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- PDB-7mgk: TNNI3K complexed with 1-(3,5-dichloro-4-((6-(methylamino)pyrimidi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mgk
タイトルTNNI3K complexed with 1-(3,5-dichloro-4-((6-(methylamino)pyrimidin-4-yl)oxy)phenyl)-3-(3-(trifluoromethyl)phenyl)urea
要素Serine/threonine-protein kinase TNNI3K
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / CARK / kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bundle of His cell to Purkinje myocyte communication / peptidyl-serine autophosphorylation / regulation of cardiac conduction / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of heart rate / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...bundle of His cell to Purkinje myocyte communication / peptidyl-serine autophosphorylation / regulation of cardiac conduction / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of heart rate / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site ...Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZGD / Serine/threonine-protein kinase TNNI3K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Shewchuk, L.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Identification of Diarylurea Inhibitors of the Cardiac-Specific Kinase TNNI3K by Designing Selectivity Against VEGFR2, p38 alpha , and B-Raf.
著者: Patterson, J.R. / Graves, A.P. / Stoy, P. / Cheung, M. / Desai, T.A. / Fries, H. / Gatto Jr., G.J. / Holt, D.A. / Shewchuk, L. / Totoritis, R. / Wang, L. / Kallander, L.S.
履歴
登録2021年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K
B: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K
C: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K
D: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,4428
ポリマ－139,5534
非ポリマー1,8894
水25214
1
A: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3612
ポリマ－34,8881
非ポリマー4721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3612
ポリマ－34,8881
非ポリマー4721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3612
ポリマ－34,8881
非ポリマー4721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3612
ポリマ－34,8881
非ポリマー4721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.673, 75.072, 95.235
Angle α, β, γ (deg.)83.280, 85.950, 74.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase TNNI3K / Cardiac ankyrin repeat kinase / Cardiac troponin I-interacting kinase / TNNI3-interacting kinase


分子量: 34888.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNI3K, CARK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q59H18, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-ZGD / N-(3,5-dichloro-4-{[6-(methylamino)pyrimidin-4-yl]oxy}phenyl)-N'-[3-(trifluoromethyl)phenyl]urea


分子量: 472.248 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14Cl2F3N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 15% tacsimate, and 2% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 32581 / % possible obs: 76.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 67.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 107295
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.91.30.6383400.90318
2.9-3.021.60.50110881.054125.7
3.02-3.1520.45324431.066157.5
3.15-3.322.60.34934881.098182.6
3.32-3.5330.27541321.111196.6
3.53-3.83.50.17942241.076198.7
3.8-4.183.70.12541911.086199
4.18-4.793.80.08442160.95199.3
4.79-6.033.80.08942271.05199.4
6.03-503.80.05142320.961199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1148精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished structure

解像度: 3.1→41.508 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2387 1469 4.96 %
Rwork0.1963 28159 -
obs0.1984 29628 95.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.29 Å2 / Biso mean: 58.22 Å2 / Biso min: 26.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→41.508 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8029 0 124 14 8167
Biso mean--56.48 43.02 -
残基数----1046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88211368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041436
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.982941
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1-3.21080.35061100.2637216573
3.2108-3.33930.2821250.2458260789
3.3393-3.49120.32231400.2374288097
3.4912-3.67510.26291540.2091293998
3.6751-3.90520.28241680.1868288399
3.9052-4.20650.22241370.178293699
4.2065-4.62930.20971660.1532294599
4.6293-5.2980.2071600.1763293499
5.298-6.67040.25921420.2152293299
6.6704-41.5080.19981670.1983293899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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