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- PDB-7mdp: KRas G12C in complex with G-2897 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mdp
タイトルKRas G12C in complex with G-2897
要素
  • IgG heavy chain
  • IgG light chain
  • Isoform 2B of GTPase KRas
キーワードHYDROLASE/Immune System / KRAS / GTPase / HYDROLASE / HYDROLASE-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


small monomeric GTPase / Ca2+ pathway
類似検索 - 分子機能
P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CACODYLIC ACID / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / 4-(trifluoromethyl)-1,3-benzothiazol-2-amine / Isoform 2B of GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Oh, A. / Frank, Y. / Wang, W.
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2022
タイトル: Conformation-locking antibodies for the discovery and characterization of KRAS inhibitors.
著者: Davies, C.W. / Oh, A.J. / Mroue, R. / Steffek, M. / Bruning, J.M. / Xiao, Y. / Feng, S. / Jayakar, S. / Chan, E. / Arumugam, V. / Uribe, S.C. / Drummond, J. / Frommlet, A. / Lu, C. / Franke, ...著者: Davies, C.W. / Oh, A.J. / Mroue, R. / Steffek, M. / Bruning, J.M. / Xiao, Y. / Feng, S. / Jayakar, S. / Chan, E. / Arumugam, V. / Uribe, S.C. / Drummond, J. / Frommlet, A. / Lu, C. / Franke, Y. / Merchant, M. / Koeppen, H. / Quinn, J.G. / Malhotra, S. / Do, S. / Gazzard, L. / Purkey, H.E. / Rudolph, J. / Mulvihill, M.M. / Koerber, J.T. / Wang, W. / Evangelista, M.
履歴
登録2021年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2B of GTPase KRas
H: IgG heavy chain
I: IgG light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,89721
ポリマ－66,0303
非ポリマー2,86818
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.365, 68.919, 100.543
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.290, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

21H-426-

HOH

31I-468-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19317.850 Da / 分子数: 1 / 変異: G12C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase

-
抗体 , 2種, 2分子 HI

#2: 抗体 IgG heavy chain


分子量: 23833.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 IgG light chain


分子量: 22878.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 9種, 161分子

#4: 化合物 ChemComp-Z07 / 4-(trifluoromethyl)-1,3-benzothiazol-2-amine / 4-(トリフルオロメチル)ベンゾチアゾ-ル-2-アミン


分子量: 218.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H5F3N2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物
ChemComp-CAD / CACODYLIC ACID / HYDROXYDIMETHYLARSINE OXIDE / ジメチルアルシン酸


分子量: 137.997 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7AsO2
#9: 化合物
ChemComp-P15 / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / ヘキサエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 296.357 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28O7
#10: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#11: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.56 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 21 % PEG 4K and 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→37.902 Å / Num. obs: 75922 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 38.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.07→2.18 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.64 / Num. measured all: 28439 / Num. unique obs: 8279 / CC1/2: 0.4 / Rpim(I) all: 1.043 / Rrim(I) all: 1.95 / Net I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.12-2829_final精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XC8

6xc8
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.96→37.902 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.89 / 位相誤差: 33.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2288 3833 5.05 %
Rwork0.1948 72089 -
obs0.1966 75922 57.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164.64 Å2 / Biso mean: 57.5263 Å2 / Biso min: 19.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→37.902 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4579 0 138 143 4860
Biso mean--86.75 45.13 -
残基数----602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8496539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051726
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01822
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9332861
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9604-1.98520.382680.3758962
1.9852-2.01140.5680.33622916
2.0114-2.03890.3474240.332945610
2.0389-2.0680.2513290.311161313
2.068-2.09890.2984440.328392120
2.0989-2.13170.2542440.3222109124
2.1317-2.16660.3262670.3055133529
2.1666-2.2040.2902760.2948140231
2.204-2.24410.35281120.3321160535
2.2441-2.28720.40571080.3402190441
2.2872-2.33390.35771050.3048205445
2.3339-2.38460.3021130.2872230850
2.3846-2.44010.32091260.2817260256
2.4401-2.50110.27511170.2866279060
2.5011-2.56870.28521740.281298165
2.5687-2.64430.28512070.2803330273
2.6443-2.72960.28562040.2825364180
2.7296-2.82720.28582160.2726404287
2.8272-2.94030.26252440.2487429794
2.9403-3.07410.3212290.2463440696
3.0741-3.23610.2872550.2307442896
3.2361-3.43870.25832460.2089423192
3.4387-3.7040.23022120.1819422392
3.704-4.07630.19671970.1537424492
4.0763-4.66530.14862430.1231429194
4.6653-5.87420.16592240.1293430993
5.8742-37.9020.1692010.1455422691
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4310.2057-0.05110.7960.15931.66940.0057-0.5735-0.09270.1493-0.019-0.40620.49890.92410.00090.90880.13050.01441.25810.05740.3434-4.62438.69546.948
21.87460.00180.12111.7992-0.07831.07440.0757-0.4804-0.33080.34040.1192-0.00330.03390.02850.00680.2040.02650.00080.30130.09350.2661-5.26431.97714.061
32.14580.51820.01534.47910.73040.83920.07480.0202-0.0632-0.1594-0.20150.08410.0433-0.0684-0.00410.20180.0181-0.01450.18460.08170.2084-35.20625.974-1.689
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:167 OR RESID 304:307 ) )A1 - 167
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:167 OR RESID 304:307 ) )A304 - 307
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN I AND RESID 2:110 ) OR ( CHAIN H AND RESID 1:110 )I2 - 110
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN I AND RESID 2:110 ) OR ( CHAIN H AND RESID 1:110 )H1 - 110
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN I AND RESID 111:209 ) OR ( CHAIN H AND RESID 111:214 )I111 - 209
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN I AND RESID 111:209 ) OR ( CHAIN H AND RESID 111:214 )H111 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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