PDB-7mfs: N-Acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase from Staphylococcus a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mfs

タイトル

N-Acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase from Staphylococcus aureus (strain MRSA USA300) with substrate and product bound

要素

N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Epimerase / NanE

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylmannosamine catabolic process / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase / N-acylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Currie, M.J. / Dobson, R.C.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase uses a novel substrate-assisted mechanism to catalyze amino sugar epimerization.
著者: Currie, M.J. / Manjunath, L. / Horne, C.R. / Rendle, P.M. / Subramanian, R. / Friemann, R. / Fairbanks, A.J. / Muscroft-Taylor, A.C. / North, R.A. / Dobson, R.C.J.

履歴

登録	2021年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月20日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mfs.cif.gz	126 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mfs.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mfs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mfs_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mfs_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7mfs_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	7mfs_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/7mfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/7mfs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vvaSC 7mfnC 7mqtC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

BBB: N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase

AAA: N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase

ヘテロ分子

50.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.928, 76.474, 174.207
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase / ManNAc-6-P epimerase 分子量: 24571.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: nanE, BTN44_01590, EP54_02960, EQ90_08785, ERS072840_01491, FA040_00085, HMPREF3211_02501, NCTC10654_00351, NCTC10702_00560, NCTC7878_00328, RK64_02155 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: X5EM89, N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-LRY / N-acetylmannosamine-6-phosphate / N-アセチル-D-マンノサミン6-りん酸分子量: 301.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₆NO₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-RFW / N-acetyl-D-glucosamine-6-phosphate 分子量: 299.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₄NO₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.69 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1 M trisodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→46.25 Å / Num. obs: 91961 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 30.1 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.51→1.56 Å / Num. unique obs: 8946 / CC_1/2: 0.661

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VVA

6vva

解像度: 1.51→46.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 1.506 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	4620	5.024 %
R_work	0.1798	87341	-
all	0.181	-	-
obs	-	91961	98.725 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.515 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.624 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.207 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.417 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→46.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3440	0	80	596	4116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	3904
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.844	1.642	5357
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.477	1.581	8759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.5	5	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.112	23.316	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.448	15	711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	31.125	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	856
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	3608
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.237	0.2	501
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.087	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.206	1.065	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.199	1.062	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.915	1.593	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.916	1.596	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.85	1.359	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.849	1.361	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.877	1.959	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.876	1.961	2887
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.185	15.566	4633
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.131	15.391	4596

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.51-1.549	0.342	329	0.31	6300	X-RAY DIFFRACTION	97.428
1.549-1.592	0.312	298	0.262	6136	X-RAY DIFFRACTION	97.4111
1.592-1.638	0.25	333	0.232	6008	X-RAY DIFFRACTION	97.9003
1.638-1.688	0.237	325	0.207	5809	X-RAY DIFFRACTION	97.8153
1.688-1.744	0.222	294	0.196	5662	X-RAY DIFFRACTION	98.0896
1.744-1.805	0.24	283	0.198	5512	X-RAY DIFFRACTION	98.6887
1.805-1.873	0.223	302	0.195	5301	X-RAY DIFFRACTION	98.3673
1.873-1.949	0.215	297	0.195	5120	X-RAY DIFFRACTION	98.8865
1.949-2.036	0.223	253	0.191	4960	X-RAY DIFFRACTION	98.8996
2.036-2.135	0.204	249	0.187	4738	X-RAY DIFFRACTION	98.968
2.135-2.251	0.209	234	0.179	4555	X-RAY DIFFRACTION	99.2333
2.251-2.387	0.179	209	0.163	4327	X-RAY DIFFRACTION	99.4737
2.387-2.552	0.207	213	0.17	4046	X-RAY DIFFRACTION	99.4861
2.552-2.756	0.183	208	0.16	3819	X-RAY DIFFRACTION	99.6782
2.756-3.019	0.222	165	0.167	3499	X-RAY DIFFRACTION	99.8093
3.019-3.374	0.191	167	0.164	3230	X-RAY DIFFRACTION	99.8824
3.374-3.896	0.18	146	0.15	2831	X-RAY DIFFRACTION	99.9329
3.896-4.769	0.154	142	0.125	2436	X-RAY DIFFRACTION	100
4.769-6.734	0.186	109	0.154	1914	X-RAY DIFFRACTION	100
6.734-46.25	0.232	64	0.176	1138	X-RAY DIFFRACTION	99.751

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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