PDB-7mi0: Crystal Structure of Glycosyltransferase from Rickettsia africae ESF-5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mi0

タイトル

Crystal Structure of Glycosyltransferase from Rickettsia africae ESF-5

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Glycosyltransferase / Rickettsia africae / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Glycosyltransferase Family 4 / : / Glycosyltransferase subfamily 4-like, N-terminal domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / glycosyltransferase activity / Glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Rickettsia africae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of acetoacetyl-CoA reductase from Rickettsia felis.
著者: Rodarte, J.V. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Staker, B.L. / Zhang, S. / Myler, P.J. / McLaughlin, K.J.

履歴

登録	2021年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mi0.cif.gz	192.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mi0.ent.gz	127.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mi0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mi0_validation.pdf.gz	421.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mi0_full_validation.pdf.gz	422.8 KB	表示
XML形式データ	7mi0_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	7mi0_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/7mi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/7mi0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kmsC 6d9tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5buf-2 3wvj-d 5x6r-1 4avc-2 2yxe-d 1z6x-d 4mph-d 4d86-d 3ffv-d 2bjb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-RiafA.17295.a TargetTrack: RiafA.17295.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.270, 111.270, 163.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-519- HOH

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 45111.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rickettsia africae (strain ESF-5) (バクテリア) 株: ESF-5 / 遺伝子: RAF_ORF0434 / プラスミド: RiafA.17295.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3PN56
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.2 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Rigaku Reagens JCSG+ screen, condtion E1: 1000mM sodium citrate tribasic, 100mM sodium cacodylate / HCl pH 6.5: RiafA.17295.a.B1.PW36512 at 23.9mg/ml: tray: 240851 e1: cryo: 20% EG: puck osj0-7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97919 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月17日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97919 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 13909 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.074 % / B_iso Wilson estimate: 55.775 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 0.906 / Net I/σ(I): 21.03

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.9-2.98	7.249	0.646	3.36	1008	0.908	0.696	100
2.98-3.06	7.315	0.497	4.48	963	0.924	0.535	100
3.06-3.15	7.283	0.43	5.02	957	0.951	0.463	100
3.15-3.24	7.249	0.336	6.42	924	0.964	0.362	100
3.24-3.35	7.218	0.256	8.43	889	0.978	0.275	100
3.35-3.47	7.229	0.195	10.76	888	0.985	0.21	100
3.47-3.6	7.211	0.136	14.53	833	0.993	0.147	100
3.6-3.74	7.169	0.107	17.89	812	0.996	0.116	100
3.74-3.91	7.213	0.096	20.34	771	0.996	0.104	100
3.91-4.1	7.124	0.067	26.16	760	0.998	0.072	100
4.1-4.32	7.08	0.062	28.4	724	0.998	0.067	100
4.32-4.59	7.106	0.05	34.22	672	0.999	0.054	100
4.59-4.9	6.989	0.045	36.33	640	0.999	0.049	100
4.9-5.29	6.974	0.046	35.59	613	0.999	0.049	100
5.29-5.8	6.938	0.045	34.24	560	0.999	0.049	100
5.8-6.48	6.806	0.046	34.56	516	0.999	0.05	100
6.48-7.49	6.698	0.037	39.89	464	0.999	0.04	99.8
7.49-9.17	6.559	0.025	54.21	399	1	0.027	99.5
9.17-12.97	6.179	0.021	61.04	318	1	0.022	98.5
12.97-50	5.04	0.022	48.57	198	0.999	0.025	91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19 4205	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MR-Rosetta		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MR-rosetta starting from pdb entry 6d9t

6d9t

解像度: 2.9→47.49 Å / SU ML: 0.335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5914
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2363	1346	9.7 %	0
R_work	0.1941	12524	-	-
obs	0.1982	13870	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2876	0	4	37	2917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0037	2946
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.557	4016
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0442	485
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	507
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5704	1045

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-3	0.2917	136	0.2548	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.12	0.3251	123	0.2511	1220	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.27	0.3316	132	0.2786	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.44	0.293	131	0.2231	1217	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.65	0.2216	133	0.189	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.94	0.2344	130	0.2057	1243	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.33	0.2293	137	0.167	1241	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.33-4.96	0.2087	135	0.1492	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
4.96-6.24	0.1936	138	0.1931	1282	X-RAY DIFFRACTION	100
6.24-47.49	0.2217	151	0.1831	1372	X-RAY DIFFRACTION	99.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.76397776599	-0.20588370872	-0.00597943939366	1.11586627896	-0.911792940658	7.9596010274	-0.315355029953	-0.205883039743	0.0477691916321	-0.208061133928	0.0390479971246	0.121329133433	-0.40276081511	-1.21993494612	0.218883841388	0.482061655075	0.164796280132	-0.153666277868	0.530546751055	-0.0705766164006	0.5692639629	15.3400020501	47.4304453419	73.807737158
2	4.37866807518	-0.134233561195	-0.00880074270769	2.98586488917	-0.0927021672826	8.94730518695	-0.168939429169	0.304864092168	-0.131066053178	-0.605709155046	-0.119092675496	-0.108004387726	0.0579231676777	0.944837623108	0.262755907115	0.452548650786	0.0585634493421	-0.0389901032882	0.485753217538	0.025028405663	0.37984848427	31.7582193071	42.7841577729	69.5888618407
3	1.86924455823	0.0838141806558	0.938777349602	4.64058338864	-0.173421300139	2.91396907654	0.227521370468	-0.0762216363858	-0.352022898458	-0.0312842348195	-0.331851325477	0.401876723502	0.700447431076	-0.0798872693062	0.0835061975957	0.518112678184	0.0363047954126	-0.0113405391434	0.34923971939	-0.0505456016334	0.475399962254	23.7576365525	25.5233165371	93.8761702258

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: UNK / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 10 through 92 )	10 - 92	1 - 83
2	2	chain 'A' and (resid 93 through 171 )	93 - 171	84 - 162
3	3	chain 'A' and (resid 172 through 388 )	172 - 388	163 - 379

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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