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- PDB-7mfx: The Crystal Structure of Q108K:K40H:T53A:R58L:Q38F:Q4F Mutant of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mfx
タイトルThe Crystal Structure of Q108K:K40H:T53A:R58L:Q38F:Q4F Mutant of HCRBPII Bound with FR1 Chromophore Showing Excited State Intermolecular Proton Transfer
要素Retinol-binding protein 2
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Domain Swapped Trimer / iLBP
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZFJ / Retinol-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Ghanbarpour, A. / Geiger, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM101353 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Design of Large Stokes Shift Fluorescent Proteins Based on Excited State Proton Transfer of an Engineered Photobase.
著者: Santos, E.M. / Sheng, W. / Esmatpour Salmani, R. / Tahmasebi Nick, S. / Ghanbarpour, A. / Gholami, H. / Vasileiou, C. / Geiger, J.H. / Borhan, B.
履歴
登録2021年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年5月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / struct_asym / struct_conn / struct_mon_prot_cis
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Atomic clashes
詳細: side chain of LYS C 75, caused a clash and pushed the side chain of TRP D 109 out of density in the previous entry.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinol-binding protein 2
B: Retinol-binding protein 2
C: Retinol-binding protein 2
D: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6009
ポリマ－62,2864
非ポリマー1,3145
水3,927218
1
A: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8772
ポリマ－15,5711
非ポリマー3051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8772
ポリマ－15,5711
非ポリマー3051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9693
ポリマ－15,5711
非ポリマー3982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8772
ポリマ－15,5711
非ポリマー3051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.687, 54.515, 63.931
Angle α, β, γ (deg.)89.996, 86.630, 77.686
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Retinol-binding protein 2 / Cellular retinol-binding protein II / CRBP-II


分子量: 15571.499 Da / 分子数: 4 / 変異: Q4F, Q38F, K40H, T53A, R58L, Q108K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP2, CRBP2
発現宿主: Bacterial expression vector pET-11a (その他)
参照: UniProt: P50120
#2: 化合物
ChemComp-ZFJ / (4aP)-N,N-diethyl-9,9-dimethyl-7-[(1E)-prop-1-en-1-yl]-9H-fluoren-2-amine


分子量: 305.456 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000, sodium acetate, ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.594→32.04 Å / Num. obs: 55438 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.594→1.651 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 5085

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2rct

2rct


解像度: 1.59→32.04 Å / SU ML: 0.1901 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.6332 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 2003 3.62 %
Rwork0.198 53350 -
obs0.1992 55353 85.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→32.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4364 0 98 218 4680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00674643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87416297
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0528669
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043801
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.97363744
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.630.35291210.24763395X-RAY DIFFRACTION76.53
1.63-1.680.27031530.22913765X-RAY DIFFRACTION85.3
1.68-1.730.25291450.22433785X-RAY DIFFRACTION85.85
1.73-1.780.28041270.23133616X-RAY DIFFRACTION81.3
1.78-1.850.30751260.22033218X-RAY DIFFRACTION72.26
1.85-1.920.21481270.21233687X-RAY DIFFRACTION83.37
1.92-2.010.25321580.20324095X-RAY DIFFRACTION91.78
2.01-2.110.24051500.20544087X-RAY DIFFRACTION92.23
2.11-2.250.2511550.2024073X-RAY DIFFRACTION91.75
2.25-2.420.23291520.20894002X-RAY DIFFRACTION90.76
2.42-2.660.22541470.20784032X-RAY DIFFRACTION90.18
2.66-3.050.26151440.20963806X-RAY DIFFRACTION85.7
3.05-3.840.20931310.17683471X-RAY DIFFRACTION78.75
3.84-32.040.19251670.17274318X-RAY DIFFRACTION96.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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