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万見
- PDB-7mpg: Cryo-EM structure of Prefusion-stabilized RSV F (DS-Cav1) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mpg
タイトルCryo-EM structure of Prefusion-stabilized RSV F (DS-Cav1) in complex with Fab AM14
要素
  • AM14 Fab Heavy Chain
  • AM14 Fab Light Chain
  • Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen / antibody / epitope / vaccine / structural vaccinology
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane => GO:0016020 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fibritin C-terminal / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Abeyrathne, P.D. / Malito, E. / Harshbarger, W.D.
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2021
タイトル: Improved epitope resolution of the prefusion trimer-specific antibody AM14 bound to the RSV F glycoprotein.
著者: Wayne Harshbarger / Priyanka D Abeyrathne / Sai Tian / Ying Huang / Sumana Chandramouli / Matthew James Bottomley / Enrico Malito /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is the most common cause of acute lower respiratory tract infections resulting in medical intervention and hospitalizations during infancy and early childhood, and ...Respiratory syncytial virus (RSV) is the most common cause of acute lower respiratory tract infections resulting in medical intervention and hospitalizations during infancy and early childhood, and vaccination against RSV remains a public health priority. The RSV F glycoprotein is a major target of neutralizing antibodies, and the prefusion stabilized form of F (DS-Cav1) is under investigation as a vaccine antigen. AM14 is a human monoclonal antibody with the exclusive capacity of binding an epitope on prefusion F (PreF), which spans two F protomers. The quality of recognizing a trimer-specific epitope makes AM14 valuable for probing PreF-based immunogen conformation and functionality during vaccine production. Currently, only a low-resolution (5.5 Å) X-ray structure is available of the PreF-AM14 complex, revealing few reliable details of the interface. Here, we perform complementary structural studies using X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to provide improved resolution structures at 3.6 Å and 3.4 Å resolutions, respectively. Both X-ray and cryo-EM structures provide clear side-chain densities, which allow for accurate mapping of the AM14 epitope on DS-Cav1. The structures help rationalize the molecular basis for AM14 loss of binding to RSV F monoclonal antibody-resistant mutants and reveal flexibility for the side chain of a key antigenic residue on PreF. This work provides the basis for a comprehensive understanding of RSV F trimer specificity with implications in vaccine design and quality assessment of PreF-based immunogens.
履歴
登録2021年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23933
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein
B: Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein
C: Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein
F: AM14 Fab Heavy Chain
G: AM14 Fab Light Chain
H: AM14 Fab Heavy Chain
I: AM14 Fab Light Chain
D: AM14 Fab Heavy Chain
E: AM14 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,83712
ポリマ－321,1739
非ポリマー6643
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_1ens_2chain "E"
d_2ens_2chain "G"
d_3ens_2chain "I"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNLEUA1 - 451
d_12ens_1NAGNAGB
d_21ens_1GLNLEUC1 - 451
d_22ens_1NAGNAGD
d_31ens_1GLNLEUE1 - 451
d_32ens_1NAGNAGF
d_11ens_2ASPGLYL1 - 213
d_21ens_2ASPGLYH1 - 213
d_31ens_2ASPGLYJ1 - 213

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein / Fusion glycoprotein F1 / Fusion glycoprotein F2


分子量: 54806.496 Da / 分子数: 3 / 変異: S155C,S190F,V207L,S290C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (ウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: RSV F
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: A0A0X8XQD7, UniProt: M1E1E4
#2: 抗体 AM14 Fab Heavy Chain


分子量: 26380.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 AM14 Fab Light Chain


分子量: 25870.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Homo sapiens respiratory syncytial virus ACOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2Fusion glycoprotein F1 and F2 fused with Fibritin trimerization domain.COMPLEX#11RECOMBINANT
3Fab AM14 heavy and light chainCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量値: 0.285 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)1972429
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
23Homo sapiens (ヒト)9606
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mM(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)HEPES1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: DS-Cav1-FabAM14.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 26.7 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1078

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4cisTEM1.0.0CTF補正CTFFIND4
10cisTEM1.0.0初期オイラー角割当
11cisTEM1.0.0最終オイラー角割当
12cisTEM1.0.0分類
13cisTEM1.0.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23737 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 87.6 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00320744
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63928157
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.5362829
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0583286
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043579
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000712167852585
ens_1d_3AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706849514556
ens_2d_2EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000709555071327
ens_2d_3EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.068224507246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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