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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mgk | ||||||
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タイトル | TNNI3K complexed with 1-(3,5-dichloro-4-((6-(methylamino)pyrimidin-4-yl)oxy)phenyl)-3-(3-(trifluoromethyl)phenyl)urea | ||||||
![]() | Serine/threonine-protein kinase TNNI3K | ||||||
![]() | TRANSFERASE/INHIBITOR / CARK / kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() bundle of His cell to Purkinje myocyte communication / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac conduction / regulation of heart rate / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding ...bundle of His cell to Purkinje myocyte communication / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac conduction / regulation of heart rate / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shewchuk, L.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of Diarylurea Inhibitors of the Cardiac-Specific Kinase TNNI3K by Designing Selectivity Against VEGFR2, p38 alpha , and B-Raf. 著者: Patterson, J.R. / Graves, A.P. / Stoy, P. / Cheung, M. / Desai, T.A. / Fries, H. / Gatto Jr., G.J. / Holt, D.A. / Shewchuk, L. / Totoritis, R. / Wang, L. / Kallander, L.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 216.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 169.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34888.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q59H18, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-ZGD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 15% tacsimate, and 2% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 32581 / % possible obs: 76.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 67.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 107295 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: unpublished structure 解像度: 3.1→41.508 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.79 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 124.29 Å2 / Biso mean: 58.22 Å2 / Biso min: 26.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→41.508 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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