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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mch | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a single-chain E/F type bilin lyase-isomerase MpeQ in space group C2221 | ||||||
要素 | bilin lyase-isomerase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / bilin lyase-isomerase | ||||||
機能・相同性 | E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / フィコビリソーム / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / lyase activity / Putative phycobilin:C-phycoerythrin II lyase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Synechococcus sp. A15-62 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, X. / Kumarapperuma, I. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Crystal structure and molecular mechanism of an E/F type bilin lyase-isomerase. 著者: Kumarapperuma, I. / Joseph, K.L. / Wang, C. / Biju, L.M. / Tom, I.P. / Weaver, K.D. / Grebert, T. / Partensky, F. / Schluchter, W.M. / Yang, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mch.cif.gz | 309.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mch.ent.gz | 257.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mch.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/7mch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/7mch | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7mc4C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46678.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechococcus sp. A15-62 (バクテリア) 株: A15-62 / 遺伝子: mpeY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U3MW57 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein concentration: 5 mg/mL; 2.1 M DL-Malic acid, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 26064 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.95 Å / Num. unique obs: 887 / CC1/2: 0.39 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.95→19.9 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.45 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 158.68 Å2 / Biso mean: 50.3991 Å2 / Biso min: 7.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.95→19.9 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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