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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7moi
タイトルCrystal Structure of Arabidopsis thaliana Plant and Fungi Atypical Dual Specificity Phosphatase 1(AtPFA-DSP1 ) Cys150Ser in complex with Phenyl Phosphate
要素Tyrosine-protein phosphatase DSP1
キーワードHYDROLASE / inositol / inositol pyrophosphate / TRANSFERASE / cell-signaling / phosphatase / substrate recognition / reaction mechanism / intermediate / phosphate / metaphosphate / molecular dynamic simulation / self-activation / catalytic water
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Atypical dual-specificity phosphatase Siw14-like, plant and fungi / Atypical dual-specificity phosphatase Siw14-like / Tyrosine phosphatase family / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Protein-tyrosine phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / Inositol diphosphatase DSP1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wang, H. / Shears, S.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIAES080046-29 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A structural expose of noncanonical molecular reactivity within the protein tyrosine phosphatase WPD loop.
著者: Wang, H. / Perera, L. / Jork, N. / Zong, G. / Riley, A.M. / Potter, B.V.L. / Jessen, H.J. / Shears, S.B.
履歴
登録2021年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase DSP1
B: Tyrosine-protein phosphatase DSP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6344
ポリマ－39,2862
非ポリマー3482
水5,423301
1
A: Tyrosine-protein phosphatase DSP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8172
ポリマ－19,6431
非ポリマー1741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein phosphatase DSP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8172
ポリマ－19,6431
非ポリマー1741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.725, 124.725, 124.725
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-675-

HOH

21B-746-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase DSP1 / Protein PLANT AND FUNGI ATYPICAL DUAL-SPECIFICITY PHOSPHATASE 1 / AtPFA-DSP1 / Tyrosine-protein ...Protein PLANT AND FUNGI ATYPICAL DUAL-SPECIFICITY PHOSPHATASE 1 / AtPFA-DSP1 / Tyrosine-protein phosphatase At1g05000


分子量: 19642.770 Da / 分子数: 2 / 変異: C150S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DSP1, PTP135, At1g05000, T7A14.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZVN4, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-HPS / PHENYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / PHENYLPHOSPHATE / りん酸フェニル


分子量: 174.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7O4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.4 M NaCl, 100 mM HEPES PH 7.2, 50 mM beta-mercaptoethanol at 298K (3 ul of 5.5 mg/ml protein plus 1 ul of well buffer in the crystallization drop). The formed crystal was soaked in 30% ...詳細: 0.4 M NaCl, 100 mM HEPES PH 7.2, 50 mM beta-mercaptoethanol at 298K (3 ul of 5.5 mg/ml protein plus 1 ul of well buffer in the crystallization drop). The formed crystal was soaked in 30% PEG400, 13mM MgCl2, 33mM NaF, 50 mM beta-mercaptoethanol, 66 mM HEPES, pH 7.2, and 10 mM phenyl phosphate for 4 days.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 59714 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 49.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2944 / Rrim(I) all: 0.931 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→37.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.806 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1488 3011 5.1 %RANDOM
Rwork0.1235 ---
obs0.1247 56394 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.12 Å2 / Biso mean: 26.305 Å2 / Biso min: 10.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→37.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2508 0 22 301 2831
Biso mean--31.03 46.31 -
残基数----309
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0132615
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3861.643527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3181.5745661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1125313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.11421.25144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.95115462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6231520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022899
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02599
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.36635052
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.849 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 198 -
Rwork0.182 3929 -
all-4127 -
obs--93.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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