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- PDB-7mk1: Structure of a protein-modified aptamer complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mk1
タイトルStructure of a protein-modified aptamer complex
要素
  • Antiviral innate immune response receptor RIG-I
  • DNA (41-MER)
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA / innate immunity / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation ...regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / RSV-host interactions / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of interferon-alpha production / bicellular tight junction / antiviral innate immune response / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interferon-beta production / regulation of cell migration / positive regulation of interleukin-8 production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / response to virus / Evasion by RSV of host interferon responses / ISG15 antiviral mechanism / ruffle membrane / positive regulation of interleukin-6 production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / Ovarian tumor domain proteases / actin cytoskeleton / TRAF3-dependent IRF activation pathway / gene expression / double-stranded DNA binding / defense response to virus / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / Ub-specific processing proteases / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RIG-I, CARD domain repeat 2 / RIG-I-like receptor, C-terminal / : / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain ...RIG-I, CARD domain repeat 2 / RIG-I-like receptor, C-terminal / : / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antiviral innate immune response receptor RIG-I
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ren, X. / Pyle, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Evolving A RIG-I Antagonist: A Modified DNA Aptamer Mimics Viral RNA.
著者: Ren, X. / Gelinas, A.D. / Linehan, M. / Iwasaki, A. / Wang, W. / Janjic, N. / Pyle, A.M.
履歴
登録2021年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antiviral innate immune response receptor RIG-I
B: Antiviral innate immune response receptor RIG-I
C: DNA (41-MER)
D: DNA (41-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5818
ポリマ－59,4024
非ポリマー1794
水7,530418
1
A: Antiviral innate immune response receptor RIG-I
C: DNA (41-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7914
ポリマ－29,7012
非ポリマー902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
2
B: Antiviral innate immune response receptor RIG-I
D: DNA (41-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7914
ポリマ－29,7012
非ポリマー902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.126, 86.632, 87.126
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Antiviral innate immune response receptor RIG-I / DEAD box protein 58 / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 / RIG-I-like receptor 1 / RLR-1 / ...DEAD box protein 58 / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 / RIG-I-like receptor 1 / RLR-1 / Retinoic acid-inducible gene 1 protein / RIG-1 / Retinoic acid-inducible gene I protein / RIG-I


分子量: 14648.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95786, RNA helicase
#2: DNA鎖 DNA (41-MER)


分子量: 15052.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG3350, 0.01 M Na acetate pH 4.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→57.75 Å / Num. obs: 46578 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 47.62 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0304 / Rpim(I) all: 0.0304 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 10.72
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 4608 / CC1/2: 0.549 / % possible all: 99.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OG8

3og8


解像度: 1.9→57.75 Å / SU ML: 0.2666 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.7527 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 2324 4.99 %
Rwork0.1884 44264 -
obs0.1901 46588 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→57.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1996 2036 4 418 4454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01954320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d4.33156102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.4229584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0122460
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d36.07471480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.38131090.37352609X-RAY DIFFRACTION99.96
1.94-1.980.32861212573X-RAY DIFFRACTION99.93
1.98-2.030.29011392566X-RAY DIFFRACTION99.89
2.03-2.080.3141190.29712596X-RAY DIFFRACTION99.85
2.08-2.130.3311320.27042561X-RAY DIFFRACTION99.74
2.13-2.20.30641530.25542573X-RAY DIFFRACTION99.96
2.2-2.270.26141270.24262576X-RAY DIFFRACTION99.82
2.27-2.350.28061400.21652577X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.440.29011280.22692580X-RAY DIFFRACTION99.93
2.44-2.550.28791370.20772614X-RAY DIFFRACTION99.93
2.55-2.690.31871420.21342588X-RAY DIFFRACTION99.82
2.69-2.860.26071230.20592626X-RAY DIFFRACTION99.85
2.86-3.080.23721430.19822591X-RAY DIFFRACTION99.35
3.08-3.390.22211470.1762590X-RAY DIFFRACTION99.53
3.39-3.880.20561420.16292647X-RAY DIFFRACTION99.71
3.88-4.880.14941600.13842636X-RAY DIFFRACTION99.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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