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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mnb | |||||||||
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タイトル | PTP1B F225Y-R199N-L195R in complex with TCS401 | |||||||||
![]() | Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane ...regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / sorting endosome / mitochondrial crista / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of endocytosis / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Regulation of IFNA/IFNB signaling / regulation of signal transduction / cellular response to unfolded protein / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of signal transduction / Regulation of IFNG signaling / Growth hormone receptor signaling / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of JUN kinase activity / Insulin receptor recycling / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / ephrin receptor binding / Integrin signaling / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / negative regulation of MAP kinase activity / protein phosphatase 2A binding / protein tyrosine phosphatase activity / endosome lumen / insulin receptor binding / Negative regulation of MET activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / early endosome / mitochondrial matrix / cadherin binding / protein kinase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Torgeson, K.R. / Page, R. / Peti, W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conserved conformational dynamics determine enzyme activity. 著者: Torgeson, K.R. / Clarkson, M.W. / Granata, D. / Lindorff-Larsen, K. / Page, R. / Peti, W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 174.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 113.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 769.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 770.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7mkzC ![]() 7mn7C ![]() 7mn9C ![]() 7mnaC ![]() 7mncC ![]() 7mndC ![]() 7mneC ![]() 7mnfC ![]() 7mouC ![]() 7movC ![]() 7mowC ![]() 5k9vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35813.688 Da / 分子数: 1 / 変異: F225Y, R199N, L195R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-OTA / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.51 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris pH 7.4, 0.2 M Magnesium Chloride, 16.5% peg8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→38.46 Å / Num. obs: 24602 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 31.85 Å2 / CC1/2: 0.91 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 1.032 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2106 / CC1/2: 0.816 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5k9v 解像度: 2.2→38.46 Å / SU ML: 0.2083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.6423 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -36.9602412033 Å / Origin y: 30.3870551148 Å / Origin z: -15.7324213445 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |