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- PDB-7mdh: STRUCTURAL BASIS FOR LIGHT ACITVATION OF A CHLOROPLAST ENZYME. TH... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7mdh
タイトルSTRUCTURAL BASIS FOR LIGHT ACITVATION OF A CHLOROPLAST ENZYME. THE STRUCTURE OF SORGHUM NADP-MALATE DEHYDROGENASE IN ITS OXIDIZED FORM
要素PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
キーワードCHLOROPLASTIC MALATE DEHYDROGENASE / CHLOROPLASTIC MALATE DEHYDROGENASE (NADP+) / ACTIVATED BY LIGHT
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase (NADP+) / L-malate dehydrogenase (NADP+) activity / malate metabolic process / chloroplast
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, NADP-dependent, plants / Malate dehydrogenase, type 2 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...Malate dehydrogenase, NADP-dependent, plants / Malate dehydrogenase, type 2 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Malate dehydrogenase [NADP] 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Sorghum bicolor (タカキビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Johansson, K. / Ramaswamy, S. / Saarinen, M. / Lemaire-Chamley, M. / Issakidis-Bourguet, E. / Miginiac-Maslow, M. / Eklund, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Structural basis for light activation of a chloroplast enzyme: the structure of sorghum NADP-malate dehydrogenase in its oxidized form.
著者: Johansson, K. / Ramaswamy, S. / Saarinen, M. / Lemaire-Chamley, M. / Issakidis-Bourguet, E. / Miginiac-Maslow, M. / Eklund, H.
履歴
登録1999年2月16日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
B: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
C: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
D: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,57821
ポリマ－163,4664
非ポリマー1,11217
水4,774265
1
A: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
B: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,32211
ポリマ－81,7332
非ポリマー5899
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-287 kcal/mol
Surface area27140 Å2
手法PISA, PQS
2
C: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
D: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,25610
ポリマ－81,7332
非ポリマー5238
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area26910 Å2
手法PISA, PQS
3
A: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
B: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
B: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,64322
ポリマ－163,4664
非ポリマー1,17718
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area11430 Å2
ΔGint-601 kcal/mol
Surface area53440 Å2
手法PISA
4
C: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
D: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
ヘテロ分子

C: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
D: PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,51220
ポリマ－163,4664
非ポリマー1,04716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area10770 Å2
ΔGint-385 kcal/mol
Surface area53110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.424, 153.944, 160.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.435112, 0.892298, -0.12034), (0.891967, -0.445405, -0.077517), (-0.122768, -0.073611, -0.989702)-15.34447, 46.59762, 158.62724
2given(0.07762, -0.996926, 0.010641), (0.99693, 0.077721, 0.009469), (-0.010267, 0.009874, 0.999899)-2.9889, 74.48865, 40.90058
3given(0.917302, -0.380449, -0.117537), (-0.390235, -0.91763, -0.075314), (-0.079202, 0.114952, -0.990209)41.79069, 94.4652, 199.81282

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (MALATE DEHYDROGENASE)


分子量: 40866.426 Da / 分子数: 4 / 変異: DELETION OF FIRST 15 N-TERMINAL RESIDUES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sorghum bicolor (タカキビ) / 組織: LEAF / Organelle: CHLOROPLAST / プラスミド: PET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17606, malate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: POLY-ALANINE MODEL
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.02 mMrecombinant E.coli11
210 mMdithiothreitol11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.996
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 66459 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.4精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BMD

1bmd


解像度: 2.4→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high rms absF: 30748455.68 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 2010 3 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs-66489 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20 Å20 Å2
2---1.6 Å20 Å2
3---0.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10850 0 17 265 11132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.249
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 119 3.5 %
Rwork0.245 3328 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.ZNTOPOLOGY.ZN
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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