[日本語] English
万見
- PDB-7miq: Crystal structure of a Glutathione S-transferase class Gtt2 of Vi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7miq
タイトルCrystal structure of a Glutathione S-transferase class Gtt2 of Vibrio parahaemolyticus (VpGSTT2)
要素Glutathione S-transferase
キーワードTRANSFERASE / GST folding / thioredoxin domain / Gtt2 class
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione metabolic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Gtt2-like, C-terminal / Gtt2-like, N-terminal / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Gtt2-like, C-terminal / Gtt2-like, N-terminal / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Valenzuela-Chavira, I. / Serrano-Posada, H. / Lopez-Zavala, A.A. / Garcia-Orozco, K.D. / Sotelo-Mundo, R.R.
資金援助 メキシコ, 3件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)CB-2014-237963 メキシコ
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)INFR-2014-01-225455 メキシコ
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 メキシコ
引用ジャーナル: Toxins / 年: 2021
タイトル: A Novel Glutathione S -Transferase Gtt2 Class (VpGSTT2) Is Found in the Genome of the AHPND/EMS Vibrio parahaemolyticus Shrimp Pathogen.
著者: Valenzuela-Chavira, I. / Corona-Martinez, D.O. / Garcia-Orozco, K.D. / Beltran-Torres, M. / Sanchez-Lopez, F. / Arvizu-Flores, A.A. / Sugich-Miranda, R. / Lopez-Zavala, A.A. / Robles-Zepeda, ...著者: Valenzuela-Chavira, I. / Corona-Martinez, D.O. / Garcia-Orozco, K.D. / Beltran-Torres, M. / Sanchez-Lopez, F. / Arvizu-Flores, A.A. / Sugich-Miranda, R. / Lopez-Zavala, A.A. / Robles-Zepeda, R.E. / Islas-Osuna, M.A. / Ochoa-Leyva, A. / Toney, M.D. / Serrano-Posada, H. / Sotelo-Mundo, R.R.
履歴
登録2021年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2021年7月7日ID: 6ED8
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase
B: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4695
ポリマ－48,1602
非ポリマー3083
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, Kd: GSH 257.8 microM / GTS inibitor 57.9 microM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.254, 50.411, 69.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase


分子量: 24080.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
遺伝子: C1S91_22750 / プラスミド: pET11a / 詳細 (発現宿主): pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A2R9VI90, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.99 % / 解説: bar shaped crystal, 0.15 mm
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-tris buffer pH 6.5, 30% w/v polyethylene glycol 3350
PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.181 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.181 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→40.83 Å / Num. obs: 29129 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 1.92→2.24 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Num. unique obs: 3971 / CC1/2: 0.943 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.19.1_4122位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ERF

3erf


解像度: 1.92→40.83 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2083 1403 4.82 %
Rwork0.1628 27718 -
obs0.1649 29121 96.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.46 Å2 / Biso mean: 29.282 Å2 / Biso min: 9.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→40.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3252 0 19 330 3601
Biso mean--36.53 33.64 -
残基数----407
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.92-1.990.28441630.2045250689
1.99-2.070.24611330.1814269697
2.07-2.160.22141400.1707280898
2.16-2.280.21211180.1646280898
2.28-2.420.20211600.1653273697
2.42-2.610.21371430.1653277498
2.61-2.870.21591630.1646281699
2.87-3.280.2131130.1612283198
3.28-4.140.18031120.146284298
4.14-40.80.19631580.1632290199

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る