PDB-7mgq: AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase (ATIC) is essential for d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mgq

タイトル

AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase (ATIC) is essential for de novo purine biosynthesis and infection by Cryptococcus neoformans

要素

5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide formyltransferase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Isomerase / ligand / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase activity / IMP cyclohydrolase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptococcus neoformans (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.67 Å

データ登録者

Wizrah, M.S. / Chua, S.M.H. / Luo, Z. / Manik, M.K. / Pan, M. / Whyte, J.M. / Robertson, A.B. / Kappler, U. / Kobe, B. / Fraser, J.A.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase (ATIC) is essential for de novo purine biosynthesis and infection by Cryptococcus neoformans.
著者: Wizrah, M.S.I. / Chua, S.M.H. / Luo, Z. / Manik, M.K. / Pan, M. / Whyte, J.M.L. / Robertson, A.A.B. / Kappler, U. / Kobe, B. / Fraser, J.A.

履歴

登録	2021年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7mgq.ent.gz	767.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7mgq_validation.pdf.gz	451 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mgq_full_validation.pdf.gz	465.9 KB	表示
XML形式データ	7mgq_validation.xml.gz	76.7 KB	表示
CIF形式データ	7mgq_validation.cif.gz	104 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/7mgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/7mgq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1pkxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide formyltransferase

B: 5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide formyltransferase

C: 5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide formyltransferase

D: 5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide formyltransferase

ヘテロ分子

262 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide formyltransferase

B: 5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide formyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
131 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide formyltransferase

D: 5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide formyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.841, 115.867, 111.823
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.183, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 4 through 488 or resid 496 through 512 or resid 519 through 605))	A	A	4 - 488	4 - 488
1	2	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 4 through 488 or resid 496 through 512 or resid 519 through 605))	A	A	496 - 512	496 - 512
1	3	ALA	ALA	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 4 through 488 or resid 496 through 512 or resid 519 through 605))	A	A	519 - 605	519 - 605
2	1	GLU	GLU	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 4 through 512 or resid 519 through 605))	B	B	4 - 488	4 - 488
2	2	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 4 through 512 or resid 519 through 605))	B	B	496 - 512	496 - 512
2	3	ALA	ALA	HIS	HIS	(chain 'B' and (resid 4 through 512 or resid 519 through 605))	B	B	519 - 605	519 - 605
3	1	GLU	GLU	PRO	PRO	(chain 'C' and (resid 4 through 488 or resid 496 through 512 or resid 519 through 605))	C	C	4 - 488	4 - 488
3	2	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'C' and (resid 4 through 488 or resid 496 through 512 or resid 519 through 605))	C	C	496 - 512	496 - 512
3	3	ALA	ALA	HIS	HIS	(chain 'C' and (resid 4 through 488 or resid 496 through 512 or resid 519 through 605))	C	C	519 - 605	519 - 605
4	1	GLU	GLU	PRO	PRO	(chain 'D' and (resid 4 through 488 or resid 496 through 512 or resid 519 through 605))	D	D	4 - 488	4 - 488
4	2	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'D' and (resid 4 through 488 or resid 496 through 512 or resid 519 through 605))	D	D	496 - 512	496 - 512
4	3	ALA	ALA	HIS	HIS	(chain 'D' and (resid 4 through 488 or resid 496 through 512 or resid 519 through 605))	D	D	519 - 605	519 - 605

#1: タンパク質	5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide formyltransferase / AICAR transformylase / IMP synthase / Inosinicase / Phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase 分子量: 65483.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans (菌類) / 遺伝子: C356_00722 / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG 参照: UniProt: A0A225ZZG7, phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase, IMP cyclohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 20% w/v PEG 6000 and 0.2 M Tris base / PH範囲: 6.5-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.67→48.92 Å / Num. obs: 65094 / % possible obs: 98.75 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 60.87 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 71.97
反射シェル	解像度: 2.674→2.77 Å / Num. unique obs: 6258 / CC_1/2: 0.907

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PKX

1pkx

解像度: 2.67→48.92 Å / SU ML: 0.3693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.0365 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2346	1999	3.07 %
R_work	0.199	63086	-
obs	0.2001	65085	98.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.67→48.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18193	0	4	74	18271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	18549
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6383	25124
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0442	2852
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3267
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.153	11293

