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- PDB-7mk6: KcsA open gate E71V mutant with sodium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mk6
タイトルKcsA open gate E71V mutant with sodium
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • pH-gated potassium channel KcsA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channels
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Rohaim, A. / Li, J. / Weingarth, M. / Roux, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A distinct mechanism of C-type inactivation in the Kv-like KcsA mutant E71V.
著者: Rohaim, A. / Vermeulen, B.J.A. / Li, J. / Kummerer, F. / Napoli, F. / Blachowicz, L. / Medeiros-Silva, J. / Roux, B. / Weingarth, M.
履歴
登録2021年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab heavy chain
B: Fab light chain
C: pH-gated potassium channel KcsA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1173
ポリマ－58,1173
非ポリマー00
水1,15364
1
A: Fab heavy chain
B: Fab light chain
C: pH-gated potassium channel KcsA

A: Fab heavy chain
B: Fab light chain
C: pH-gated potassium channel KcsA

A: Fab heavy chain
B: Fab light chain
C: pH-gated potassium channel KcsA

A: Fab heavy chain
B: Fab light chain
C: pH-gated potassium channel KcsA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,46912
ポリマ－232,46912
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.139, 140.139, 69.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-202-

HOH

21C-203-

HOH

31C-208-

HOH

41C-209-

HOH

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要素

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24379.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23604.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 pH-gated potassium channel KcsA / Streptomyces lividans K+ channel / SKC1


分子量: 10133.879 Da / 分子数: 1 / Mutation: A28C, E71V, L90C, R117Q, E118C, E120Q, R121Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
遺伝子: kcsA, skc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A334
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM sodium/ammonium acetate pH 5.5, 50 mM Magnesium acetate, 25% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→99.09 Å / Num. obs: 12391 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / Num. unique obs: 2218 / CC1/2: 0.165

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vk6

5vk6


解像度: 3.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 65.775 / SU ML: 0.523 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.458 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2526 639 5.2 %RANDOM
Rwork0.2081 ---
obs0.2107 11693 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 264.26 Å2 / Biso mean: 143.582 Å2 / Biso min: 72.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3741 0 0 64 3805
Biso mean---125.28 -
残基数----495
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133841
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0173566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8391.6385236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1931.5738220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.0185490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.97922.201159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.05515588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.581517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02875
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.179 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 41 -
Rwork0.425 855 -
all-896 -
obs--99.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7913-0.08470.77740.04720.00061.9742-0.0896-0.39240.43040.02210.06610.071-0.0953-0.41890.02350.1060.08670.01370.2273-0.08521.0128-39.359821.5698-39.6666
20.9155-0.72050.37520.6199-0.36051.32650.1603-0.1598-0.1413-0.15420.1410.30740.210.0226-0.30140.222-0.0495-0.11140.05240.10770.7494-36.82357.1938-50.5405
31.020.4114-0.25621.3591-1.01680.7655-0.0857-0.3370.23190.177-0.005-0.0644-0.1267-0.00360.09070.4210.04030.18070.3686-0.11360.307-11.73326.4665-9.0331
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 198
3X-RAY DIFFRACTION3C28 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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