PDB-7mks: Crystal structure of the GH12 domain from Acidothermus cellulolyt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mks

タイトル

Crystal structure of the GH12 domain from Acidothermus cellulolyticus GuxA bound to cellobiose

要素

Glycoside hydrolase, family 6

キーワード

HYDROLASE / GH12

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulose binding / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidothermus cellulolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Lunin, V.V.

資金援助

米国, 1件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	Funding provided by the BioEnergy Science Center (BESC) and the Center for Bioenergy Innovation (CBI), from the U.S. Department of Energy Bioenergy Research Centers supported by the Office of Biological and Environmental Research in the DOE Office of Science	米国

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Characterization of the Biomass Degrading Enzyme GuxA from Acidothermus cellulolyticus.
著者: Hengge, N.N. / Mallinson, S.J.B. / Pason, P. / Lunin, V.V. / Alahuhta, M. / Chung, D. / Himmel, M.E. / Westpheling, J. / Bomble, Y.J.

履歴

登録	2021年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mks.cif.gz	77 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mks.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mks.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/7mks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/7mks	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mkrC 3b7mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (2) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Glycoside hydrolase, family 6

ヘテロ分子

26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.235, 66.235, 127.176
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-306- CL
2	1	AAA-688- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 AAA

#1: タンパク質

Glycoside hydrolase, family 6 / GuxA

分子量: 25652.828 Da / 分子数: 1 / 断片: GH12 domain (UNP residues 836-1071) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acidothermus cellulolyticus (バクテリア)
遺伝子: Acel_0615 / 発現宿主:

Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア) / 参照: UniProt: A0LSH8

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 6種, 339分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% PEG8000, 0.2 M zinc chloride, 0.1 M sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.542 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→34.1 Å / Num. obs: 28178 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2727 / CC_1/2: 0.755 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3B7M

3b7m

解像度: 1.85→34.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 1.895 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.091 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1649	1418	5.035 %
R_work	0.1328	26747	-
all	0.134	-	-
obs	-	28165	99.565 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.253 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.156 Å²	-0.078 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.156 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.506 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→34.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1773	0	45	328	2146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.776	1.651	2763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.61	1.577	3882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	15.337	5.235	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.094	24.872	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.494	15	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	7.112	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.322	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	403
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	327
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	907
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	822
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.176	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.442	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.344	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.241	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.018	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.307	1.251	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.279	1.239	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.966	1.855	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.965	1.86	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.901	1.373	949
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.9	1.374	950
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.767	2.006	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.766	2.007	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.377	15.574	2255
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.376	15.579	2256

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.246	95	0.216	1856	X-RAY DIFFRACTION	95.4034
1.898-1.95	0.196	107	0.162	1916	X-RAY DIFFRACTION	99.8027
1.95-2.006	0.18	99	0.15	1826	X-RAY DIFFRACTION	99.6893
2.006-2.068	0.151	89	0.126	1797	X-RAY DIFFRACTION	99.8941
2.068-2.136	0.159	90	0.125	1759	X-RAY DIFFRACTION	99.9459
2.136-2.211	0.138	98	0.119	1695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.211-2.294	0.173	88	0.114	1615	X-RAY DIFFRACTION	99.9413
2.294-2.388	0.161	89	0.118	1580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.388-2.493	0.17	70	0.118	1517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.493-2.615	0.135	73	0.109	1456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.615-2.756	0.177	73	0.118	1391	X-RAY DIFFRACTION	100
2.756-2.923	0.15	71	0.118	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.923-3.124	0.159	68	0.118	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
3.124-3.374	0.159	71	0.12	1147	X-RAY DIFFRACTION	100
3.374-3.694	0.158	76	0.128	1059	X-RAY DIFFRACTION	99.7364
3.694-4.128	0.139	53	0.127	972	X-RAY DIFFRACTION	99.7082
4.128-4.763	0.156	29	0.113	897	X-RAY DIFFRACTION	99.7845
4.763-5.823	0.132	29	0.14	750	X-RAY DIFFRACTION	100
5.823-8.193	0.234	27	0.214	607	X-RAY DIFFRACTION	100
8.193-34.1	0.229	23	0.274	356	X-RAY DIFFRACTION	98.1865

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