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- PDB-7md2: The F1 region of ammocidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7md2
タイトルThe F1 region of ammocidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP synthase
要素(ATP synthase subunit ...) x 4
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / F1-ATPase / inhibitor / anti-cancer / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase ...: / : / : / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase ...ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Chem-ZHD / ATP synthase subunit beta / ATP synthase subunit gamma / ATP synthase subunit alpha / ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Guo, H. / Rubinstein, J.L.
資金援助 カナダ, 米国, 8件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT162186 カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM092218 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA226833 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM133552 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)K23 HL138291 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM065086 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM007347 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F30 CA236131 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Apoptolidin family glycomacrolides target leukemia through inhibition of ATP synthase.
著者: Benjamin J Reisman / Hui Guo / Haley E Ramsey / Madison T Wright / Bradley I Reinfeld / P Brent Ferrell / Gary A Sulikowski / W Kimryn Rathmell / Michael R Savona / Lars Plate / John L ...著者: Benjamin J Reisman / Hui Guo / Haley E Ramsey / Madison T Wright / Bradley I Reinfeld / P Brent Ferrell / Gary A Sulikowski / W Kimryn Rathmell / Michael R Savona / Lars Plate / John L Rubinstein / Brian O Bachmann /
要旨: Cancer cells have long been recognized to exhibit unique bioenergetic requirements. The apoptolidin family of glycomacrolides are distinguished by their selective cytotoxicity towards oncogene- ...Cancer cells have long been recognized to exhibit unique bioenergetic requirements. The apoptolidin family of glycomacrolides are distinguished by their selective cytotoxicity towards oncogene-transformed cells, yet their molecular mechanism remains uncertain. We used photoaffinity analogs of the apoptolidins to identify the F subcomplex of mitochondrial ATP synthase as the target of apoptolidin A. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) of apoptolidin and ammocidin-ATP synthase complexes revealed a novel shared mode of inhibition that was confirmed by deep mutational scanning of the binding interface to reveal resistance mutations which were confirmed using CRISPR-Cas9. Ammocidin A was found to suppress leukemia progression in vivo at doses that were tolerated with minimal toxicity. The combination of cellular, structural, mutagenesis, and in vivo evidence defines the mechanism of action of apoptolidin family glycomacrolides and establishes a path to address oxidative phosphorylation-dependent cancers.
履歴
登録2021年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23763
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23763
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP synthase subunit alpha
B: ATP synthase subunit alpha
C: ATP synthase subunit alpha
D: ATP synthase subunit beta
E: ATP synthase subunit beta
F: ATP synthase subunit beta
G: ATP synthase subunit gamma
H: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)358,68816
ポリマ－355,8418
非ポリマー2,8478
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area35390 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area108210 Å2

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要素

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ATP synthase subunit ... , 4種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質 ATP synthase subunit alpha


分子量: 55007.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: A0A6A5Q4L9
#2: タンパク質 ATP synthase subunit beta


分子量: 51181.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
参照: UniProt: A0A6A5PX46, H+-transporting two-sector ATPase
#3: タンパク質 ATP synthase subunit gamma


分子量: 30657.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: A0A6A5Q493
#4: タンパク質 ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / ATPase subunit epsilon


分子量: 6618.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006 / 参照: UniProt: P21306

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非ポリマー , 4種, 8分子

#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物 ChemComp-ZHD / (3~{E},5~{Z},7~{E},9~{R},10~{S},11~{E},13~{E},15~{E},17~{R},18~{S},20~{S})-20-[(1~{R})-1-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4,6-dimethyl-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-methyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-3-methoxy-6-(3-methoxypropyl)-5-methyl-2,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]ethyl]-5,18-dimethoxy-3,7,9,11,13,15-hexamethyl-10-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-17-oxidanyl-1-oxacycloicosa-3,5,7,11,13,15-hexaen-2-one / Ammocidin A


分子量: 1157.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H96O22 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The F1 region of ammocidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP synthase
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 135922 X / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9.5 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 4345
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4cryoSPARC2.12CTF補正
9cryoSPARC2.12初期オイラー角割当
10cryoSPARC2.12最終オイラー角割当
11cryoSPARC2.12分類
12cryoSPARC2.12３次元再構成
13cryoSPARC2.12モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 654097
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 289501 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 55.53 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.008323836
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.710332349
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04883842
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00414167
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.06693392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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