+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mpk | |||||||||
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Title | Crystal structure of TagA with UDP-GlcNAc | |||||||||
Components | N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / WALL TEICHOIC ACID ENZYME / BETA-N-2 ACETYLMANNOSAMINYLTRANSFERASE / UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase / N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / nucleotide binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Thermoanaerobacter italicus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.993 Å | |||||||||
Authors | Martinez, O.E. / Cascio, D. / Clubb, R.T. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021 Title: Insight into the molecular basis of substrate recognition by the wall teichoic acid glycosyltransferase TagA. Authors: Martinez, O.E. / Mahoney, B.J. / Goring, A.K. / Yi, S.W. / Tran, D.P. / Cascio, D. / Phillips, M.L. / Muthana, M.M. / Chen, X. / Jung, M.E. / Loo, J.A. / Clubb, R.T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7mpk.cif.gz | 253.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7mpk.ent.gz | 204.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7mpk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7mpk_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7mpk_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | 7mpk_validation.xml.gz | 23.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7mpk_validation.cif.gz | 30.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7n41C 5wb4S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27906.801 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: C111A, I203E, L209Q, L212K, I216E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoanaerobacter italicus (strain DSM 9252 / Ab9) (bacteria) Strain: DSM 9252 / Ab9 / Gene: Thit_1850 / Plasmid: pMAPLe4 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: D3T4E0, N-acetylglucosaminyldiphosphoundecaprenol N-acetyl-beta-D-mannosaminyltransferase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 10% PEG-8000, 8% ethylene glycol, 0.1M HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9797 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 19, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.99→74.47 Å / Num. obs: 17473 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 9.804 % / Biso Wilson estimate: 106.31 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.12 / Χ2: 0.911 / Net I/σ(I): 16.47 / Num. measured all: 171310 / Scaling rejects: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5WB4 Resolution: 2.993→74.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.393
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Displacement parameters | Biso max: 122.08 Å2 / Biso mean: 71.18 Å2 / Biso min: 48.07 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.993→74.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.993→3.02 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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