PDB-7mhv: Crystal Structure of Cysteine desulfurase NifS from Legionella pn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mhv

タイトル

Crystal Structure of Cysteine desulfurase NifS from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with pyridoxal 5'-phosphate

要素

Cysteine desulfurase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Cysteine desulfurase / Legionella pneumophila / pyridoxal 5'-phosphate / aminotransferase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Sリアーゼ類; - / cysteine desulfurase activity / iron-sulfur cluster assembly / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Cysteine desulfurase NifS from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with pyridoxal 5'-phosphate
著者: Sidhu, R.S. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mhv.cif.gz	203.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mhv.ent.gz	130.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mhv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mhv_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mhv_full_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示
XML形式データ	7mhv_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	7mhv_validation.cif.gz	31.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/7mhv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/7mhv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lvmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4r5f-1 1ecx-2 4yra-4 1bqa-d 2bi3-d 4yra-2 3nra-d 3a9z-d 3zrq-d 5wmi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: LepnA.00081.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine desulfurase

ヘテロ分子

43.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine desulfurase

ヘテロ分子

A: Cysteine desulfurase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
87.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.010, 51.170, 74.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.406, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-736- HOH
2	1	A-975- HOH

#1: タンパク質	Cysteine desulfurase 分子量: 43524.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: iscS, lpg1746 / プラスミド: LepnA.00081.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZUP7, cysteine desulfurase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Anatrace/Calibre MCSG1 screen, condition F7: 1M NaH2PO4 / K2HPO4 pH 5.6: LepnA.00081.a.B1.PS38430 at 22.0mg/ml: tray: 300662 f7: cryo: 25% EG in 2 steps + 2.5mM PLP: puck: kdy1-15

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月12日 / 詳細: RIGAKU VARIMAX HF

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 45395 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.491 % / B_iso Wilson estimate: 27.051 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 0.937 / Net I/σ(I): 18.87

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	2.835	0.543	2.12	2885	0.767	0.653	85.2
1.8-1.84	3.86	0.433	3.21	3250	0.886	0.5	98.3
1.84-1.9	4.544	0.392	4.02	3206	0.918	0.444	99.5
1.9-1.96	4.745	0.273	5.55	3100	0.953	0.307	100
1.96-2.02	4.998	0.199	7.45	3008	0.976	0.222	99.7
2.02-2.09	5.963	0.174	10.11	2960	0.982	0.191	99.9
2.09-2.17	6.938	0.145	12.87	2799	0.99	0.157	99.6
2.17-2.26	7.485	0.124	15.03	2715	0.994	0.134	99.5
2.26-2.36	7.897	0.108	16.77	2586	0.996	0.115	99.7
2.36-2.47	8.476	0.097	19.02	2498	0.997	0.103	99.2
2.47-2.61	9.492	0.087	22.5	2334	0.997	0.092	98.9
2.61-2.77	10.968	0.075	26.17	2251	0.998	0.078	99.6
2.77-2.96	11.026	0.066	29.69	2117	0.999	0.069	99.4
2.96-3.2	11.038	0.059	33.01	1967	0.999	0.061	99.7
3.2-3.5	11.002	0.049	39.72	1820	0.999	0.051	99.7
3.5-3.91	11.01	0.044	45.58	1654	0.999	0.046	99.8
3.91-4.52	11.006	0.043	47.92	1458	0.999	0.045	99.5
4.52-5.53	10.953	0.043	48.2	1257	0.999	0.045	99.7
5.53-7.83	10.809	0.048	46.04	969	0.999	0.05	99.4
7.83-50	9.989	0.05	49.73	561	0.999	0.053	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3lvm

3lvm

解像度: 1.75→47.12 Å / SU ML: 0.1513 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.0294
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1792	2033	4.48 %	0
R_work	0.1583	43352	-	-
obs	0.1592	45385	98.53 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2852	0	18	479	3349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	2969
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9339	4035
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0613	464
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	524
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.9911	437

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.79	0.2472	121	0.245	2460	X-RAY DIFFRACTION	84.68
1.79-1.84	0.2253	127	0.2269	2840	X-RAY DIFFRACTION	97.12
1.84-1.89	0.2744	153	0.2152	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.89-1.94	0.2066	140	0.1842	2877	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.94-2	0.192	140	0.1642	2914	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2-2.07	0.1922	151	0.1596	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.16	0.2013	123	0.1582	2940	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.16-2.26	0.172	134	0.1618	2940	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.26-2.38	0.2093	155	0.164	2876	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.38-2.52	0.1981	128	0.1694	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.52-2.72	0.1834	139	0.1615	2912	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.72-2.99	0.1822	135	0.1587	2961	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.99-3.42	0.1808	143	0.1492	2919	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.43-4.31	0.1339	116	0.1255	2988	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.32-47.12	0.1434	128	0.1516	3045	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.01038678966	-0.276522606036	-0.319914422847	0.513143048799	-0.032681578732	0.769896659099	0.0366030328109	0.225038492338	-0.191902852496	-0.0609776211031	-0.0263261429011	0.0166645735636	0.0767366402694	0.0378594279074	-0.00110938747167	0.105563446052	-0.0100590812166	-0.0077076078691	0.0938020471215	-0.0351014214551	0.0966009811497	7.96662242266	12.1722769818	-44.9956974907
2	1.3443953922	-0.321612884049	-0.0210774742942	1.21616595935	0.195946568429	1.1018646099	-0.0631256471992	-0.0575336135391	0.201267386962	0.0385812413581	0.0229546904436	-0.0642468063787	-0.184873443365	-0.036750160247	0.0359475098843	0.110126770222	0.007195092917	-0.0146369087698	0.0739360887113	-0.0038476969676	0.12268062934	-4.94098977128	36.4973842991	-30.7006593683
3	1.63059943367	-0.971100753927	0.0417738920254	1.7030214666	0.122826192618	0.75624384898	0.0450392333267	0.116492455702	0.155744191538	-0.125291089557	-0.0508319128676	-0.0584773138393	-0.061195268159	0.00247533088182	0.000915416389113	0.0951996447137	-0.0097949389141	0.00389505780858	0.088190069101	0.0089486037587	0.111659861666	0.203128026728	25.869011897	-39.886706762
4	0.904679445391	0.0145006568252	0.139933376612	1.05000614021	0.0157246572908	1.52961934964	-0.0284369912967	-0.370548926607	-0.0797449512638	0.2170023951	0.0124742193613	0.0552436003158	-0.0230885005282	-0.104302701494	0.0227379504099	0.133972992786	-0.00264735824899	0.0243718729599	0.24448004743	0.0396215795497	0.13805463074	-9.81358321153	14.2993686843	-15.3415186096

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 12 through 71 )	12 - 71	9 - 76
2	2	chain 'A' and (resid 72 through 171 )	72 - 171	77 - 180
3	3	chain 'A' and (resid 172 through 254 )	172 - 254	181 - 263
4	4	chain 'A' and (resid 255 through 385 )	255 - 385	264 - 387

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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