PDB-7mhu: Sialidase24 apo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mhu

タイトル

Sialidase24 apo

要素

Exo-alpha-sialidase

キーワード

HYDROLASE / Sialidase / microbiome / sialic acid / inflammation

機能・相同性

BNR repeat-like domain / exo-alpha-sialidase activity / Sialidase family / Sialidase / Sialidase superfamily / Exo-alpha-sialidase

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides acidifaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Rees, S.D. / Chang, G.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2021
タイトル: Computational models in the service of X-ray and cryo-electron microscopy structure determination.
著者: Kryshtafovych, A. / Moult, J. / Albrecht, R. / Chang, G.A. / Chao, K. / Fraser, A. / Greenfield, J. / Hartmann, M.D. / Herzberg, O. / Josts, I. / Leiman, P.G. / Linden, S.B. / Lupas, A.N. / ...

履歴

登録	2021年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mhu.cif.gz	154.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mhu.ent.gz	121.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mhu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mhu_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mhu_full_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示
XML形式データ	7mhu_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	7mhu_validation.cif.gz	37.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/7mhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/7mhu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2w5o-d 4m4v-1 7mhu-2 4au0-2 4onz-d 1qk2-1 1rje-3 7aey-d 7ov2-d 1qk2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Exo-alpha-sialidase

B: Exo-alpha-sialidase

91.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Exo-alpha-sialidase

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
45.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Exo-alpha-sialidase

登録者が定義した集合体
45.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.109, 141.109, 54.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Exo-alpha-sialidase / Sialidase24 分子量: 45777.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides acidifaciens (バクテリア) 遺伝子: E5356_01515 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4S2B3K9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Bis-Tris, 20% polyethylene glycol monomethyl ether 5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→29.62 Å / Num. obs: 73015 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.272 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / Num. unique obs: 4481 / CC_1/2: 0.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
MOSFLM	7.3.0	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX	1.19.1_4122	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold T1089TS427_2

解像度: 2→29.62 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 143.18 / 位相誤差: 40.02 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2054	3517	4.82 %
R_work	0.1888	-	-
obs	0.196	72960	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5756	0	0	78	5834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5894
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.734	7998
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.77	802
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	866
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1028

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.3355	186	0.3316	3429	X-RAY DIFFRACTION	94
2.03-2.07	0.3077	150	0.3193	3450	X-RAY DIFFRACTION	96
2.07-2.11	0.3119	154	0.3189	3472	X-RAY DIFFRACTION	96
2.11-2.15	0.2868	178	0.3129	3434	X-RAY DIFFRACTION	95
2.15-2.2	0.3222	175	0.3058	3448	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2-2.25	0.3358	158	0.3144	3472	X-RAY DIFFRACTION	96
2.25-2.31	0.3194	126	0.3063	3461	X-RAY DIFFRACTION	96
2.31-2.37	0.3209	173	0.3041	3505	X-RAY DIFFRACTION	95
2.37-2.44	0.3538	183	0.2894	3422	X-RAY DIFFRACTION	95
2.44-2.52	0.302	202	0.277	3453	X-RAY DIFFRACTION	94
2.52-2.61	0.3052	170	0.2648	3479	X-RAY DIFFRACTION	95
2.61-2.71	0.2613	170	0.2562	3465	X-RAY DIFFRACTION	95
2.71-2.84	0.2608	182	0.2363	3440	X-RAY DIFFRACTION	95
2.84-2.99	0.2431	174	0.2219	3475	X-RAY DIFFRACTION	95
2.99-3.17	0.2327	181	0.2017	3464	X-RAY DIFFRACTION	95
3.17-3.42	0.2267	193	0.1797	3482	X-RAY DIFFRACTION	95
3.42-3.76	0.185	170	0.1622	3478	X-RAY DIFFRACTION	95
3.76-4.3	0.1675	185	0.1316	3489	X-RAY DIFFRACTION	95
4.31-5.42	0.1403	203	0.117	3532	X-RAY DIFFRACTION	95
5.42-29.62	0.1666	204	0.1508	3593	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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