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- PDB-7mgv: Chryseobacterium gregarium RiPP-associated ATP-grasp ligase in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mgv
タイトルChryseobacterium gregarium RiPP-associated ATP-grasp ligase in complex with ADP, and a leader and core peptide
要素
  • CdnA3 Core peptide
  • CdnA3 Leader peptide
  • CdnC
キーワードLIGASE / Ribosomally synthesized / post-translationally modified peptide / Natural products ATP-grasp ligase / Precursor peptide / Graspetide omega-ester macrocycles macrolactone
機能・相同性ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Chryseobacterium gregarium DSM 19109 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Bewley, C.A. / Zhao, G. / Kosek, D. / Dyda, F.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for a Dual Function ATP Grasp Ligase That Installs Single and Bicyclic omega-Ester Macrocycles in a New Multicore RiPP Natural Product.
著者: Zhao, G. / Kosek, D. / Liu, H.B. / Ohlemacher, S.I. / Blackburne, B. / Nikolskaya, A. / Makarova, K.S. / Sun, J. / Barry Iii, C.E. / Koonin, E.V. / Dyda, F. / Bewley, C.A.
履歴
登録2021年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CdnC
V: CdnA3 Leader peptide
U: CdnA3 Leader peptide
B: CdnC
T: CdnA3 Core peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3208
ポリマ－87,3745
非ポリマー9463
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13750 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area29300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.258, 80.990, 149.579
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CdnC


分子量: 41624.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chryseobacterium gregarium DSM 19109 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 VUT

#2: タンパク質・ペプチド CdnA3 Leader peptide


分子量: 1456.681 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Chryseobacterium gregarium DSM 19109 (バクテリア)
#3: タンパク質・ペプチド CdnA3 Core peptide


分子量: 1212.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Chryseobacterium gregarium DSM 19109 (バクテリア)

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非ポリマー , 3種, 122分子

#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% PEG 2000, 0.1 M bis-tris pH 6.5, 1 mM magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→30 Å / Num. obs: 29505 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 47.39 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.894 / Net I/av σ(I): 16.8181 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.44→2.48 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1438 / CC1/2: 0.687 / CC star: 0.903 / Rpim(I) all: 0.334 / Rrim(I) all: 0.652 / Χ2: 0.4 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ig9

5ig9


解像度: 2.44→29.86 Å / SU ML: 0.3374 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.0505
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 1999 6.79 %
Rwork0.2 27451 -
obs0.2039 29450 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5726 0 60 119 5905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00255902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60987979
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0449876
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0546779
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.50.32981370.28841877X-RAY DIFFRACTION95.27
2.5-2.570.3321390.26271912X-RAY DIFFRACTION97.2
2.57-2.640.29261330.25321825X-RAY DIFFRACTION94.23
2.64-2.730.29831420.25251946X-RAY DIFFRACTION98.86
2.73-2.820.32231410.25121947X-RAY DIFFRACTION99.76
2.82-2.940.29631450.22961975X-RAY DIFFRACTION99.91
2.94-3.070.30181430.22321969X-RAY DIFFRACTION99.95
3.07-3.230.26541450.22371983X-RAY DIFFRACTION99.72
3.23-3.430.29521430.21761965X-RAY DIFFRACTION99.86
3.43-3.70.26581430.19541971X-RAY DIFFRACTION98.79
3.7-4.070.27131420.18661944X-RAY DIFFRACTION97.61
4.07-4.660.20971460.16322009X-RAY DIFFRACTION99.68
4.66-5.860.23441480.17262041X-RAY DIFFRACTION99.91
5.86-29.860.19391520.17842087X-RAY DIFFRACTION97.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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