PDB-7mfn: N-Acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase E180A from Staphyloco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mfn

タイトル

N-Acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase E180A from Staphylococcus aureus (strain MRSA USA300)

要素

N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Epimerase / NanE

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase / N-acetylmannosamine catabolic process / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Currie, M.J. / Dobson, R.C.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase uses a novel substrate-assisted mechanism to catalyze amino sugar epimerization.
著者: Currie, M.J. / Manjunath, L. / Horne, C.R. / Rendle, P.M. / Subramanian, R. / Friemann, R. / Fairbanks, A.J. / Muscroft-Taylor, A.C. / North, R.A. / Dobson, R.C.J.

履歴

登録	2021年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_radiation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mfn.cif.gz	126.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mfn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mfn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/7mfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/7mfn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vvaSC 7mfsC 7mqtC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

BBB: N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase

AAA: N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase

ヘテロ分子

49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.999, 174.446, 44.523
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase / ManNAc-6-P epimerase 分子量: 24513.037 Da / 分子数: 2 / 変異: E180A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: nanE, BTN44_01590, EP54_02960, EQ90_08785, ERS072840_01491, FA040_00085, HMPREF3211_02501, NCTC10654_00351, NCTC10702_00560, NCTC7878_00328, RK64_02155 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: X5EM89, N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.57 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1 M trisodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95366 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95366 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→46.4 Å / Num. obs: 87948 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.55→1.57 Å / Num. unique obs: 8254 / CC_1/2: 0.842

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VVA

6vva

解像度: 1.55→42.004 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.25 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1779	4414	5.019 %
R_work	0.1502	83534	-
all	0.152	-	-
obs	-	87948	99.449 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.856 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.244 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.147 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.098 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.004 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3434	0	32	665	4131

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	3826
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.905	1.64	5234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.56	1.579	8527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.282	5	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.925	23.687	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.332	15	693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	29.585	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	796
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	798
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	3450
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	511
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.236	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.232	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.716	1.792	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.693	1.79	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.395	2.689	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.398	2.69	2466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.813	2.139	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.812	2.141	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.307	3.103	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.306	3.104	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.166	24.627	4559
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.166	24.626	4559

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.548-1.588	0.263	295	0.237	5726	0.238	6479	0.883	0.885	92.931	0.215
1.588-1.632	0.235	326	0.212	5905	0.213	6231	0.911	0.916	100	0.19
1.632-1.679	0.222	307	0.193	5814	0.195	6122	0.929	0.932	99.9837	0.169
1.679-1.73	0.237	311	0.19	5640	0.192	5951	0.92	0.936	100	0.165
1.73-1.787	0.216	290	0.169	5500	0.171	5791	0.939	0.947	99.9827	0.147
1.787-1.85	0.176	287	0.158	5283	0.159	5570	0.959	0.958	100	0.137
1.85-1.919	0.2	301	0.157	5090	0.159	5391	0.949	0.957	100	0.138
1.919-1.998	0.182	266	0.157	4931	0.159	5197	0.955	0.962	100	0.142
1.998-2.086	0.178	265	0.151	4723	0.152	4988	0.961	0.967	100	0.139
2.086-2.188	0.18	225	0.149	4545	0.15	4770	0.959	0.97	100	0.139
2.188-2.306	0.181	219	0.143	4351	0.144	4571	0.959	0.972	99.9781	0.136
2.306-2.445	0.168	207	0.144	4138	0.145	4345	0.964	0.969	100	0.139
2.445-2.613	0.154	171	0.135	3928	0.136	4099	0.972	0.974	100	0.134
2.613-2.822	0.167	189	0.138	3581	0.139	3770	0.967	0.974	100	0.141
2.822-3.09	0.174	168	0.149	3352	0.15	3520	0.965	0.969	100	0.158
3.09-3.452	0.168	156	0.14	3064	0.141	3220	0.97	0.976	100	0.154
3.452-3.982	0.143	145	0.126	2693	0.127	2838	0.978	0.981	100	0.146
3.982-4.866	0.14	122	0.121	2336	0.122	2458	0.981	0.984	100	0.143
4.866-6.835	0.191	103	0.168	1824	0.169	1927	0.973	0.976	100	0.196
6.835-42.004	0.221	61	0.18	1109	0.182	1173	0.965	0.969	99.7442	0.227

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