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- PDB-7mp9: Crystal structure of the cytosolic domain of Tribolium castaneum ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mp9
タイトルCrystal structure of the cytosolic domain of Tribolium castaneum PINK1 phosphorylated at Ser205 in complex with ADP analog
要素Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial-like Protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Kinase / transphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of protein ubiquitination / autophagy / peptidyl-serine phosphorylation / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / protein autophosphorylation / mitochondrial inner membrane / non-specific serine/threonine protein kinase ...positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of protein ubiquitination / autophagy / peptidyl-serine phosphorylation / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / protein autophosphorylation / mitochondrial inner membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
AMP PHOSPHORAMIDATE / Serine/threonine-protein kinase Pink1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rasool, S. / Veyron, S. / Trempe, J.F.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)153274 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)06497-2015 カナダ
Michael J. Fox Foundation12119 カナダ
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2022
タイトル: Mechanism of PINK1 activation by autophosphorylation and insights into assembly on the TOM complex.
著者: Rasool, S. / Veyron, S. / Soya, N. / Eldeeb, M.A. / Lukacs, G.L. / Fon, E.A. / Trempe, J.F.
履歴
登録2021年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial-like Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,68610
ポリマ－51,2681
非ポリマー1,4179
水1,08160
1
A: Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial-like Protein
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial-like Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,37220
ポリマ－102,5372
非ポリマー2,83518
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area9780 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area34390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.736, 52.736, 547.944
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-746-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial-like Protein


分子量: 51268.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
遺伝子: TcasGA2_TC013202 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D6WMX4

-
非ポリマー , 5種, 69分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-AN2 / AMP PHOSPHORAMIDATE / アミドりん酸5′-アデニリル


分子量: 426.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N6O9P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 80mM MES (pH 6.5), 0.16M (NH4)2 SO4, 16% PEG 8K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45.67 Å / Num. obs: 9568 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 34.9 % / Biso Wilson estimate: 33.79 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 478 / CC1/2: 0.841 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YJ9

5yj9


解像度: 2.8→45.67 Å / SU ML: 0.2046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7183
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3065 444 4.64 %
Rwork0.2469 9121 -
obs0.2497 9565 76.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3188 0 87 60 3335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00263337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54794543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2348484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.20.417640.32421476X-RAY DIFFRACTION38.98
3.2-4.030.33481690.24733430X-RAY DIFFRACTION88.04
4.03-45.670.27272110.23244215X-RAY DIFFRACTION99.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7337768062-0.6363506969932.117773939931.65709832354-0.9496801195812.737967717730.218920884058-0.0548049623834-0.19481700316-0.200649889763-0.05218113814610.2575599374410.240221311678-0.160332092611-0.1200603800110.1354511965950.04097604732380.0655539929360.0602925544875-0.04198206836990.097936192606-30.97830586863.67614412426-19.633937291
24.05006197329-0.361301185295-0.4491483474620.21744184491-0.5856758084082.204782102280.03792913163540.695655372634-0.7973807335-0.1365918470080.01464372596660.0978948371620.504366053356-0.2301489285490.2035917641570.1945658653590.0315546573748-0.02783487199660.094918019152-0.1063619038260.177790737381-29.7575460533.42118796843-37.5715139599
31.011048544470.2272515421920.3649110491421.18905520882-0.263272657961.014814256460.1104473949540.1524925368810.141563268922-0.0469883983466-0.07076459113610.0823755166454-0.304465271372-0.02363201384210.02221377072580.07480095248530.08597536323880.0171341345622-0.03575822220910.113490437837-0.0699831035223-18.795828774118.0189956059-27.9734094938
41.25182793346-0.3368823528170.2866103457231.72416112385-0.2225811312051.686470121680.0118082818346-0.251246873303-0.0400644422390.341031001278-0.0320190829707-0.16374792085-0.1329152983130.1196147008530.009693236596140.1398729916820.07185929880980.01055859996210.0884128157488-0.0066040752150.0290236088133-13.722999653215.5647688825-8.75638762237
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 121 through 192 )121 - 1921 - 69
22chain 'A' and (resid 193 through 288 )193 - 28870 - 138
33chain 'A' and (resid 289 through 442 )289 - 442139 - 291
44chain 'A' and (resid 443 through 568 )443 - 568292 - 414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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