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万見
- PDB-7mg0: Crystal structure of EV-D68 2A protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mg0
タイトルCrystal structure of EV-D68 2A protease
要素Protease 2A
キーワードHYDROLASE / metal ion binding / viral process / Enterovirus EV-D68 / protease / catalytic activity / ion binding / structural molecule activity / modulation of process of other organism / interaction with host / cellular process / gene expression / regulation of biological process / biological regulation / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Liu, C. / Lee, M.-Y. / Liu, W. / Wang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIH-NIAID-R01AI147325 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of EV-D68 2A protease
著者: Liu, C. / Lee, M.-Y. / Ma, C. / Liu, W. / Wang, J.
履歴
登録2021年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: Protease 2A
A: Protease 2A
B: Protease 2A
C: Protease 2A
D: Protease 2A
F: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,67512
ポリマ－96,2836
非ポリマー3926
水21612
1
E: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1132
ポリマ－16,0471
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1132
ポリマ－16,0471
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1132
ポリマ－16,0471
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1132
ポリマ－16,0471
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
D: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1132
ポリマ－16,0471
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1132
ポリマ－16,0471
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.157, 118.157, 81.735
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Space group name HallP4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 48 or (resid 49...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 3 or (resid 4...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 2 through 17 or (resid 18...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 2 through 3 or (resid 4...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 2 through 3 or (resid 4...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 2 through 17 or (resid 18...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROTRPB2 - 139
d_21ens_1PROTRPC2 - 139
d_31ens_1PROTRPD1 - 138
d_41ens_1PROTRPE1 - 138
d_51ens_1PROTRPA2 - 139
d_61ens_1PROTRPF2 - 139

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.00369224734723, -0.999992399666, 0.00125216642677), (-0.999974322413, 0.00368448413948, -0.006146469744), (0.00614180944143, -0.00127482856077, -0.999980326301)0.405630936505, 0.187696125136, 27.690362625
2given(-0.556579922681, 0.484072611166, -0.675198116694), (0.487566732026, -0.467719950524, -0.737235871146), (-0.672679322924, -0.739534823387, 0.0243058328096)49.5513508834, -40.477810963, 2.68332458553
3given(-0.484528201256, -0.499696327462, 0.718008358244), (-0.471440374206, -0.542233454364, -0.695504748033), (0.736869320678, -0.675489793623, 0.0271503766957)29.017428448, -57.0423705154, -58.6887214625
4given(-0.504351264118, 0.468015966723, 0.725665802746), (0.547921120369, -0.476067217798, 0.687853509107), (0.667392124793, 0.7445274065, -0.0163307297357)41.3904015527, -48.7484924792, 25.2788569709
5given(0.463958255934, 0.543293742555, 0.699696109787), (0.497265717739, 0.493945089103, -0.713263664372), (-0.733123142939, 0.678859453975, -0.0409914507672)57.7193853345, -29.5192303799, 86.3738630792

-
要素

#1: タンパク質
Protease 2A


分子量: 16047.170 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human enterovirus D68 (エンテロウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A097BW19, picornain 2A
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.49 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 0.005 M Magnesium Chloride, 0.002 M Calcium Chloride, 15% v/v 2-Propanol, 0.001 M Spermine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→47.88 Å / Num. obs: 14387 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.66 Å / Num. unique obs: 931 / CC1/2: 0.477

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_4189精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LW2

7lw2


解像度: 3.5→47.88 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 261.21 / 位相誤差: 30.2922
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2851 1446 10.05 %
Rwork0.2376 12941 -
obs0.2432 14387 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 117.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5980 0 6 12 5998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00326120
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70728349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00531107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.0028901
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.02761498346
ens_1d_3BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.35664026154
ens_1d_4BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.11112326469
ens_1d_5BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.20279814465
ens_1d_6BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.19641182729
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.620.29771410.3021257X-RAY DIFFRACTION89.85
3.63-3.770.3381420.2781296X-RAY DIFFRACTION90.13
3.77-3.940.29811470.26861289X-RAY DIFFRACTION89.76
3.94-4.150.34381430.25051265X-RAY DIFFRACTION89.84
4.15-4.410.25171450.23321304X-RAY DIFFRACTION89.99
4.41-4.750.29671430.21731285X-RAY DIFFRACTION89.92
4.75-5.230.28561430.21731292X-RAY DIFFRACTION90.03
5.23-5.980.30051460.24221308X-RAY DIFFRACTION89.96
5.98-7.530.28911450.22281302X-RAY DIFFRACTION89.98
7.53-47.880.26351510.23491343X-RAY DIFFRACTION89.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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