 5nns-2 3bwy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase

B: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase

C: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase

ヘテロ分子

85.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, Purified protein exhibits monomer-dimer equilibrium at all concentrations.
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.240, 113.240, 114.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase / N-acetylmannosaminyltransferase / UDP-N-acetylmannosamine transferase / UDP-N-acetylmannosamine:N- ...N-acetylmannosaminyltransferase / UDP-N-acetylmannosamine transferase / UDP-N-acetylmannosamine:N-acetylglucosaminyl pyrophosphorylundecaprenol N-acetylmannosaminyltransferase 分子量: 27906.801 Da / 分子数: 3 / 変異: C111A, I203E, L209Q, L212K, I216E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoanaerobacter italicus (strain DSM 9252 / Ab9) (バクテリア) 株: DSM 9252 / Ab9 / 遺伝子: Thit_1850 / プラスミド: pMAPLe4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: D3T4E0, N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc 分子量: 607.354 Da / 分子数: 3 / Fragment: UD1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG-8000, 8% ethylene glycol, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9797 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9797 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.99→74.47 Å / Num. obs: 17473 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.804 % / B_iso Wilson estimate: 106.31 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_rim(I) all: 0.12 / Χ²: 0.911 / Net I/σ(I): 16.47 / Num. measured all: 171310 / Scaling rejects: 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.99-3.07	8.991	0.83	3.33	11176	1288	1243	0.858	0.881	96.5
3.07-3.16	8.914	0.62	4.51	10982	1233	1232	0.923	0.659	99.9
3.16-3.25	10.254	0.48	6.18	12377	1207	1207	0.956	0.506	100
3.25-3.35	10.414	0.379	7.78	12288	1180	1180	0.97	0.399	100
3.35-3.46	10.301	0.275	10.07	11537	1120	1120	0.983	0.29	100
3.46-3.58	10.264	0.232	12.01	11516	1122	1122	0.989	0.245	100
3.58-3.71	10.175	0.186	14.97	10714	1053	1053	0.991	0.196	100
3.71-3.86	9.975	0.154	16.7	10414	1044	1044	0.993	0.162	100
3.86-4.04	9.598	0.129	18.92	9531	993	993	0.994	0.136	100
4.04-4.23	9.223	0.102	20.93	8734	948	947	0.996	0.108	99.9
4.23-4.46	10.353	0.094	23.58	9380	906	906	0.996	0.1	100
4.46-4.73	10.333	0.085	25.27	8907	862	862	0.997	0.089	100
4.73-5.06	10.179	0.085	25.54	8133	799	799	0.997	0.09	100
5.06-5.47	9.784	0.091	23.46	7387	755	755	0.996	0.096	100
5.47-5.99	9.245	0.089	23.32	6536	707	707	0.996	0.094	100
5.99-6.69	9.498	0.08	24.76	6069	641	639	0.996	0.085	99.7
6.69-7.73	10.004	0.07	28.98	5582	558	558	0.998	0.074	100
7.73-9.47	9.673	0.059	31.92	4798	496	496	0.998	0.062	100
9.47-13.39	8.379	0.054	31.23	3184	380	380	0.998	0.058	100
13.39-74.47	8.978	0.055	32.68	2065	231	230	0.999	0.058	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.99 Å	74.47 Å
Translation	2.99 Å	74.47 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER		精密化
XSCALE	20190315	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS	20190315	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WB4

5wb4

解像度: 2.993→74.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.393

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2574	1748	10 %	RANDOM
R_work	0.2042	-	-	-
obs	0.2094	17473	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.08 Å² / B_iso mean: 71.18 Å² / B_iso min: 48.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0103 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.0103 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.0205 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.993→74.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4519	0	234	2	4755
B_iso mean	-	-	66.4	54.05	-
残基数	-	-	-	-	592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1744	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	797	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	4840	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	628	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies	3	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance	19	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3636	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	4840	HARMONIC	2	0.008
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	6581	HARMONIC	2	0.97
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.35
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				20.94

LS精密化シェル

解像度: 2.993→3.02 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.521	35	10 %
R_work	0.2984	315	-
obs	-	-	88.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7023	0.7469	0.1781	2.5468	0.6904	1.1834	-0.0396	0.0319	-0.0431	-0.4577	0.2321	-0.0717	-0.3153	-0.0694	-0.1924	0.1586	-0.1024	0.0177	-0.1059	0.0286	-0.1276	17.0345	-34.2857	-2.1779
2	1.7555	-1.7984	-0.266	2.9414	0.8522	2.211	0.1312	0.0751	0.3759	-0.2583	0.0449	-0.579	-0.335	0.4883	-0.1762	-0.111	-0.2315	0.0887	-0.0089	-0.0161	0.0852	37.0109	-71.4289	-16.3451
3	1.6923	0.5352	-0.9205	2.321	-0.1982	2.842	-0.0951	0.0726	-0.1514	0.1867	-0.0875	0.2785	-0.0523	-0.1753	0.1827	-0.0366	-0.1145	0.0352	-0.0822	-0.081	-0.0084	-1.614	-73.2674	-0.0663

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	2 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	2 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	1 - 197

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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