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万見
- PDB-7mh6: Structure of EmrE-D3 mutant in complex with monobody L10 in low p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mh6
タイトルStructure of EmrE-D3 mutant in complex with monobody L10 in low pH (protonated state)
要素
  • Monobody L10
  • Multidrug transporter EmrE
キーワードTRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / small multidrug resistance transporter / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / EmrE / proton bound
機能・相同性
機能・相同性情報


EmrE multidrug transporter complex / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transport / xenobiotic transmembrane transporter activity ...EmrE multidrug transporter complex / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / xenobiotic metabolic process / transmembrane transport / cellular response to xenobiotic stimulus / response to xenobiotic stimulus / DNA damage response / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Small drug/metabolite transporter protein family / Small multidrug resistance protein / Small Multidrug Resistance protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug transporter EmrE
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Kermani, A.A. / Stockbridge, R.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1845012 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of bacterial small multidrug resistance transporter EmrE in complex with structurally diverse substrates.
著者: Kermani, A.A. / Burata, O.E. / Koff, B.B. / Koide, A. / Koide, S. / Stockbridge, R.B.
履歴
登録2021年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Monobody L10
B: Multidrug transporter EmrE
C: Monobody L10
A: Multidrug transporter EmrE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4804
ポリマ－43,4804
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area20330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)140.641, 49.850, 109.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.750, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Monobody L10


分子量: 9832.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Multidrug transporter EmrE / Efflux-multidrug resistance protein EmrE / Ethidium resistance protein / Methyl viologen resistance protein C


分子量: 11907.279 Da / 分子数: 2 / Mutation: E25N, W31I, V34M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: emrE, eb, mvrC, b0543, JW0531 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23895
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM sodium chloride, 100 mM sodium cacodylate, pH 5.5, 34% PEG600

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→70.17 Å / Num. obs: 11183 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.85→3.16 Å / 冗長度: 7.1 % / Num. unique obs: 560 / CC1/2: 0.366 / % possible all: 62.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
MOSFLMデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6WK8

6wk8


解像度: 2.85→35.08 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 43.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 553 4.96 %
Rwork0.3087 10597 -
obs0.3096 11171 61.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 155.23 Å2 / Biso mean: 94.98 Å2 / Biso min: 43.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→35.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2948 0 0 1 2949
Biso mean---54.11 -
残基数----385
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.85-2.950.5191250.41394785.76
3.14-3.60.4328770.3877178842
3.6-4.530.34572250.332405095

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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