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万見
- PDB-7mdi: Structure of the Neisseria gonorrhoeae ribonucleotide reductase i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mdi
タイトルStructure of the Neisseria gonorrhoeae ribonucleotide reductase in the inactive state
要素(Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / inactive complex / ribonucleotide reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal ...ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / MU-OXO-DIIRON / ribonucleoside-diphosphate reductase / Ribonucleoside-diphosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Levitz, T.S. / Drennan, C.L. / Brignole, E.J.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2017246757 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM007287 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Effects of chameleon dispense-to-plunge speed on particle concentration, complex formation, and final resolution: A case study using the Neisseria gonorrhoeae ribonucleotide reductase inactive complex.
著者: Talya S Levitz / Edward J Brignole / Ivan Fong / Michele C Darrow / Catherine L Drennan /
要旨: Ribonucleotide reductase (RNR) is an essential enzyme that converts ribonucleotides to deoxyribonucleotides and is a promising antibiotic target, but few RNRs have been structurally characterized. We ...Ribonucleotide reductase (RNR) is an essential enzyme that converts ribonucleotides to deoxyribonucleotides and is a promising antibiotic target, but few RNRs have been structurally characterized. We present the use of the chameleon, a commercially-available piezoelectric cryogenic electron microscopy plunger, to address complex denaturation in the Neisseria gonorrhoeae class Ia RNR. Here, we characterize the extent of denaturation of the ring-shaped complex following grid preparation using a traditional plunger and using a chameleon with varying dispense-to-plunge times. We also characterize how dispense-to-plunge time influences the amount of protein sample required for grid preparation and preferred orientation of the sample. We demonstrate that the fastest dispense-to-plunge time of 54 ms is sufficient for generation of a data set that produces a high quality structure, and that a traditional plunging technique or slow chameleon dispense-to-plunge times generate data sets limited in resolution by complex denaturation. The 4.3 Å resolution structure of Neisseria gonorrhoeae class Ia RNR in the inactive α4β4 oligomeric state solved using the chameleon with a fast dispense-to-plunge time yields molecular information regarding similarities and differences to the well studied Escherichia coli class Ia RNR α4β4 ring.
履歴
登録2021年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23773
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23773
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha
E: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha
G: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha
F: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha
H: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)535,00432
ポリマ－528,7578
非ポリマー6,24724
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology, high homology to the E. coli ribonucleotide reductase that has been shown to form a homologous structure using SAXS and analytical ultracentrifugation, microscopy, negative stain ...根拠: homology, high homology to the E. coli ribonucleotide reductase that has been shown to form a homologous structure using SAXS and analytical ultracentrifugation, microscopy, negative stain electron microscopy (also single particle in vitro)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit ... , 2種, 8分子 ABDCEGFH

#1: タンパク質
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha


分子量: 87081.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: NGO_0614 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 express
参照: UniProt: Q5F8Z6, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: タンパク質
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta


分子量: 45107.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: NGO_0615 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 express
参照: UniProt: Q5F8Z5, ribonucleoside-diphosphate reductase

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非ポリマー , 5種, 48分子

#3: 化合物
ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 403.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2
#4: 化合物
ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 491.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ribonucleotide reductase inactive complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.528 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: T7 express
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMHEPES1
215 mMMagnesium Chloride1
31 mMEDTA1
43.06 percentGlycerol1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE
詳細: Plunged using the chameleon (SPT labtech) Glow discharged at 12 mA for 250 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 92000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 53.15 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 620

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.3粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
10RELION3.0.8初期オイラー角割当
11RELION3.0.8最終オイラー角割当
12RELION3.0.8分類
13RELION3.0.8３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 55161
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50425 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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