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- PDB-7mcs: Cryo-electron microscopy structure of TnsC(1-503)A225V bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mcs
タイトルCryo-electron microscopy structure of TnsC(1-503)A225V bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
  • Transposon Tn7 transposition protein TnsC
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / AAA+ ATPase / DNA binding / Transposition / Complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transposition / DNA recombination / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Tn7 transposition regulator TnsC / Tn7 transposition regulator TnsC / : / AAA domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / Transposon Tn7 transposition protein TnsC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Shen, Y. / Ortega, J. / Guarne, A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-155941 カナダ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structural basis for DNA targeting by the Tn7 transposon.
著者: Yao Shen / Josue Gomez-Blanco / Michael T Petassi / Joseph E Peters / Joaquin Ortega / Alba Guarné /
要旨: Tn7 transposable elements are unique for their highly specific, and sometimes programmable, target-site selection mechanisms and precise insertions. All the elements in the Tn7 family utilize an AAA+ ...Tn7 transposable elements are unique for their highly specific, and sometimes programmable, target-site selection mechanisms and precise insertions. All the elements in the Tn7 family utilize an AAA+ adaptor (TnsC) to coordinate target-site selection with transpososome assembly and to prevent insertions at sites already containing a Tn7 element. Owing to its multiple functions, TnsC is considered the linchpin in the Tn7 element. Here we present the high-resolution cryo-EM structure of TnsC bound to DNA using a gain-of-function variant of the protein and a DNA substrate that together recapitulate the recruitment to a specific DNA target site. TnsC forms an asymmetric ring on target DNA that segregates target-site selection and interaction with the paired-end complex to opposite faces of the ring. Unlike most AAA+ ATPases, TnsC uses a DNA distortion to find the target site but does not remodel DNA to activate transposition. By recognizing pre-distorted substrates, TnsC creates a built-in regulatory mechanism where ATP hydrolysis abolishes ring formation proximal to an existing element. This work unveils how Tn7 and Tn7-like elements determine the strict spacing between the target and integration sites.
履歴
登録2021年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23757
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transposon Tn7 transposition protein TnsC
B: Transposon Tn7 transposition protein TnsC
C: Transposon Tn7 transposition protein TnsC
D: Transposon Tn7 transposition protein TnsC
E: Transposon Tn7 transposition protein TnsC
F: Transposon Tn7 transposition protein TnsC
G: Transposon Tn7 transposition protein TnsC
H: DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)427,79821
ポリマ－424,6159
非ポリマー3,18312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Transposon Tn7 transposition protein TnsC / Protein E


分子量: 59346.980 Da / 分子数: 7 / 変異: S2G, A225V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tnsC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05846
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量: 4572.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4612.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of TnsC bound to DNA in the presence of AMPPnP.COMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2TnsC(1-503)A225V bound to DNACOMPLEX#1-#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.43 MDaNO
210.43 MDaNO
310.03 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Escherichia coli (大腸菌)562
21synthetic construct (人工物)32630
32Escherichia coli (大腸菌)562
42synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Escherichia coli (大腸菌)562
22Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2750 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 78 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
3SerialEM画像取得
5GctfCTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Cootモデルフィッティング
12RELION3.1初期オイラー角割当
14RELION3.1最終オイラー角割当
16RELION3.1分類
18RELION3.1３次元再構成
20PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 905856
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 155988 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00422051
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.70729998
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.363265
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0453401
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053747

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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