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.67-2.74	0.3491	133	0.3175	4201	X-RAY DIFFRACTION	92.55
2.74-2.81	0.316	143	0.2924	4507	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.81-2.9	0.3284	143	0.2782	4499	X-RAY DIFFRACTION	98.89
2.9-2.99	0.298	141	0.2713	4469	X-RAY DIFFRACTION	98.86
2.99-3.1	0.2806	144	0.26	4517	X-RAY DIFFRACTION	98.98
3.1-3.22	0.2898	143	0.2655	4502	X-RAY DIFFRACTION	99.06
3.22-3.37	0.2908	142	0.2419	4507	X-RAY DIFFRACTION	99.08
3.37-3.55	0.2617	143	0.2147	4512	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.55-3.77	0.2554	143	0.1997	4500	X-RAY DIFFRACTION	99.23
3.77-4.06	0.2123	143	0.1871	4547	X-RAY DIFFRACTION	99.3
4.06-4.47	0.1895	144	0.1667	4562	X-RAY DIFFRACTION	99.41
4.47-5.11	0.1999	145	0.1563	4547	X-RAY DIFFRACTION	99.39
5.11-6.44	0.24	145	0.1873	4578	X-RAY DIFFRACTION	99.62
6.44-48.92	0.1857	147	0.1613	4638	X-RAY DIFFRACTION	99.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.68488234776	-0.56240468836	1.63569485104	3.0995825294	-1.10934905676	1.99543054762	-0.280357250083	-0.0342474731331	1.1643201546	0.303313337471	-0.251136308707	0.00241138467709	-0.699382137666	0.221466012081	0.436140691922	0.387394689	-0.0442445021286	-0.101095961163	0.419941586038	0.0161228231651	0.837486594097	-23.2523531922	29.215570008	-56.6653927566
2	5.49196831306	0.0419546715314	1.0686754637	2.89211933498	-0.324295000797	2.01347704602	0.344257071102	-1.25142122166	-0.823959229861	0.731072333136	-0.203950209104	-0.433553193197	0.270255760916	-0.0654778667666	-0.14070109162	0.608203518361	-0.171483313396	-0.109687911859	0.618258300859	0.195424519939	0.604645865392	2.13948629769	3.99874307263	-33.1306191279
3	6.04309831793	-0.656891033226	-0.156468508691	2.69727948285	0.391737158407	2.32095517528	-0.0799307695604	0.329434093317	-0.908939265006	0.032675640004	0.0371391109575	0.0944167201145	0.555681663466	0.272497912839	0.0422124517803	0.448184078072	-0.0229837130661	-0.0119172441768	0.467152547153	0.0365798809482	0.571086516521	13.8692030333	12.6039883669	-51.284664595
4	3.09669157614	0.0159120541434	0.62786359961	2.30308710399	-0.609622087003	6.15309025019	0.254432053584	-1.1721389305	-0.419938232904	0.948817986708	-0.310089923378	-0.446482082612	-0.198107691463	0.526164060984	-0.0133963009322	0.646314613912	-0.188115470478	-0.14748442963	0.903400139714	0.207696992813	0.692169717748	25.1831564199	11.5835212128	-26.8979722054
5	3.56445156043	-0.130594834789	-0.31623019277	4.6986680697	-1.22510459215	7.86536823783	-0.0678226167053	0.566523909279	-0.0462367827434	-0.245400656258	-0.434012475567	-0.451294744342	-0.340514674666	0.697544893619	0.421568218462	0.371454279869	-0.0391762322054	-0.00152147054035	0.575030100657	0.0589794142369	0.617282857659	29.9984572421	15.7319912995	-47.0363882029
6	6.07631891625	-2.8322219952	1.17712366765	6.67330716654	0.0862187387319	4.87760815617	0.295074386136	0.532270008182	-0.449103149933	-0.423512955935	-0.0677394922192	-0.0292243345	0.48684851457	0.178597318957	-0.158121067222	0.3151388466	-0.0226829420672	-0.0794108460632	0.372590833394	-0.0312641819387	0.504501084325	-34.0610669847	5.60663775154	-66.959926401
7	4.58570060899	1.80287054436	1.21496898307	1.34977766355	0.635376714227	1.35318455767	-0.095679532219	0.545475540327	0.0949364930966	-0.153756791929	0.0121257291951	-0.230951493712	-0.123492428382	0.322897466266	0.084630233401	0.310324788482	0.0386706627689	0.0078315195465	0.407324117608	0.0828555549966	0.537664752476	-10.9097607685	19.9510857327	-58.0147886544
8	3.29839651745	1.18567921741	2.18581700368	2.80234442046	1.09270535105	2.77676247583	-0.0823425365033	-0.201991711351	1.14017749028	0.122198315686	-0.101488372398	0.332767702006	-0.412539355214	0.417598083853	0.148864832077	0.461487668034	-0.128576293297	0.136219193387	0.613764740096	-0.0792226337255	0.802159576911	11.84946404	38.0172469526	-36.9054574728
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 99 through 196 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 197 through 386 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 387 through 422 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 423 through 557 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 558 through 605 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 4 through 98 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 99 through 269 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 270 through 480 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 481 through 605 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 4 through 98 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 99 through 217 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 218 through 337 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 338 through 461 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 462 through 557 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 558 through 605 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 4 through 98 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 99 through 218 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 219 through 386 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 387 through 500 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 501 through 605 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 4 through 98 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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