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- PDB-7mfw: Drosophila melanogaster Canoe PDZ domain in complex with Echinoid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mfw
タイトルDrosophila melanogaster Canoe PDZ domain in complex with Echinoid C-terminal region
要素Canoe,Echinoid
キーワードCELL ADHESION / Afadin / Canoe / PDZ / Echinoid
機能・相同性
機能・相同性情報


Adherens junctions interactions / branch fusion, open tracheal system / regulation of actin cytoskeleton organization by cell-cell adhesion / negative regulation of fusion cell fate specification / second mitotic wave involved in compound eye morphogenesis / ommatidial rotation / regulation of establishment of planar polarity / dorsal closure / rhabdomere / muscle organ morphogenesis ...Adherens junctions interactions / branch fusion, open tracheal system / regulation of actin cytoskeleton organization by cell-cell adhesion / negative regulation of fusion cell fate specification / second mitotic wave involved in compound eye morphogenesis / ommatidial rotation / regulation of establishment of planar polarity / dorsal closure / rhabdomere / muscle organ morphogenesis / dorsal appendage formation / compound eye development / contractile actin filament bundle assembly / imaginal disc-derived wing morphogenesis / epidermis morphogenesis / sensory organ development / embryonic morphogenesis / positive regulation of smoothened signaling pathway / regulation of JNK cascade / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / establishment of mitotic spindle orientation / glial cell proliferation / cell adhesion molecule binding / morphogenesis of an epithelium / adherens junction / regulation of actin cytoskeleton organization / wound healing / cell-cell adhesion / negative regulation of neurogenesis / small GTPase binding / cytoplasmic side of plasma membrane / cell-cell junction / regulation of cell shape / regulation of protein localization / cell cortex / cell adhesion / protein domain specific binding / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Afadin, cargo binding domain / : / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Ras-associating (RA) domain profile. ...: / Afadin, cargo binding domain / : / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Forkhead associated domain / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Immunoglobulin domain / SMAD/FHA domain superfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain / Immunoglobulin domain / PDZ domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / PDZ superfamily / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Echinoid / Canoe, isoform E
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.104 Å
データ登録者Slep, K.C. / Peifer, M. / Byrnes, A.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118096 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008570 米国
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2021
タイトル: Multivalent interactions make adherens junction-cytoskeletal linkage robust during morphogenesis.
著者: Perez-Vale, K.Z. / Yow, K.D. / Johnson, R.I. / Byrnes, A.E. / Finegan, T.M. / Slep, K.C. / Peifer, M.
履歴
登録2021年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Canoe,Echinoid
B: Canoe,Echinoid


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7612
ポリマ－21,7612
非ポリマー00
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation, Wei, S.Y. et al., 2005, Dev Cell. 8:493-504
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Canoe,Echinoid

B: Canoe,Echinoid


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7612
ポリマ－21,7612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)114.563, 114.563, 31.637
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Canoe,Echinoid


分子量: 10880.543 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ domain of Canoe, C-terminal region of Echinoid / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: cno, AF-6, anon-WO0172774.47, Canoe, CG2534, CG31537, Cno, cno-RB, cno?, dlhA, Dmel\CG42312, EC3-10, lip, mis, CG42312, Dmel_CG42312, ed, CG12676
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VN82, UniProt: Q9BN17
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18% PEG 3350, 300 mM sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 13954 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 28.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 154188
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.1811.30.47413600.9660.1470.4970.54199.3
2.18-2.2611.40.36113950.9760.110.3780.52998.9
2.26-2.3711.40.27513890.9830.0850.2880.571100
2.37-2.4910.80.20213940.9890.0640.2120.61299.3
2.49-2.6510.70.13413500.9930.0420.1410.7695.1
2.65-2.8511.70.09914030.9960.030.1030.937100
2.85-3.1411.10.06814060.9980.0210.0721.21399.7
3.14-3.5910.40.05414200.9980.0180.0571.64299.8
3.59-4.5211.10.04313850.9990.0130.0451.6696.1
4.52-5010.70.03814520.9990.0120.041.64697.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å37.5 Å
Translation5.45 Å37.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3axa (Chain A res 1-91)

3axa


解像度: 2.104→37.5 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2256 1388 10.02 %
Rwork0.1922 12465 -
obs0.1956 13853 97.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 139.48 Å2 / Biso mean: 62.64 Å2 / Biso min: 37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.104→37.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1405 0 0 112 1517
Biso mean---65 -
残基数----191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7241901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002247
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.003536
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.104-2.1790.26811360.2351120497
2.179-2.26620.30531360.2337122597
2.2662-2.36940.30391390.2391122999
2.3694-2.49420.30061380.2359124298
2.4942-2.65050.28251350.2219121295
2.6505-2.85510.22931420.22471256100
2.8551-3.14220.23891390.20611267100
3.1422-3.59660.20971410.17951275100
3.5966-4.53010.18241390.1575124896
4.5301-37.50.18111430.1646130797
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.1373 Å / Origin y: 74.4773 Å / Origin z: 7.724 Å
111213212223313233
T0.4632 Å2-0.0251 Å2-0.0139 Å2-0.4236 Å20.0048 Å2--0.4129 Å2
L0.6545 °20.1898 °20.2152 °2-1.6094 °20.4345 °2--0.3775 °2
S0.0554 Å °-0.0014 Å °-0.0292 Å °0.0037 Å °-0.0291 Å °0.0629 Å °0.082 Å °-0.068 Å °-0.0331 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1011 - 1105
2X-RAY DIFFRACTION1allB1008 - 1105
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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